經過：驅逐總統
宏都拉斯總統塞拉亞另據報導，塞拉亞在哥斯大黎加首都聖何塞說，自己遭到宏都拉斯一部分軍人的“野蠻綁架”。“作為宏都拉斯總統，我現在在聖何塞。我還將作為宏都拉斯總統赴尼加拉瓜首都馬那瓜。我要尋求宏都拉斯人民的權利。我的任期應於2010年結束。”他表示自己並沒有辭職，依然是宏都拉斯的合法總統，並呼籲國際社會和美洲國家組織儘快阻止正在發生的政變以保證宏都拉斯的穩定。
目前，大批軍隊在總統府、議會大廈和最高法院等重要地點集結，裝甲車和直升機不斷在首都地面和上空進行巡視。而總統塞拉亞的支持者仍繼續在總統府附近與軍方對峙，但雙方未爆發大規模衝突，局面基本穩定。
士兵將總統府包圍起因：修憲公投
軍事政變緣起即將於6月28日舉行的全民公投。這次公投是由塞拉亞極力推動的，旨在於11月總統選舉期間成立制憲大會修改憲法。但塞拉亞所屬的自由黨、反對黨國民黨、議會、法院、軍方均對此強烈反對，認為塞拉亞有意藉此謀求連任，修憲是破壞民主之舉。
6月24日，由於軍隊總參謀長巴斯克斯在公投問題上採取不合作態度，塞拉亞宣布解除其職務。隨後，洪最高法院宣布全民公投“違法”，總統解除巴斯克斯職務決定“無效”。但塞拉亞拒不更改立場，並於27日宣布盡一切力量推動修憲公投，並稱這是一場“展示人民力量的鬥爭”。
國際：紛紛譴責
國際社會紛紛對宏都拉斯軍隊拘押並驅逐總統的做法表示譴責。
聯大主席米格爾·德斯科托·布羅克曼28日發表聲明，對宏都拉斯發生的政治事件表示“明晰、斷然、確鑿無疑的譴責”。
聯合國秘書長潘基文28日發表聲明說，他堅定支持宏都拉斯民主體制，並譴責宏都拉斯軍方扣押總統塞拉亞的行為。他敦促儘快使塞拉亞恢復總統職位，呼籲有關各方通過和平方式解決分歧。
美洲國家組織28日下午緊急召開會議，34個成員國代表一致譴責宏都拉斯軍方採取的極端措施，要求立刻恢復塞拉亞作為合法總統的職務。美洲國家組織秘書長因蘇爾薩呼籲國際社會攜手反對這一嚴重破壞美洲大陸民主進程的行徑。
由委內瑞拉倡導成立的“美洲玻利瓦爾替代計畫”組織成員國紛紛表態譴責宏都拉斯軍事政變。特別是同塞拉亞關係密切的委內瑞拉總統查維茲，在事件發生後多次向媒體表示，如果情況有變，委方將不吝出動軍隊，以恢復塞拉亞的合法地位。查維茲還於28日晚間抵達尼加拉瓜首都馬那瓜，出席針對宏都拉斯軍事政變而召開的“美洲玻利瓦爾替代計畫”成員國緊急首腦會議。
前景：撲朔迷離
被罷免的宏都拉斯總統塞拉亞28日晚間抵達尼加拉瓜首都馬那瓜，出席當晚召開的“美洲玻利瓦爾替代計畫”成員國緊急首腦會議和29日舉行的中美洲一體化體系成員國緊急首腦會議。塞拉亞是乘坐由委內瑞拉政府提供的專機由哥斯大黎加抵達馬那瓜的。
分析人士認為，以下幾個因素都有可能對宏都拉斯未來政局走向產生影響：
其一，塞拉亞的國內支持者如何反應。由於塞拉亞上台後實行了一系列傾向中下層民眾的政策，擴大政府在教育、醫療等領域的資金投入，扶持低收入群體脫貧增收，因而塞拉亞在農村和中下階層擁有眾多支持者。如果塞拉亞的支持者反應比較強烈，國內局勢有可能向緊張方向發展。
其二，執政黨和在野黨能否達成共識。由於此次動盪局面源於執政黨自由黨同在野黨共同反對塞亞拉的公投提議，因此如果執政黨和在野黨就宏都拉斯政局問題達成共識，宏都拉斯政壇將重新分化組合。
其三，外國、地區組織以及國際社會採取何種應對措施。目前有關國際社會都在向宏都拉斯政變一方施加壓力，並且尚不排除一些國家或組織進行干預甚至是軍事干預的可能性，這對宏都拉斯政變一方構成了很大的壓力。
