微生物群落是廣泛存在於生態系統中的一種結構單位和功能單位,它們是生態系統內充滿生氣的一部分, 微生物群落中各種不同的種群能以有規律的方式共處,同時它們具有各自明顯的營養和代謝類型。從某種意義上說, 微生物群落的發展導致了生物的發展。
人們對於微生物群落的認識多基於傳統微生物學方法,並結合生物化學、分子生物學和遺傳學等方法,分析群落中可培養微生物分布與功能。但是,現在已培養的微生物可能不到自然界微生物總量的1%,大量未培養的微生物如同地球上的"暗物質",在相應生境中存在種類到底有多少,如何發揮功能,傳統微生物學方法已經不能全面解答。