遊戲玩法
關於遊戲本身
這個遊戲與大多數遊戲相比有很大的不同，這也是這個遊戲上手慢的原因之一。主要就是這個遊戲關注的是一個東西的內部是如何的，而不是外部。舉個例子，在一些射擊遊戲中，按滑鼠左鍵一般就是開槍，遊戲不會讓玩家去思考這一槍是如何打出來的。但在這個遊戲中就不同了，可以說這個遊戲跟大多數遊戲都是背道而馳的，因為遊戲的目標是大多數遊戲中的最基本的操作，而玩家需要乾的是如何實現這個目標。
還有就是這個遊戲像什麼的問題，從這個遊戲的名字來看，你可能覺得這個遊戲更像是化學，但事實上不是這樣的，就連這個遊戲的官方教學視頻都說這是杜撰的化學。如果非要說這個遊戲像什麼的話，只能說這個遊戲更像是搭積木，特別是樂高積木。而這個遊戲就是給你一些搭好的積木，然後你對這些積木進行一些處理，最後重構這些積木，使之成為另外一種結構。
基本名詞
| 反應器 反應器可以看成是一個車間，人們會向一個車間輸入一些原料，並輸出一些產品。反應器基本就是這個用處，只不過輸入和輸出的東西都是原子或者分子。一般情況下看到的都是反應器的內部，也就是最主要的編輯界面。 右側是在生產模式看到的反應器，也就是反應器的外部。 |  反應器 |
| 沃爾多[WALDO] 沃爾多可以說是整個遊戲中最忙的，它們可以拾取[grab]、移動、鏇轉或者放下[drop]原子。需要注意的是如果沃爾多操作的原子連線著其他的原子，也就是說如果操作的是一個分子中的一個原子的話，沃爾多會保持這個分子的結構並一同操作這個分子。另外沃爾多在遇到符號[symbol]的時候還可以觸發命令。在一個反應器中有兩個沃爾多，它們是相對獨立的，但可以通過同步[sync]符號進行同步。 紅色的沃爾多只能觸發紅色的符號，藍色的沃爾多只能觸發藍色的符號。 |  沃爾多 |
| 流程線 官方並沒有這個說法，這裡提出來只是為了方便大家理解。所謂流程線就是遊戲中的那條線，沃爾多只能沿著這條線行進。可以通過控制方向的符號控制這條線的走向。和沃爾多一樣，流程線也有兩條，對應兩個沃爾多。不同顏色的流程線是可以重合和交叉的，但同種顏色的只能交叉，不能重合，如果重合會構成循環的結構。需要注意的是雖然流程線是可以重合的，但沃爾多移動的原子或分子是不能和其他原子或分子相撞的。 另外細心觀察可以發現藍色的流程線和紅色的流程線是錯開的，其實不同顏色的符號[symbol]也是錯開的，這個目的很容易看出來，其實就是方便觀察的。 |  流程線 |
| 符號[symbol] 符號[symbol]必須放置在流程線上，如果不放置在流程線上由於沃爾多無法觸發這個符號，這個符號就可以看成是無效的了。當然如果你出於其他的類似做記號或者方便拖放的目的的話可以不放在流程線上。 一部分符號是相對獨立的，也就是說只要沃爾多移動到了這個符號就會觸發對應的命令，包括條件路徑控制、輸入α/輸入β[in α/in β]、輸出ψ/輸出ω[out ψ/out ω]、鏇轉、只有在防禦模式才可見的手動路徑控制[ctrl a/ctrl b/ctrl c/ctrl d]、暫停[pause]、路徑翻轉[flip flop]、拾取/放下/拾取或放下[garb/drop/garb drop]。 一部分符號是需要配合元件或者另外一個沃爾多使用的，包括增鍵/減鍵[bond+/bond-]、同步[syns]、條件路徑控制、隧道傳送[swap]、聚變[fuse]、裂變[split]。 可以在主編輯區放置兩個不同顏色的符號。 |  符號 |
| 元件[component] 所有元件都必須配合符號使用，和符號一樣，元件的位置也是可以調整的。 遊戲中一共有五種元件，分別是：增/減鍵器[bonder]、探測器[sensor]、隧道[tunnel]、聚變雷射器[fusion laser]、裂變雷射器[fission laser]。 一部分元件是獨立的，包括探測器[sensor]、聚變雷射器[fusion laser]、裂變雷射器[fission laser]。 一部分元件是多個聯合使用的，包括增/減鍵器[bonder]、隧道[tunnel]。 |  元件 |
