起源
1556年，神聖羅馬皇帝卡爾五世將奧地利大公之位讓與其弟匈牙利及波希米亞國王費迪南一世（Ferdinand I），並立費迪南為神聖羅馬帝位的繼承人。但根據查理的遺囑，費迪南及其子裔喪失了繼承為西班牙國王的權利。此舉使費迪南成為了奧地利哈布斯堡皇朝的首位君主。
三十年戰爭和哈布斯堡皇朝挫敗
參見：三十年戰爭
1517年，德國天主教教士馬丁·路德因不滿羅馬教廷的贖罪券政策，發起了宗教改革。自當時的馬西米連一世開始，歷任哈布斯堡君主都對基督新教都採取容忍政策，因此新教得以在德國廣播，而且傳到奧地利哈布斯堡王朝治下的波希米亞。但由於君主的容忍新教，哈布斯堡君主一直被選為波希米亞國王。
但帝國局勢在1617年急轉直下，狂熱天主教徒斐迪南二世，繼承他的表哥，成為奧地利大公和神聖羅馬皇帝。但他對新教的零容忍政策，導致他落選波希米亞國王。為奪回王位，斐迪南決定征服波希米亞，但反促成神聖羅馬帝國內的新教諸侯結盟援助波希米亞，更導致帝國周邊的新教國家丹麥和瑞典入侵哈布斯堡家族領地。而改信新教的荷蘭反西班牙的獨立運動的加劇，和後期信奉天主教的法國加入反哈布斯堡聯軍，使皇朝的情況雪上加霜。
雖然波希米亞叛軍和丹麥王軍被哈布斯堡皇軍打敗，但與瑞典和法國的戰事一直僵持。因此，斐迪南二世將波希米亞王位讓與兒子斐迪南三世，以紓解當地民憤。當斐迪南二世逝世後（1637年），斐迪南三世立即與各國議和，終於在1648年簽訂威斯特伐利亞和約。
三十年戰爭雖然削弱了皇朝對神聖羅馬帝國內各邦國的控制，使帝國陷入四分五裂的諸侯自立狀態；但是，戰爭期間，奧地利與波西米亞的新教徒都被肅清與“感化”成天主教徒；戰後哈布斯堡又強化了自身領地的控制力，維持一支五萬人的常備軍，並在奧地利、波西米亞與西里西亞等地區都建立了絕對君主制（專制君權）。因此三十年戰爭只是使神聖羅馬帝國衰落崩解，實際上反而強化了哈布斯堡皇帝的本體實力。所以1648年後，哈布斯堡皇朝只能說它擴展皇權的計畫挫敗，不能說它因此中衰。
