工程研究中心已具備較好的工業生物技術研發條件。建築面積5000m2，設備總1800萬元，現有超速冷凍離心機、高速冷凍離心機、製備型HPLC、分析型HPLC、GC-MS、螢光定量PCR、全自控發酵罐、螢光顯微鏡等大型進口儀器設備。工程中心主要研究方向有胺基酸工業、酶製劑工業、維生素和單細胞油脂。
中心以開發創新技術為立身之本，既注重解決現有技術中存在的問題，也注重先導性基礎研究，始終保持以下研究方向的高新特徵，通過工業微生物產品在產業化中的關鍵技術的攻關研究，加速實驗室已有成果的迅速轉化，開發出具有自主智慧財產權的成果，不斷將產品推向市場、推向新的套用領域，主要研究開發方向有：
1. 工業微生物資源篩選與育種
以新型工業酶製劑、胺基酸、抗生素為目標產物，藉助高通量篩選技術獲得系列出發菌種。通過誘變育種、原生質體融化、代謝調控和分子育種技術獲得高產菌株，供生產中試用。
2. 發酵工程與代謝控制
以細胞高密度培養和產物的超量表達為目標，通過最佳化培養基的組成和工藝條件，並藉助代謝組學和代謝格線理論，實現發酵工程的全自控。最佳化集成各種生物大分子（蛋白質、多糖、酶製劑、抗生素、有機酸等）的純化技術，包括凝膠過濾，離子交換色譜，親和層析，超濾，真空濃縮和結晶。
3. 工業微生物功能基因的利用
通過各種PCR和建立cDNA文庫與DNA文庫等技術高通量克隆工業微生物編碼相關代謝產物的功能基因，建立高效表達體系，並通過分子進化技術改造基因，最終構建工程菌，實現功能基因的高密度表達。
4. 酶工程
主要涉及菌株的選育、產酶工藝的最佳化、產酶的代謝調控、酶的分離純化、酶的固定化、酶分子修飾以及酶的套用。酶種的主攻方向有極端酶（高溫酶、低溫酶、鹼性酶、酸性酶等）、脂肪酶、纖維素酶和與生物質能源生產用酶。
5. 生物材料
主要涉及蛛絲蛋白、蠶絲蛋白、羥基磷灰石和緩釋藥物生物材料。運用基因工程的方法人工製備與天然蛛絲蛋白相似的重組絲蛋白產物; 解決人工合成蛛絲蛋白纖維的“瓶頸”-液態蛋白質向固相轉化的問題，創立重組蛛絲蛋白紡絲工藝;製備具有生物相容性、高強度、可降解的新型組織工程支架材料及其他醫用生物材料。
6. 生物能源
發酵各種生物質包括澱粉、甘蔗糖質和木質纖維素，生產燃料乙醇；利用微生物轉化生物質發酵生產單細胞油脂，並通過酶法或化學法生產生物柴油。
