主要職責
（一）起草全省畜牧業地方性法規、規章草案；擬訂全省畜牧業發展的規劃並組織實施；指導、監督全省畜牧業行政執法工作；負責畜牧業對外經濟技術交流與合作。
（二）負責全省畜牧業監督管理工作。指導畜牧業結構調整、標準化生產和產業化建設；負責畜禽良種的資源保護開發、繁育推廣、生產經營管理工作；依法指導、扶持涉牧農村合作經濟組織的建設與發展。
（三）負責全省動物防疫工作。制定全省動物疫病防治規劃並組織實施；組織、指導全省動物防疫、動物及其產品的檢疫監督工作；負責全省畜禽標識及疫病可追溯體系建設； 負責突發重大動物疫情應急管理工作；承擔省防控重大動物疫病指揮部的日常工作。
（四）承擔全省畜產品質量安全監督管理責任； 負責奶畜飼養以及生鮮乳生產環節、收購環節的監督管理工作。
（五）負責獸藥、獸醫器械、動物診療機構的監督管理和獸醫生物實驗室的生物安全監督工作；指導官方獸醫、執業獸醫管理工作；組織實施獸藥、獸藥殘留限量和殘留檢測方法國家標準。
（六）承擔全省飼料、飼料添加劑監督管理責任；承擔飼料生產企業設立條件審查和動物源性飼料安全衛生審查工作；負責全省草原(場)監督管理、草種管理、草原(場)征占用審核審批；承擔全省草原(場)防火工作。
（七）組織制定全省畜牧業科技、教育培訓、技術推廣規劃並組織實施；組織實施畜牧業重大科研項目攻關；指導全省畜牧獸醫隊伍建設。
（八）承辦省委、省政府及省農業廳交辦的其他事項。
內設機構
辦公室(掛規劃財務處牌子)
組織協調局機關日常工作；
負責局機關文電、政務信息、檔案、保密、信訪、督查、宣傳、外事、保衛、會務和綜合性文稿的起草工作；
組織協調政策法規的起草與修訂，推進行業行政執法工作；
負責畜牧業對外經濟技術交流與合作；
負責畜牧獸醫事業費和專項經費的管理， 負責財務、統計、 國有資產監管工作。
人事處(掛離退休幹部處牌子)
負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制工作；
組織、指導系統教育培訓工作；
負責局機關離退休人員的管理服務工作，指導局直屬單位離退休人員的管理服務工作。
畜牧科技處
擬訂畜牧業生產發展的政策並組織實施；
組織、指導畜牧業產業化建設；
按規定負責畜禽養殖項目的篩選、實施和管理；
負責種畜禽管理工作，指導畜禽良種繁育體系建設；
組織、指導畜牧獸醫行業科技工作。
動物衛生防疫處
擬訂動物防疫、檢疫的政策並組織實施；
指導、監督全省動物防疫、檢疫工作；
擬訂動物疫病防治計畫並組織實施，組織實施全省重大動物疫病防控工作；
按規定負責動物防疫、檢疫項目的篩選、實施和管理；
指導無規定動物疫病區的建設和動物防疫管理工作；
承擔省防控重大動物疫病指揮部辦公室的具體工作。
飼料處
擬訂飼料、飼料添加劑管理及草原(場)保護、建設的政策並組織實施；
負責飼料、飼料添加劑、草原(場)和草種監督管理工作；
負責飼料、飼料添加劑生產企業設立條件審查和動物源性飼料生產企業安全衛生審查；
負責飼草資源的保護及開發利用；
負責草種生產經營、草原 (場)征占用審核審批；
按規定負責有關飼料及飼料添加劑、牧草項目的篩選、實施和管理；
承擔省草場防火辦公室的具體工作。飼料處對上可使用山東省飼料工作辦公室的名義。
畜產品質量安全監管處(掛省奶業管理辦公室牌子)
擬訂畜產品質量安全管理的政策並組織實施；
負責畜產品質量安全監督管理和重大畜產品質量安全事故處置工作；
負責對畜產品、畜牧業投入品、產地環境質量檢測機構的考核工作；
組織實施畜產品質量安全監測，開展風險評估，會同有關部門發布畜產品質量安全狀況信息；
組織、指導對畜牧業投入品的監督管理；
按職責分工承擔無公害畜產品認證管理有關工作；
會同有關部門制定奶業發展規劃並組織實施；
指導奶源基地建設、標準化生產和奶畜養殖管理；
負責奶畜飼養及生鮮乳生產、收購環節的監督管理工作。
機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作， 日常工作由人事處(掛離退休幹部處牌子)承擔。
局屬事業單位
山東省動物衛生監督所
山東省動物疫病預防與控制中心
山東省畜牧總站
山東省獸藥質量檢驗所（掛省畜產品質量檢測中心牌子）
山東省飼料質量檢驗所
山東省畜牧獸醫信息中心
山東省蜂業良種繁育推廣中心（掛山東省蜂業與蜂產品質量檢驗所牌子）
山東省畜牧獸醫局機關服務中心
