審計文化與教育博物館建築面積1400平方米，分為上下兩層。一樓是審計文化展廳；二樓是審計高等教育展廳。一樓展廳分為世界審計經緯廳、古代審計廳、近代審計廳、當代審計廳、審計技術與方法廳和審計名人廊共6大展區；二樓展廳展示了我國唯一以審計命名的高等院校——南京審計學院近30年的發展歷程。
博物館正大門矗立著兩扇高3米的厚重銅門，銅門上鑲嵌著全世界50種不同語言的“審計”文字。旋轉式開啟的大門，意蘊審計文化與教育博物館是一個開啟和走向審計大世界的啟航之地。
世界審計經緯廳收集了全世界180多個國家和地區的審計機關LOGO，運用先進的多媒體技術集中展示了主要國家的審計經典，圖文並茂地展現了中國在世界審計舞台中作出的重要貢獻和在聯合國審計中的重要地位。
古代審計廳展示了自西周以來直到清代的官計審計、上計審計、比部審計、三司審計、科道審計的發展脈絡。館藏品中有各種秤、尺、斗、算盤、天平，有南宋第一枚審計官印、明代城牆磚、雲景官服補子等，以及仿活字印刷的審計文字牆、漢武帝受計大會模擬場景、唐代太倉審計模擬場景等，生動地再現了古代審計的發展歷史。
近代審計廳主要展示了民國時期的國家審計、註冊會計師審計和內部審計發展概況，包括北洋政府時期、南京國民政府時期的國家審計，民國時期的會計師事務所，民國時期的審計官員。
革命根據地時期的審計主要展示了從紅色政權的誕生到新中國成立的20餘年間，中國共產黨領導下的革命根據地審計事業從無到有、從初探到成熟，為黨取得革命勝利提供經濟安全和權力安全的審計保障。展廳中的模擬場景展示了人民審計制度的奠基人阮嘯仙在擔任中華蘇維埃政府中央審計委員會主任時期，以賬本作為審計人的武器在突圍轉移途中的情景。
當代審計廳展示了我國國家審計的憲法依據、國家審計的組織制度、歷任總理對審計工作的重要指示、審計署成立以來的歷任審計長、重要的審計法律法規等內容。當代審計廳可以查詢審計署的歷年審計結果公告、全國審計系統先進人物和先進事跡、重大項目跟蹤審計、地方政府性債務審計、汶川地震災區重建項目審計等重要審計信息。通過審計結果公告、審計大事件、審計大案要案、審計現場等多媒體互動展現方式，全面展示了國家審計在國家經濟建設中發揮的保駕護航作用。
二樓展廳展示了南京審計學院近30年的審計高等教育發展歷程。通過大量圖片、影像資料等展示了審計署、教育部和江蘇省領導對學校事業發展的親切關懷，展示了國外審計長和國內外學術大師來校參訪、交流的情況。展示了南京審計學院在人才培養、學科建設、專業建設和國際交流等多方面取得的豐碩成果。
博物館館通過審計文物、多媒體技術、視頻圖片、場景模擬等多種方式，以聲、光、電的豐富形式全景式地展現了我國自西周以來三千多年的審計發展歷程，是一個接受審計知識，感知審計文化，了解審計歷史，融入審計教育的視窗和平台。
