鹹豐二年,擢湖北巡撫,時武昌方為賊踞,次年春,賊棄武漢東下,分擾江南、江西,崇綸始抵任。既而賊復上竄,陷興國州田家鎮,進黃州。崇綸疏言:“武漢民遷市絕,餉乏兵單。請移內就外,以剿為先。”未幾,賊犯漢陽,窺武昌。總督吳文鎔初至,與崇綸意相迕。及賊退,崇綸遂以閉城株守劾之。文宗慮兩人不能和衷,且僨事,命文鎔出剿,而責崇綸防守。文鎔率師薄黃州,崇綸運輸餉械不以時,惟促速戰。
四年正月,文鎔兵敗,死之。崇綸自請出剿,謀脫身走避,文宗燭其隱,不許。會丁憂,青麟代之,仍命崇綸留湖北協防。又以病乞罷,上怒,褫其職。六月,武昌陷,崇綸先一日出走,逕往陝西。及曾國藩論劾,命逮治。服毒自盡,以病故聞。