時代背景
晚清時期，西方醫學大規模輸入中國。以解剖學、生理學、病理學、細菌學、臨床診斷學為特徵的西醫在中國大行其道。
中西醫學畢竟屬於兩種異質醫學體系，並存局面必然導致兩者間的對峙與衝突。在五四新舊思潮激烈衝突中，知識界批評中醫愚昧落後之聲日漸高漲，西醫界也公開與中醫界決裂，醫藥界形成了涇渭分明的兩大對峙陣營。
1916年，余岩（余雲岫）撰寫《靈學商兌》，率先對中醫基礎理論進行系統批評 ；
1920年，余岩發表《科學的國產藥物研究之第一步》，得到了杜亞泉、惲鐵樵的回應，引發了1920年初關於中醫理論之爭。但無論是1920年的余杜之爭，還是1922年之餘惲之爭，均局限於學理上的探討，並沒有擴散到學界之外。
1925年中醫界謀求將中醫納入學校體制，卻因受西醫界抵制而流產。此事導致中西醫界關係迅速惡化，兩大陣營間水火之勢漸成。西醫界稱中醫為舊醫，稱自己是新醫，將中西醫之爭視為是“新舊之爭”，先進與落後之爭；而中醫界稱自己為國醫，稱西醫為西醫，將中西醫之爭視為“中西之爭”。中醫界對西醫的攻擊難以冷靜與客觀，而西醫界之激進人士對中醫界之批評更近乎苛刻。雙方譏諷之言與謾罵之詞日趨激烈。故1925年以後，中西醫界的爭論，逐漸由學理討論泛化為意識形態爭論。
主要經過
1929年2月23日至26日，南京政府衛生部召開了第一屆中央衛生委員會會議，與會者包括褚民誼、顏福慶、伍連德等當時的醫界名流共14人。
會議討論了余雲岫起草的《廢止舊醫以掃除醫事衛生障礙案》。這一提案除了“一個‘醫學外行’次長和一兩個參事抱懷疑態度外，其餘是滿場一致通過”。隨後，該提案寫入2月25日的會議記錄。2月26日，上海《新聞報》率先將此事公諸於眾。3月2日，余雲岫主編的《社會醫報》出版中央衛生委員會特刊，公布“廢止中醫案”。
原因
民國17年“廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案”余岩倡議，理由有四：
一、今舊醫所用者，陰陽五行六氣臟腑經脈，皆憑空結撰，全非合實，此宜廢止，一也。
二、“其臨床獨持橈動脈，妄分一部分之血管為寸、關、尺三部，以支配臟腑，穿鑿附會，自欺欺人。其源出於緯侯之學，與天文分野，同屬無稽，此宜廢止，二也。
三、”根本不明，診斷無法，舉凡調查死因，堪定病類，預防疾癘，無一能勝其任，強種優生之道，更無聞焉。是其對民族民生之根本大計，完全不能為行政上之利用，此宜廢止，三也。
四、“人類文化之演進，以在絕地天通為最大關鍵，考之歷史，彰彰可按。所謂絕地天通者，抗德而崇人事，黜虛玄而尚實際也。（北伐後）方破除迷信，廢毀偶像，以謀民眾思想之科學化，而舊醫乃日持巫祝緯之延以惑民眾；政府方以清潔消毒訓導社會，使人知微蟲細菌為疾病之源，而舊醫乃日持其冬傷於寒，春必病溫，夏傷於暑，秋心米比瘧等說以教病象，阻遏科學化，此宜廢止，四也。
故“舊醫一日不除，民眾思想一日不變，新醫事業一日不上，衛生行政事業一日不能進展。為民族進化計，為民生改善計，不可不採取斷然措施”
主要內容
1、施行舊醫登記，給予執照方能營業，登記限期為一年。
2、限五年為期訓練舊醫，訓練終結後，給以證書。無此項證書者停止營業。
3、自1929年為止，舊醫滿50歲以上、在國內營業20年以上者，得免受補充教育，給特種營業執照，但不準診治法定傳染病及發給死亡診斷書等。此項特種營業執照有效期為15年，期滿即不能使用。
4、禁止登報介紹舊醫。
5、檢查新聞雜誌，禁止非科學醫學宣傳。
6、禁止成立舊醫學校。
後續歷史事件
考慮到余岩提案過於激進，中央衛生會議最後通過之廢止中醫案———《規定舊醫登記案原則》，其實施辦法則顯得和緩許多。該議案規定了廢止中醫之三條原則：“甲：舊醫登記限至民國十九年為止；乙：禁止舊醫學校；丙：其餘如取締新聞雜誌等非科學醫之宣傳品及登報介紹舊醫等事由，衛生部盡力相機進行。”
中央衛生會議所通過的議案及余岩之提案公布後，立即遭到了以陳存仁、張贊臣為代表的上海中醫界的強烈反抗，也引起社會各界的強烈反響。
反擊
葉開泰與中醫界的反擊
中醫界反抗廢止中醫案，一開始便不與西醫就中醫優劣問題作學理上的討論，而是逐條批駁余岩等人廢止中醫之理由，並將中醫存廢置於政治意識形態層面進行論辯。
