建築風格
帕巴寺的建築風格獨特，系樓閣式石木塔。高四層。塔中有梯可盤鏇至頂。層層出檐，逐層收分，每層均設有壺門、小窗，建有挑檐、檁枋、椽子、飛頭、瓦壟等。塔之四角的一、二層檐角套有火焰形銅
佛殿
帕巴寺底層，寺廟的主體部分，由門廊及主殿兩部分組成。
①門廊。門道設於南面，寬4米，有兩層石踏道。門楣兩端有圓雕木獅一對。門廊4柱，左右各有密室一間相通。
②主殿。位於門廊北面，門道朝南，寬約2米，有石踏道四層，最上兩層尚存護鐵，釘有鐵釘。門楣上方為5尊護法獅子，其間繪有頭戴黃色尖帽的格魯派祖師法像。佛殿平面呈正方形，進深3間，面闊3間，現存立柱14根。在南端東側第一柱上有模糊不清的墨書藏文題記。殿堂南壁的東、中、南段上方各開有採光小窗。主殿北壁原放置主尊釋迦牟尼8歲身量的檀香木像，俗稱帕巴瓦第像，帕巴寺也因此而得名。東、西壁各置佛像4尊，東壁西側放置十三世達賴的泥塑像，高約10米，西壁角上原放置有蓮花生大師泥塑像，高8～10米。殿堂內懸掛有五色緞子製作的莊嚴勝幡，木柱四周皆用錦緞圍裹，東西兩壁經櫥內分置有《甘珠爾》、《丹珠爾》經書各1部。主殿南側原有僧舍9間，已改作他用。佛殿內、外有環廊環繞，以供信徒轉經之用，外環廊木柱上原安置有一周轉經筒，今已不存。
壁畫
寺內壁畫有早、晚期作品，分布在門廊、佛殿及外環廊。
門廊壁畫門廊北壁右側為蓮花生像，其下方繪其弟子，上方分別繪製密宗雙身佛像“定覺”及白度母，間飾山水、雲朵圖案；北壁左側繪十一面八臂觀音，足踏蓮座，身披天衣，搭條帛，有頭光、身光，其上方左右分別繪釋迦牟尼佛坐像，下方左右繪一般說來丹拉姆（吉祥天女）護法神，中央為“聖山”岡仁波且。門廊東壁為釋迦化佛小像，皆結跏趺坐於蓮台上，結各種印像，皆結跏趺坐於蓮台上，結種種印相，皆有背光。門廊南壁從東至西分別繪有化佛、三世佛、羅漢、護法神、觀音、度母像等。門廊西壁繪有3尊呈忿怒狀的護法神像。
佛殿壁畫最為精彩的是南壁東、西段壁畫。東段壁畫的最上方為釋迦牟尼像；中心繪宗喀巴弟子3人；東側繪觀音法像；西側繪仁嘎欽布、白髻長髯，手持人骨法號；最下方為5尊並列的護法金剛像。西段壁畫的最上方繪綠度母；下方繪吉祥天女護法神；西端繪聖山岡仁波且；東端繪騎虎、騎象和一頭戴人骨骷髏冠、坐壓在披髮裸體人之上的3尊護法神像；其中心為觀音法像，四周以雪山、雲彩裝飾。
外環廊壁畫是帕巴寺壁畫最為精美的部分。南壁：上方門楣處繪釋迦牟像，左右繪有度母、護法神像；西段為西方廣目天王（手托塔）與東方持國天王（手執琵琶），兩天王之間繪製壇城（曼荼羅），中央為無量光佛，西側為化佛小像；東段繪有南方增長天王與北方多聞天王、吉祥天女像。西壁：從南至北繪有護法神、十六羅漢、歷代高僧在德等。北壁：從西至東繪有釋迦牟尼、班丹拉姆、米拉日巴、噶瑪法王、德敦嘎旺多傑、哈蒙居馬、仁尊次旺羅布、切洛桑扎、蓮花生及其佛母康錯益西措傑、拉堅門德那哇、墀松德贊、藥師佛及其弟子、喜金剛、觀音、強巴佛、白傘蓋、多吉申巴、恰那多傑、綠度母、宗喀巴師徒三人，拉羅哇、吉尊強準等肖像。東壁：北壁畫早、晚期區別顯著。南段下層壁畫在技法上運筆細膩，線條流暢，施色淺淡，色調偏灰，以不帶膠質的礦物質顏料著色，具有早期壁畫的特徵。菩薩像，手持淨瓶，上體赤裸，其旁側為菩提樹，赤足站立於蓮座之上；法師像，頭戴淺褐色尖帽，內著右衽僧衣，身披袈裟，右手作說法印，左手執淨瓶平置於腿部，結跏趺坐於蓮台上；墀松德贊像，頭戴寶冠，手執輪寶，端坐於蓮台之上，下為祥雲環繞，其左下方還繪有一頭戴高冠的菩薩頭像，手執法螺。南段上層壁畫年代晚於下層，但題材十分豐富，有釋迦牟尼傳記、松贊乾布時代的宮廷生活、削髮剃剃度等不同的場面。《宮廷生活圖》，反映的是松贊乾布時代大臣甲射的宮廷生活情景。畫面以樓閣為中心，第一至三層為甲射端坐於法台，手執法輪，其兩端分立侍女：第四層為7名宮廷侍從居於室內，均頭纏頭巾，身著圓領衣，談笑娛樂；第五層為宮中馬廄，繪有良驥數匹和飼養人；第六層為騎馬出行圖和宮中宴飲場面。《削髮剃度圖》，畫面正上方繪一座覆缽式塔（俗稱“喇嘛塔”），四周環繞雲朵、樹叢；其下方繪製3人：從左至右一人頭纏頭巾，正在燒水；一人身穿紫紅色右衽長袍，右手執剪，左手抓住髮辮，正在剃髮；一人身著通肩袈裟正在主持剃度儀式。《釋迦涅盤圖》，正中繪製釋迦牟側臥，右側有菩提樹，樹下二弟子悲哀垂首；上部祥雲籠罩，左右各有2各樂音菩薩在天迎奉。北段上層壁畫的年代最晚，而且與北段下層壁畫的疊壓關係十分明顯。壁畫從北端開始，繪製出布達拉宮、甘丹地、哲蚌寺、色拉寺、琉璃橋、八角林三塔及藥王山等宏大建築群，長達9米，氣勢宏大。此外，還繪有吉祥天母像。
帕巴寺從建築和壁畫來看，歷代曾進行過修葺，但其主體建築卻依然保存了歷史舊貌，具有濃郁的南亞風格。“文革”期間寺廟被毀，現已由吉隆縣政府批准恢復。
