病毒種類
引發手足口病的腸道病毒有20多種，這些腸道病毒在液體環境中很穩定，在外環境中病毒可長期存活。
CoxA16病毒
手足口病病毒科薩奇A組16型病毒是2008年之前的主要致病病毒 ，該病毒引起的手足口病病情不是很重，幾乎沒有死亡病例的病毒。
EV71病毒
是2008年以後發現的一種新型病毒，被稱為腸道病毒71型，簡稱EV71，該病毒現在感染引起的手足口病越來越多，比科薩奇A組16型的毒力要強得多，引起了大量的不太嚴重的普通的病例，但是其中它引起的一些重症的病例病情非常嚴重，並且導致了部分病例的死亡。
其他
此外，還有百分之幾到百分之十幾的手足口病患者是由其他病毒感染引起的，這些病毒的毒力介於科薩奇A組16型和EV71之間。
流行病學
傳染源
手足口病為病人和隱性感染者。
傳播途徑
主要是通過密切接觸感染者的糞便、口腔分泌物、皮膚皰疹液中的病毒，經糞－口途徑或呼吸道（主要是口腔黏膜和鼻腔黏膜）傳播。
致病性
手足口病是由腸道病毒引起的傳染病，多發生於5歲以下兒童，可引起手、足、口腔等部位的皰疹，少數患兒可引起心肌炎、肺水腫、無菌性腦膜腦炎等併發症。個別重症患兒如果病情發展快，導致死亡。
預防措施
1、由於引發手足口病的腸道病毒有20多種，且無法在一次感染後獲得終生免疫，因此目前（2012年6月）還沒有有效的疫苗來預防，對這些腸道病毒，也缺乏特效的抗病毒藥物。因此加強健康教育，提高民眾的健康意識和自我保護能力非常重要。
2、手足口病病毒對紫外線照射十分敏感，所以可利用陽光中的紫外線殺滅病毒。
3、餐具，碗筷等用沸水煮15分鐘以上，每天最好消毒一次。
4、飯前便後、外出後要用肥皂或洗手液等給兒童洗手，不要讓兒童喝生水、吃生冷食物，避免接觸患病兒童。
結構研究
手足口病病毒研究2012年10月，中科院院士饒子和宣布，他和他的研究團隊已經成功“破解”手足口病的病毒，經過對龐大數據進行分析，研究人員發現EV71病毒有兩種結構，一種是空心結構，另一種是實心結構。只有實心結構的病毒顆粒才會與人體細胞結合，在人體內複製，從而對人體瘋狂進攻，最終對嬰幼兒產生致命危害。實心病毒顆粒是由空心病毒顆粒發展而來的，空心病毒的表面分布著90個規則小孔洞，病毒的基因可能通過這些孔洞出來，然後進入人體細胞內。如果能阻止這些孔洞的形成，病毒就沒法害人了。意味著治療手足口病將有特效藥。