| 闖關模式/RN 模式/資料片模式 闖關模式就是在遊戲開始的地方點擊 Start Game 進入的模式。闖關模式不會立即給出所有符號和元件，闖關模式包含研究模式、生產模式、防禦模式。 RN 模式即 Research Net 模式，可用的符號和元件僅取決於具體的關卡。RN 模式是會持續更新的。RN 模式也有類似闖關模式的研究模式和生產模式。 必須購買DLC才能進行資料片模式，應該算是闖關模式的延續。 | |
| 研究模式[Research]/生產模式[Production]/防禦模式[Defense] 研究模式僅提供一個反應器，並且只提供反應器的內部編輯界面。遊戲的目標是使用提供的原料製造產品。 生產模式提供多個反應器，並且同時提供反應器內部編輯界面及反應器外部編輯界面。可以通過修改管道來改變原料、中間產物、廢料或產品的路徑。遊戲目標同研究模式相同。 防禦模式與生產模式基本相同，區別是有時會提供一些特殊的反應器，另外防禦模式的遊戲目標也是各不相同的，但基本都是消滅 BOSS。 | |
| 編輯/運行 對於軟體工程師來說，這可能是再基本不過的概念了。但為了讓更多人理解這個遊戲，還是有必要說一下的。 所謂編輯，就好比是在製造設計及組裝一個飛機模型，運行則好比是打開這個模型的開關，試著讓它飛起來，如果設計及組裝正確，飛機模式就可以飛起來，反之則不行。 | |
| 周期 一般情況下沃爾多在運行狀態下在主編輯區越過一個格子就會消耗一個周期，但也有例外，比如鏇轉需要一個額外的周期。 | |
| 鍵 某種元素能連線的鍵的最大數目是固定的。鍵可以看成是樂高積木上的插槽。 | |
| 元素周期表 顯示不同的元素的信息。 | |
反應器內部編輯界面
| 總覽 | 編輯界面其實就是一個反應器的內部結構，或者說編輯界面是在編輯一個反應器的內部結構。反應器由以下幾種部分構成： 控制部分。圖中藍色的部分。 信息部分。圖中綠色的部分。 編輯部分。圖中紅色的部分。 |  編輯界面 | |
| 控制部分 | 遊戲控制 | 這個是比較常用的部分，特別是停止、暫停和運行。只有在停止狀態才可以編輯。點擊“劇情/信息”可以查看劇情和一些提示。元素周期表中有一些元素的原子序數和最高價鍵數。 需要注意的是在多反應器模式下推出按鈕會變成退出反應器，在反應器外部編輯界面才是退出關卡。 |  遊戲控制 |
| 層控制 | 可用就是選擇放置的符號的顏色，點擊不同的顏色符號欄的符號的顏色也會相應地變化。 可見是隱藏放置在主編輯區的某種顏色的符號。需要注意的是如果當前可用的是紅色的符號，那么只能隱藏藍色的符號，反之同理。 鎖定是使放置在主編輯區的某種顏色的符號不能選中和移動。 |  層控制 | |
| 信息部分 | 輸入信息 | 顯示可以從外部輸入到反應器內部的原料的信息。輸入信息的上半部分對應主編輯區中的那個4×4的α輸入區。當反應器處在運行狀態時，沃爾多如果運行到了輸入α符號就會命令反應器輸入在主編輯區的4×4的α輸入區輸入一個原料，原料的種類取決於輸入信息的上半部分。 下半部分對應β輸入區，同理。 | |
| 輸出信息 | 輸出信息顯示這個反應器應該輸出什麼樣的物質，輸出信息的上半部分對應主編輯區中的ψ輸出區，下半部分對應ω輸出區。 需要注意的是輸出的時候物質的結構不必與輸出信息完全一樣，只要某個原子連線的原子與輸出信息一直就可以了。右圖所示的三種分子是一樣的。 |  | |
| 遊戲信息 | 當游標懸停在某個原子上的時候，遊戲信息的左半部分會顯示這個原子的詳細信息。 遊戲信息的右半部分用來顯示當前遊戲使用的符號數和反應器數。並在運行狀態下顯示當前運行的周期數。 | | |
| 編輯部分 | 主編輯區 | 符號只能放置在這個區域。沃爾多也只能在這個區域活動。 | |
| 符號欄 | 顯示當前的反應器可用的符號，一般不同的反應器可以使用的符號是不同的。 | | |
反應器外部編輯界面
反應器外部編輯界面在很多時候也需要使用反應器外部編輯界面。
