在已經發現在最古老的地層中,化石種類最簡單。在太古代的地層中有大量有孔蟲殼化石,而在晚近的地層中動物的化石種類也較複雜,並且能看出生物由低等向高等發展的順序。說明最初出現單細胞動物,後來才發展出復細胞動物。
(二)形態學方面
從現有動物來看,有單細胞動物、復細胞動物,並形成了由簡單到複雜、由低等到高等的序列。在原生動物鞭毛綱中有群體鞭毛蟲,其形態與復細胞動物很相似,可推測這類動物是從單細胞動物過渡到復細胞動物的中間類型。
(三)胚胎學方面
在胚胎髮育中,復細胞動物是由受精卵開始,經過卵裂、囊胚、原腸胚等一系列過程,逐漸發育成成體。復細胞動物的早期胚胎髮育基本上是相似的。根據生物發生律,個體發育簡短地重演了系統發展的過程,可以說明復細胞動物起源於單細胞動物,並且說明復細胞動物發展的早期所經歷的過程是相似的
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