自然環境
保護區為河谷平原，在峽谷處含有少量山地。布爾根河是一條由東向西的河流，發源於蒙古人民共和國境內，流入我國50公時里後，與青格里河匯合到烏倫古河。本河段穿行於阿爾泰山東南緣余脈的群山間，山勢不高，山體岩石裸露，河床寬15～25米，年均流量為12.76m3/s。主要水源為阿爾泰山的雪，每年5月中旬到6月中旬為冰雪融化的洪水期。氣候年均溫—0.01℃；年降水量為16849毫米，其中30%為降雪量。
植物資源
植物主要為河谷林和水生植物，種類不多。河谷林為灰柳純林，或與青楊呈塊狀混交。河谷林帶一般寬為20～30米，極少到100米，有的河段因墾殖只有散生的孤立木或無林。其它植物有芨芨草、鈴鐺刺、蘆葦、長苞香蒲等。還有沙生針茅、多根蔥、小蓬、優若黎。無國家級保護植物。
動物資源
保護區野生動物資源有河狸、麝鼠、草兔、野豬。偶爾來保護區尋食、飲水的有石貂、草狐、沙狐、狼、盤羊、北山羊、鵝喉羚、雪豹、金雕、蒼鷹等。數量較多的鳥為有雁鴨類、鴉類、野鴿及雀形目鳥類。兩棲類有花背蟾蜍，爬行類常見的有旱地沙晰。
國家保護動物一級有河狸、金雕、雪豹、北山羊；二級有石貂、鵝喉羚、盤羊、雪兔等。
（一）河狸——國家一級保護動物
哺乳動物，齧齒目河狸科。是我國最大的齧齒目動物，其明顯特徵是尾大而扁平，呈卵圓形，布以角質鱗片。體粗而短，體長70～100厘米，頭圓、頸短、眼小、耳短，耳內具防水瓣膜，四足黑色，具五趾。後足掌較前足掌大，趾間具蹼可以划水。背毛黃棕色，腹毛略淺。
河狸是根據水位的變化沿河道築壩堵水以保持生活區穩定的水位，它的巢穴一般都築在岸邊或水中小島上，而洞的進出口都在常年水位半米以下的水中，在水中建築洞或巢，而棲息睡覺地方在水平面以上（圖2）。水域環境對河狸的生存極為重要，它在水中游泳，運輸食物及建巢材料，在水中進食、排泄、避敵、交配和貯存食物，通過水域進行遷徙和擴散。冬日冰面上有河狸出入的冰洞口。
河狸的領域性很強，以家族為單位生活。每年1～4月交配，孕期105～108天，5～7月產仔，每胎2～3仔。哺乳期約2個月。2歲多性成熟。河狸夏季以草為主要食物，其它三季以木本植物的樹皮、嫩枝葉為食。人工飼養下，河狸可活15～20年。其天敵及食物競爭者為石貂、狐、狼、金雕、蒼鷹、野豬、草兔等。
河狸是珍貴的毛皮獸，有香囊，產河狸香，是名貴的香料和保香劑，又是珍貴的藥材。
河狸在我國數量約500～600隻，1985年布爾根河保護區內有29個家族，約110～120隻。是烏倫河水系中河狸密度最大的河段。
（二）石貂——國家二級保護動物
別名岩貂，體長約45厘米，體軀粗壯，四肢短粗有力，尾長於體長之半，尾毛蓬鬆，毛色單一，為灰褐色及淡棕褐色，胸部具鮮明的“V”形白色或黃色斑點。
石貂生活在岩坡、灌木林邊，穴居，多晝伏夜出，善攀援，性膽大兇狠。主要以鼠類、鳥類及卵為食，春季繁殖，每胎產仔3～5個。
（三）雪兔——國家二級保護動物
別名白兔，變色兔。體型較大，體長45～52 厘米，耳短，尾極短，冬毛全身純白，反耳尖、眼圈黑褐色。夏毛頭部、背部為棕褐色或棕黃色，腹部白色。雪兔棲居河谷柳叢與白楊林中，夜間活動，白天隱居洞穴中，善跳躍，食樹皮，嫩枝及草本植物。
河狸及其生態環境是布爾根自然保護區的重點保護對象，為發展這種珍貴的野生動物，國家在烏倫河流域建立一個大規模的現代化的河狸飼養場，用科學的方法提取河狸香，讓其更好的造福於人類。
