（一）理性與信仰
教父哲學雖然在對待理性的態度上有不同的立場，但在信仰高於理性、理性必須服從信仰這一點上，教父們卻是完全一致的。在基督教哲學的歷史上，愛留根納第一個明確地提出信仰應當服從理性。對於哲學在探求真理方面的作用，他給予了極高的評價：“為了達到真正的、完善的知識，最勤奮、最可靠地探求萬物的終極原因的途徑就在於希臘人稱之為哲學的那門學科之中”。愛留根納並不否認聖經和教父們的權威，但他認為對聖經只能作諷喻的解釋，例如把聖父理解為創造的實體，理解為一切事物的本質性，把聖子理解為上帝創造萬物所遵從的理智，把聖靈理解為創造的生命或生命力，這樣才能把上帝理解為三位一體。理性和啟示都是真理的來源，具有同等的權威，因而是不能互相矛盾的。愛留根納重申了教父哲學的命題“真哲學就是真宗教，真宗教就是真哲學”，但卻把強調的重心移向了哲學和理性。如果哲學與宗教、理性與信仰之間出現了矛盾，我們就應當服從理性。“即使權威產生自真正的理性，但反過來說，真正的理性卻從不產生自權威。因此，一切權威，只要它沒有被理性確證，就是相當軟弱的，真正的理性依靠其內在的威力不需要任何權威的支持”。
當然，愛留根納的目的並不在於否定信仰，而在於使信仰具有理性，使信仰與理性取得一致。但他推崇理性、推崇思維的精神，在整個基督教哲學中卻是難能可貴的。
（二）論自然的區分
關於自然的區分的思想是愛留根納全部哲學思想的核心。在《論自然的區分》一書中，愛留根納一開始就對“自然”作出了規定。“自然乃是一般名稱，指的是全體存在的與不存在的”，是“心靈所能了解的或者超越心靈力量所能及的全部事物”。顯然，這裡的自然是一個包羅萬象的最廣泛的概念。愛留根納首先區分了四種自然：（1）創造而非被創造的自然，它包括存在和不存在的一切的原因，指的就是上帝；（2）被創造又能創造的自然，它是眾多的創造的原因，指的是存在於上帝之中的諸理念，其統一就是邏各斯；（3）被創造而不能創造的自然，它是由於在時間和空間中產生出來而被認識的，指的是世界上的萬事萬物，是上帝理念的表現；（4）不創造又不被創造的自然，作為一切事物的終極目的，指的仍是上帝。這樣，萬物產生自上帝，又復歸於上帝。上帝創造萬物，無非是說上帝現存於萬物之中，上帝是一切存在的本質。整個自然在上帝這裡達到了統一。這種思想無疑為後世的泛神論洞開了門戶。
（三）存在與不存在
愛留根納的自然包括所有的存在與不存在。為了更深入地理解自然，愛留根納又提出了五種區分存在與不存在的方式。
第一種方式：理性以它為根據，要求一切可以清晰辨認的或超越感覺的，都可以隸屬於存在的範圍，而與此相反，那存在由於本性卓絕，不僅超於物質即感性之外，而且超於純思維以及理性之外，卻又表現為不存在。所以，一方面，上帝是包羅萬象的存在；另一方面，就上帝超越理性來說，他又是不存在。事物就我們能夠認識其屬性而言，是存在；就我們對它們是什麼以及為什麼存在毫無所知而言，它們又是不存在。
第二種方式：作為物質世界和每一區分的界限的每一個層次，連同它的緊接的較低層次，都可以通過令人驚奇的理解方式，視為存在和非存在。對某一層次的肯定，就是對另一層次的否定；反過來也是一樣。肯定人是有理性的、有死的、可以看見的創造物，就是否定天使是這樣的創造物；肯定天使是在上帝和事物的原因範圍裡邊的真實的思維運動，就是否定人具有這樣的思維運動。
第三種方式：凡是根據在時間和空間裡產生出來被形成了的物質原因本身而被認識的，習慣上被稱之為存在；反之，凡是仍然內含於自然深處，尚未成為被形成的物質，或者還不在時間和空間裡，並且還沒有由於某種機會成為可見的，習慣上被稱之為不存在。實現了的原因作為可見的現實就是存在，隱蔽的、尚未實現的原因則是不存在。但原因總是要表現為結果的，因而不存在總是要向存在轉化的。正是由這種原因和結果構成了這整個世界的系列。
第四種方式：只有憑純思維認識的，才是真正的存在；相反，那些通過產生、通過物質在時間和空間中的運動而延伸或收縮從而變化著、凝聚著或分解著的東西，只能說實際是不存在，這種看法適用於能夠發生、也能夠消滅的一切形體。常住不變的就是存在，變化的就是不存在。而只有常住不變的才是純思維的對象，因此純思維認識的才是真正的存在。
第五種方式：人是上帝按照自己的形象創造出來的。人犯了罪，從而背棄了上帝，背棄了上帝賦予自己的形象，喪失了自己的存在，就成為不存在。但當人被引導恢復了先前的存在狀態，就又恢復了存在。這也就意味著，符合自身理念的就是存在，不符合理念的就是不存在。
愛留根納區分存在與不存在的五種方式，滲透著古希臘哲學的精神。尤其是巴門尼德、柏拉圖和亞里士多德等人的思想，顯然對他都有著巨大的影響。與此同時，他的存在學說又是為他的上帝觀服務的。上帝以及理念是萬物的本質、原因和范型，只有上帝才是真正的存在。但另一方面，人們又只能通過上帝的創造物來認識上帝，因而上帝又是不存在。上帝是絕對不可理解的，甚至上帝也不理解自己。儘管如此，愛留根納把存在與不存在視為辯證的統一，視為一個運動、互相轉化的過程，顯示了較高的思辨水平，其中包含著不少合理的思想。
（四）人的獲救
在愛留根納關於存在的學說中，人是一種特殊的存在。人是上帝按照自己的形象創造的，上帝在創造人的同時，把一切事物的觀念也置放在人的心中。因此，人自身就是一個小世界。人由於犯罪而失去了自己的存在，成為不存在，但人也可以通過恢復先前的狀態而重獲存在。所謂天堂和地獄，都不是具體的地點，都只不過是人的心靈狀態罷了。地獄是因犯罪而感到的痛苦，而天堂則是因德行而感到的幸福。由此出發，愛留根納又重複了奧里根的觀點：一切存在都是不死的，最終都將回歸到創造者上帝那裡，甚至魔鬼也可以得救，只不過時間上稍遲一些而已。恩格斯在談到愛留根納的哲學思想時說道：“他的學說在當時來說是特別大膽的；他否定‘永恆的詛咒’，甚至對於魔鬼也如此主張，因而十分接近泛神論”。
在基督教思想占統治地位的年代裡，愛留根納哲學中的自由思想無疑洋溢著一股清新的氣息，這也使它不容於教會正統。他的著作曾受到855年和859年兩次宗教會議的譴責，後世的教皇霍諾留斯甚至下令焚毀《論自然的區分》的全部抄本。865年，教皇尼古拉一世要求禿頭查理或者將愛留根納交付羅馬接受審判，或者將他逐出宮廷學校。只是由於禿頭查理的庇護，愛留根納才幸免於難。但在禿頭查理於877年去世後，愛留根納就不知所蹤了。傳說他作為修道院長被修士們謀殺，但迄今為止未曾證實。