如圖所示，編輯界面的下方顯示了可以使用的反應器類型，很多時候是有多種反應器可選的，不同的反應器內部可以使用不同的符號及元件。下方還顯示了最多可以使用的反應區數量，一般比較複雜的生產任務可是使用更多的反應器。點擊左側的已保存的反應器按鈕可以將已保存的設計好的反應器拖動到上面去。點擊上面的按鈕可以將空的反應器拖動到上面。保存設計好的反應器的方法是右鍵單擊反應器然後點擊保存。
右鍵單擊一個反應器還可以重置管道，所有從這個反應器發出的管道都會被重置，就是返回初始狀態。重置管道不會改變反應器內部的設計。右鍵選單里還可以編輯這個反應器的輸出信息，編輯之後在反應器內部可以看到這些信息。這個主要是方便自己設計的，因為在反應器內部看不到外部是什麼樣的，最好是把每一個反應器生成的中間產物都編輯一下。如果對應的輸出管道連線到了收集產品的地方，一般就會自動顯示輸出信息了。
將游標懸停在管道的有“+”號的那一段，當游標變化時拖動滑鼠就可以繪製管道了。向相反的方向拖動還可以擦除管道。
快捷鍵
| 快捷鍵 | 功能 |
|---|---|
| 按住符號下放的字母並在主編輯區左鍵單擊 | 放置對應的符號（只能放置默認形態） |
| `（鍵盤左上角和~是一個按鍵的那個） | 停止 |
| 1 | 速度一運行 |
| 2 | 速度二運行 |
| 3 | 速度三運行 |
| 4 | 最快速度運行 |
| 空格 | 暫停/運行（會記憶上次的運行速度，在編輯模式下是以上次的速度運行） |
| F5 | 顯示包括幀率的一些信息 |
| Tab | 切換放置的符號的顏色 |
| Shift+左鍵單擊放置在主編輯區的符號 | 選擇多個 |
| F1~F4 | Ctrl A~Ctrl D（防守模式） |
| 滑鼠左鍵框選 | 選擇多個 |
符號及元件列表
符號及元件是整個遊戲的核心，也是整個遊戲的一個難點。
符號是由沃爾多來觸發的，某些元件則需要由符號來觸發，下表中的前五個就是需要由符號來觸發的元件。有些符號則命令沃爾多執行一些操作，下表中除了前五個和輸入、輸出之外都是命令沃爾多的。輸出和輸出是命令反應器執行對應的操作。
下表只是簡單地列出所有的元件，以方便查找，更詳細的信息請查看下方的“符號及元件詳解”。
另外下表對於某種符號的多個方向的版本沒有表示出來，比如路徑翻轉包含四種方向不同的形態。
| 簡稱 | 符號/元件名稱 | 簡介 |
|---|---|---|
| 更鍵 | 增鍵/減鍵 [bond+/bond-] | 二者配合使用，執行的命令是將增/減鍵器上的原子之間增加或者減少鍵。 |
| 增減鍵器 [bonder] | ||
| 探測 | 條件路徑控制 | 二者配合使用，沃爾多的路徑由經過這個符號時探測器上的原子決定。 |
| 探測器 [sensor] | ||
| 聚變 | 聚變 [fuse] | 二者配合使用，執行的命令是將兩個原子融合為一個原子。 |
| 聚變雷射器 [fusion laser] | ||
| 裂變 | 裂變 [split] | 二者配合使用，執行的命令是將一個原子分裂為兩個原子。 |
| 裂變雷射器 [fusion laser] | ||
| 傳送 | 隧道傳送 [swap] | 二者配合使用，執行的命令是將一個原子或分子傳送到另外一個地方。 此對符號和元件僅 Research Net 模式和資料片模式可用。 |
| 隧道 [tunnel] | ||
| 轉向 | 方向控制（上） | 改變流程線的方向為上。 |
| 方向控制（下） | 改變流程線的方向為下。 | |
| 方向控制（左） | 改變流程線的方向為左。 | |
| 方向控制（右） | 改變流程線的方向為右。 | |
| 抓放 | 拾取或放下/ 拾取/放下 [garb drop/ garb/drop] | 拾取或放下原子或分子，或者根據情況拾取或放下。 |
| 輸入 | 輸入α/輸入β [in α/in β] | 從外部向反應器內部輸入一個原子或分子。輸入的物質取決於對應的輸入信息。 |
| 輸出 | 輸出ψ/輸出ω [out ψ/out ω] | 從反應器內部向外部輸出一個原子或分子。輸出的物質需要與輸出信息對應。 |
| 同步 | 同步 [sync] | 同步兩個沃爾多的行為。 |
