創建
（原上海醫科大學神經病學研究所）於1980年初，經衛生部批准成立，由著名神經病學家張沅昌教授任所長，不幸的是，在揭牌儀式的前數天，張教授因病辭世。1980年5月正式揭牌，由著名神經外科專家史玉泉教授任所長，該研究所由神經內科（主任陳漢白，副主任劉道寬、秦芝九），神經外科（主任史玉泉，副主任蔣大介、陳公白、楊德泰）兩個臨床科室和神經病理研究室（秦芝九、張福林），神經電生理研究室（陳公白、瞿治平），神經生化研究室（劉道寬），神經免疫研究室（唐鎮生、呂傳真），神經遺傳研究室（陸費漢倩），神經流行病研究室（馮爾娟），神經感官研究室（姚景莉、朱文究室（姚景莉、朱文炳），神經資料情報室（汪無級、談永基），神經生物工程（蔣大介）和動物實驗室（楊德泰）等臨床研究室所組成。當時，神經內外科共有床位114張。本研究所在1981年被WHO聘為神經科學研究與培訓合作中心，同年被教育部評為首批神經病學博士學位授予點。1984年後，先後由陳公白、蔣大介、瞿治平教授相繼任研究所所長。1996年起，呂傳真教授接任研究所所長（1996年至今），周良輔、蔣雨平、徐啟武、洪震為副所長。此間重點進行了學科建設和研究室建設。由張玉林任神經病理室主任，任惠民任生化室主任，喬健任免疫室主任，陳銜城任實驗動物室主任，洪震任流行病學和神經心理室主任，盧家紅任藥理室副主任，蔣雨平任《中國臨床神經科學》編輯室主任。周良輔教授兼任神經外科主任，徐啟武、陳銜城、周范民、黃峰平為副主任；呂傳真教授兼任神經內科主任，蔣雨平、董強、盧家紅為副主任。在此期間成立了中心實驗室和細胞培養室，調整了研究方向。2002年11月起洪震教授接任神經內科主任，董強、盧家紅為副主任。
發展
2001年底，神經內科和神經外科分別被教育部評為重點學科。
神經病學研究所自成立以來，歷年來承擔了國家和上海市科委許許多多重大科研任務，七五期間，承擔攻關，國家自然科學基金和衛生部科研基金，國家教育部博士點及上海市科委基金26項，計人民幣153萬。八五期間，承擔項目各類基金22項，計人民幣145萬。九五期間，承擔項目21項，基金468萬。現仍承擔項目攻關和自然科學等基金7項，為國家和上海市醫療衛生事業作出了重大貢獻。
研究所取得了豐碩的成果。建所以來，先後獲得國家科技進步二等獎一次，三等獎二次，衛生部和教育部科技進步二等獎三次，上海市科技進步二等獎二次，三等獎五次，國內外發表論文1000多篇。近年來，每年均在100篇以上，其中SCI論文約占5%左右，出版專著和教材9本。
建所二十年來，相繼有史玉泉、蔣大介、劉道寬、秦震、陳公白、呂傳真、唐鎮生、江澄川、周良輔、徐啟武、蔣雨平、陳銜城、周范民、洪震等十四位教授被聘為博士研究生導師。歷年來，已培養了博士後研究生3名，博士研究生50多名，在讀碩士、博士研究生60多名。本研究所成為我國培養高級神經內外科醫師的重要基地。曾舉辦了十多期繼續教育學習班和二十多期進修班，為全國培養了神經內外科進修生700多人，並舉辦了四次國際性會議和六次WHO培訓班，普及神經系統感染、癲癇、腦外傷、社區防治、腦血管病和痴呆等神經疾病的防治知識，同時加強了與WHO的合作與交流，使本研究所成為神經病學的醫療、教學和研究中心。
