形成歷史
公元1184年的羅馬教廷的“凡羅那會議”下令各地主教，在轄區範圍內，主動去調查異端份子而提出告訴，
宗教裁判但是主教也因為教務繁雜而無暇兼顧。亞爾比異端在法國南部漫延時，教宗依諾森三世曾經派遣特使去領導勸化的工作，對於冥頑而不悔改的人，教宗的特使有權將他逮捕，交付法庭去處理。亞爾比異端平定以後，教廷的特使，仍然繼續主持對異端者的審訊，這就是宗教裁判的起源。1233年，教宗額我略九世更成立了一個永久性的機構，專門對付異端者、或是其他重大的罪惡，像施巫術之類的罪行。剛創立的方濟會和道明會的會士，接受教宗的命令，主持這些機構，他們到各教區，設立調查局和特種法庭，這些機構直屬羅馬教廷，不必受地方主教的節制。
目的
宗教裁判的目的有兩個，一個是拯救那些相信異端者的靈魂；第二個是防範異端邪說的蔓延。
懲罰
如果發現某人有異端的嫌疑，裁判所立刻將有嫌疑的人逮捕，進行進一步的審問。如果審問後，確實是個異端者，他必須懺悔履行判定的處罰，像朝聖、罰款、當眾接受鞭笞、或是坐監一段時間；如果審問的結果，並不是異端份子，當然就可獲得釋放了。被判定為異端的人，也喪失了他的財產權，他的財產通常是由俗世的政府和教會平分。但是在法國，卻是由法國國王獨得，法國國王之所以支持宗教裁判的原因是顯而易見的。如果，被告無法證明自己不是異端者，但是又拒絕承認的時候，刑求是通常慣用用的方法。宗教裁判之所以受人批評，原因也就在用刑求的殘酷方法。如果悔改以後又再重犯的異端者，就由教會交給俗世的政府處以火刑，用火繞死。
評價
正面
中古時代的人視異端是和現代人不同的。異端是直接反叛的罪，同時，異端又非常容易蔓延，是毀滅人類靈魂的毒瘤，因此他們認為寧可連累少數的無辜者，也不說讓毒瘤蔓延。雖然難免有少數的審訊者，讓私人的貪念和報復影響到他們的判決。
負面
雖然宗教裁判的目的是純正的，但是，站在歷史的立場，不能不說宗教裁判是一個壞制度，因為它所用的方法，有形求逼供、或將異端者交付給俗世的政府、採用火刑等，完全違反了教會自己的原則，使得教會也犯下了“雙重道德”和“偽善”的罪名。
