內容介紹
一群瘋狂的科學家，為了自己的夢想，研製出一套只需要少許基因便可複製出寵物小精靈的機器，並把發掘到的世界最強寵物小精靈——夢幻的睫毛，複製成了擁有比夢幻更強能力的——超夢。但當超夢醒來後，卻因無法找尋到真正的自我而暴走，將島嶼上的研究所夷為平地。 這時候，火箭隊的老大出現在超夢的面前，用花言巧語把迷失自我的超夢拉攏過來為自己辦事，但沒過多少時間，超夢再次對自我感到迷茫，也徹底對利用他的人類感到失望，爆炸在火箭隊老大基地又一次出現，超夢也離去了，回到那個複製它的島嶼，決定開始它的復仇之戰。
另一方，正在草原野餐的小智一行，也迎來了他們新的故事……
因為看到了小智精彩的小精靈對戰，不明人物邀請小智他們參加最強小精靈訓練家派對，地點是新島的寵物小精靈城，一直在旁偷看的火箭隊武藏和小次郎也得知了這個訊息。而這時，真正的夢幻，已經從海底誕生了。
為了趕去新島，小智一夥達到港口，但渡船卻因為突然的暴風雨而停航。有的人並沒有死心，憑藉小精靈的力量到達了新島，不過除了小智一夥只有另外三人到達，原來這是不明人物為了測試而引起的暴風雨，但偉大的是，我們頑強的武藏和小次郎也到達了這裡，還有好奇心強的夢幻。
終於，人員集合後，不明人物現身，原來他就是超夢！為了打敗這些強力的小精靈訓練家而邀請他們來。於是，超夢也拿出了他製作的複製品——妙蛙花、噴火龍、水箭龜，這三個初始的寵物小精靈與訓練家們的同類戰鬥。另一方，武藏和小次郎也開始探索這個島嶼，巨大的複製機器近在眼前，原來這也就是那被摧毀的研究所重建而成的。小精靈的戰鬥也終於開始，不過情形卻是一邊倒，很快另兩人的妙蛙花、水箭龜被打倒，甚至連小智的噴火龍也不是複製品的對手。完勝後，超夢野蠻的變出了黑暗精靈球，想把所有的小精靈都抓住，逃到最後的也只有皮卡丘，但還是沒能躲過被抓的命運，小智拚命抱住抓住皮卡丘的黑暗精靈球，一起掉入了複製機器，也漸漸把機器破壞掉。於是所有的小精靈都被釋放出來，但同時複製已經完成，所有的複製品也全部被釋放。
此時，貪玩好奇的夢幻終於現身，帶領著一方小精靈正體，超夢則依然迷茫，想以打敗夢幻來證明自己的存在與強大，於是，正體與複製品的大戰終於開始了！夢幻與超夢則是精神力大戰，而其餘的正體雖然能力不如複製品，但也都拚命應戰，打的不可開交，除了傻傻的可達鴨不知戰鬥為何物，還有喵喵各自都因為怕弄痛自己而不高興打，最可憐是皮卡丘因不願與複製品戰鬥一直在挨打。很快，正體與複製品幾乎全都筋疲力盡，倒在了一起，夢幻與超夢的決戰也將近尾聲，就在各自要發出最後一擊的時候，小智醒悟了無論正體與複製品，現在的它們不都是生物嗎？不也都可以像生物一樣生存嗎？於是小智不管夢幻與超夢的最後一擊而跑了上去，最終被擊中。氣絕的小智已呈死灰狀，連皮卡丘的十萬伏特電擊都沒有任何感覺，這時所有的小精靈都感動的落淚了，奇蹟也終於發生，所有的淚光都聚集在小智身上，那一瞬間就是復活。
超夢理解了自我存在的意義，也可以作為生物了存在的意義，帶領一群複製品遠走而去，夢幻還是快樂的遊玩，被傳送出島的人們也繼續著他們的旅途，當然還有，我們的武藏和小次郎正在享受孤島的風景秀麗……
人物介紹
小智：以神奇寶貝大師為目標的健康開朗十歲少年
皮卡丘：眾所周知的電氣神奇寶貝，小智最要好的夥伴
小霞：華藍道館館主，自稱世界美少女，專使用水系神奇寶貝
小剛：岩系神奇寶貝飼育家兼尼比道館館主。對女性無法招架
小次郎：三位是火箭隊中最搞笑也最常失敗的隊員。武藏自認年輕如女王般、而出生富豪的小次郎愛收集瓶蓋、喵喵則是花了許多代價終於學會人話，自比為首腦
夢幻：世界上最珍貴的神奇寶貝，據說體記憶體有所有神奇寶貝的基因，化石在亞瑪遜內地發現
超夢：由夢幻的睫毛經由人工科技改造出來，兼具一切能力的神奇寶貝。無論是超能力、腦力、技能...唯一不足的只有「愛」
幕後製作
【Staff】
原案 ： 田尻智
スーパーバイザー ： 石原恆和
アニメーション監修 ： 小田部羊一
エグゼクティブプロデューサー ： 久保雅一、伊藤憲二郎
監督 ： 湯山邦彥
プロデューサー ： 吉川兆二、松迫由香子、岡本順哉、盛武源
腳本 ： 園田英樹
アニメーションプロデューサー ： 奧野敏聡、神田修吉
キャラクターデザイン ： 毛利和昭、松原徳弘、一石小百合
総作畫監督 ： 毛利和昭
音響監督 ： 三間雅文
音楽プロデューサー ： 篠原一雄、齋藤裕二
音楽 ： 宮崎慎二
製作 ： 國小館プロダクション
製作 ： ピカチュウプロジェクト
配給 ： 東寶
【CAST】
小智：松本梨香
比卡丘：大谷育江
小剛：うえだゆうじ
小霞：飯冢 雅弓
