微衛星引物開發

2.近緣種的引物； SSR 序列，然後設計引物；

簡介

微衛星引物開發由於許多物種目前的全基因組序列尚未公布，無法根據序列設計SSR位點引物，SSR引物對SSR 分子標記技術的套用至關重要，從而阻礙了科研的進行。

四種途徑

1.相關文獻；
2.近緣種的引物；
3.資料庫搜尋法：利用專門的 SSR 分析軟體，搜尋 GenBank、EMBLheDDBJ 等公共資料庫中的 DNA 序列和 EST 序列獲得 SSR 序列，然後設計引物；
4.根據從所研究類群基因組文庫中篩選出的一套 SSR 位點兩翼序列設計引物。

富集法

磁珠富集法的基本原理是首先用生物素標記重複序列特異探針並與基因組 DNA 酶切片段雜交，再利用生物素與鏈親和素親和性強的特性，用包被鏈親和素的磁珠進行磁力吸附完成重複序列目標片段的富集。經過磁珠富集後使克隆測序量大幅下降且使獲得具有重複序列的片段的效率大幅度提高，成為 SSR 引物開發極其有效的方法而迅速得到廣泛套用。