葉開泰藥號與中醫界明確打出了這樣的旗幟：“提倡中醫，以防文化侵略；提倡中藥，以防經濟侵略”；公開宣告提倡中醫中藥之目的是：“促進健康，強種強國，維護民權；職業自由，掃除障礙，張吾民權；發揮天產，推銷中藥，富裕民生。”
3月11日，上海醫界春秋社等8團體發表通電，指責余岩利用衛生部和中央會議等行政手段，打壓中醫界，將其廢止中醫上升到“摧殘國粹學術”的高度。他們一再申明，“中醫自有中醫診斷之法，勘定病別之類，”並非“巫祝讖緯之道”。針對余岩在提案中指責中醫“反動”之語，中醫界聲稱中醫完全合乎三民主義，是“極端之極端的民生主義”，是“極端之民族主義”。這種駁難，顯然已非學理爭論，而是意識形態化之政治攻擊，是將中醫存廢問題提升到是否擁護三民主義的政治層面，爭取政治上之優勢。也正是從這個意義上，中醫界反而指責西醫界廢止中醫乃違背三民主義之舉，並喊出了“打倒余汪提案，就是打倒帝國主義”等政治性口號。
中醫界掀起的全國性抗爭活動，引起了全社會的關注，也影響著社會安定與政府威信。在中醫界掀起大規模抗爭後，處於風頭浪尖上衛生部長的薛篤弼，急於化解與中醫界的衝突，將這場風波儘快平息。故他一再公開表示並無廢止中醫之意。在中醫藥面臨生死存亡的關頭，葉開泰藥號挺身而出，組織領導了一場聲勢浩大、轟轟烈烈的保衛中醫藥的運動，由時任管事陳讓泉和另外兩位同仁，趕赴南京，於行政院議事廳舌戰余岩，據理力爭。最終迫使衛生部長薛篤弼現場表態：“對於中西醫並無歧視，當本良心主張，對於中西醫學，斷不有所偏袒。”
他向請願代表當面表態：“我當一天部長，決不容許這個提案獲得實行。”不久，請願團收到國民政府文官處批示：撤消一切禁錮中醫法令。
至此，廢止中醫案，以失敗告終。
為慶祝這次勝利，從1929年起，3月17日被定為“中國國醫節”。國家成立了國醫館，武漢市設立了分館。經此一役葉開泰在中醫藥界風頭一時無倆。
謬論
反中醫先鋒余岩的謬論
余岩的一段氣勢磅礴的話不可不錄：反對廢止中醫是不許醫藥之科學化也，是不許政府有衛生行政也，是不許中國醫事衛生之國際化也，是坐視文化侵略而不一起謀所以振刷也。以若所為，求若所欲，必枯守誕妄不根之玄學時代落伍之國粹而後快。鐵路可廢也，不妨駑馬十駕；軍艦宜禁也，何如艄艫千里。長槍大戟可以敵槍炮，而兵工廠為無謂糜費之事矣；八股策論詩賦歌詞可以得英才，而算術理化為奇伎淫巧之學矣。不識天文、不明地理、不知氣象、略識之無，即可以高言氣化，竊研造物之奧妙。而科學實驗，以真本事實力量從事者，為畫蛇添足之舉矣。陰陽氣血寒熱補瀉諸膚廓籠統之談，足以盡病情淪藥理，而解剖生理病理藥物之學，可詈為骨骼堆中殺生場上學醫矣。不許維新，不許改革，雖疆城日削，國權日喪，以至於國破家亡，同歸於盡，亦悍然不顧。是逞一朝急氣之憤，而忘邦國之大計者也。（《大公報》民國十八年三月十七日）
這種上綱上線的大字報論法頗有後來的文革之風，直是將亡國滅種的罪過，一股腦都怪在中醫尤其是請願不要廢止中醫的人們頭上。
歷史意義
余岩為代表的西醫廢止舊醫之最重要理由，乃為中醫不合近代科學。在科學主義高揚的時代洪流中，只要中醫理論在科學上沒有根據，中醫理論不能以科學來解釋，也就無法得到科學的承認。得不到科學承認的中醫，其存在的合理性、合法性便會受到懷疑，中醫的生存危機便難以得到根本消除。故此，在圍繞中醫存廢之論爭中，中醫不合科學之特性已被充分揭示出來，政府及西醫界以中醫需要改良、中醫需要科學化為由，向中醫界施加強大壓力，迫使中醫向科學化邁進。即使是那些不贊同廢止中醫者，也多主張中醫應該改良、整頓、革新，應該科學化。經歷了此次生死抗爭的中醫界不少有識之士，也意識到中醫革新、中醫科學化的迫切性。
這樣，在這次生存抗爭中倖存下來的中醫界，為了謀求自身之生存，不得不開始對中醫理論進行革新和改良，不得不接受中醫科學化主張，自覺地進行中醫科學化嘗試。同時，西醫界在這次論爭中儘管未能達到廢止舊醫之目的，但卻迫使中醫自身進行改良，並開始走上科學化道路，未嘗不是一種真正意義上的勝利。
中醫科學化的實質，就是用近代西方科學方法及科學原則整理中醫理論，將中醫納入到近代科學體系中。由於中醫理論體系的不可證偽性，中醫科學化的道路是狹窄的，因此，中華人民共和國成立之後，投入了大量的人力物力研究中醫中藥，幾乎沒有在國際學術界得到認同，作為藥品在註冊的中藥品種數量在目前仍是零 。