| 輪換 | 路徑翻轉 [flip flop] | 每次運行到此處時交替進入不同的路徑。 |
| 鏇轉 | 鏇轉 | 鏇轉一個分子。 |
| 暫停 | 暫停 [pause] | 暫停運行。 |
| 手動 | 手動路徑控制 [ctrl a/ctrl b/ ctrl c/ctrl d] | 僅在防禦模式可用，可以在運行過程中手動控制沃爾多的運行路線。 |
符號及元件詳解
大部分符號都是有不止一種形態的，切換的方法是將符號放置到主編輯區後，右鍵單擊這個符號，就可以切換成其他的形態了。
增減鍵的位置增鍵/減鍵 符號 與 增減鍵器 元件
增鍵用來增加兩個原子之間鍵的數目，減鍵用來減少兩個原子之間鍵的數目。增減鍵器只有一種，同時承擔增鍵和減鍵的任務，具體是增還是鍵取決於沃爾多觸發的是增鍵符號還是減鍵符號。 增鍵/減鍵符號需要配合增減鍵器使用。兩個相鄰的增減鍵器之間會出現一條連線，鍵的增減就是在這條連線上進行的。如果某條連線兩端的增減鍵器上都有原子，並且這些原子上連線的鍵都沒有達到最大數目，再並且沃爾多觸發了一個增鍵符號，就會在這條連線的位置增加一條鍵。兩個原子之間最多只能有三條鍵。例如，一個增減鍵器上是H，另一個增減鍵器上是Cl，H能連線的最多的鍵的數目是1，Cl能連線的最多的鍵的數目是7，如果這時觸發了增鍵符號就會增加一個鍵，就會變成HCl，也就是鹽酸。減鍵同理。需要注意的是，如果兩個原子之間有一條或多於一條的鍵，那么這兩個原子就成為一體的了，也就是說這些原子構成了一個分子，如果沒有鍵，這兩個原子就分開了。
條件路徑控制 符號 與 探測器 元件
當一個沃爾多運行到一個條件路徑控制符號上的時候，會根據探測器上的原子的種類決定下一步的路徑。
如果探測器上的原子的符號是條件路徑控制符號上顯示的元素符號的話，那么這個符號就會變亮，同時沃爾多會進入條件路徑控制指向的那條路徑，如果探測器上沒有條件路徑控制指示的原子的話，那么沃爾多就會繼續沿著原來的流程線行進。所以如果條件路徑控制指向的方向和流程線的方向相同的話，是沒有效果的。
可以通過右鍵點擊這個符號選擇探測的元素。
聚變 符號 與 聚變雷射器 元件
聚變是將兩個原子融合為一個原子，最後生成的原子的種類取決於之前的兩個原子。簡單地說就是最後生的的那個原子的原子序數（可以在元素周期表中查到），等於之前的那兩個原子的原子序數之和。舉個例子，兩個H原子可以聚變成一個He原子。
在執行聚變命令時必須保證聚變雷射器所占據的那兩個格子都必須有原子，聚變結束後生成物出現在右側的那個格子裡。
裂變 符號 與 裂變雷射器 元件
裂變是將一個原子分類為兩個相同的原子或者原子序數相差為一的兩個原子，這取決於被分裂的原子的原子序數是奇數還是偶數。如果被分裂的原子的原子序數為偶數，那么就會平均分裂成兩個相同的原子，分裂後的原子的單個原子的原子序數等於之前的那個原子的原子序數的一半。如果被分裂的原子的原子序數為奇數，那么分裂後左邊的那個格子中的原子序數為原來的原子的“原子序數+1”的一半，右邊的為原來的原子的“原子序數-1“的一半。舉個例子，原子序數為5的硼如果裂變的話，左邊會留下原子序數為3的鋰，右邊會留下原子序數為2的氦。
裂變之前要把需要裂變的原子放置在裂變雷射器占據的那兩個格子中的左邊的那一個上。
隧道傳送 符號 與 隧道 元件
隧道傳送可以無視障礙地將一個原子或者分子傳送到另外一個位置，兩個元件就是這個隧道的兩個開口。
執行隧道傳送之前必須保證原子在一個隧道的開口上。隧道傳送只能傳送單個原子，如果一個分子上的某個原子位於隧道的開口上的話，只會傳送位於這個隧道開口上的原子，同時也會打破這個分子原有的結構。
方向控制 符號
方向控制可以改變流程線的方向，從而改變沃爾多的行進路徑。
一個格子可以同時放置方向控制與其他符號，但只能有一個方向控制符號（條件路徑控制等其他改變路徑的方式除外）。
拾取或放下/拾取/放下 符號
此符號可以讓沃爾多拾取或放下一個原子或分子。
在默認情況下，如果沃爾多已經攜帶了一個原子或分子，並且遇到這個符號的話，沃爾多會放下這個原子或分子；如果沃爾多沒有攜帶原子或分子，並且遇到這個符號的話，再並且沃爾多的位置有一個原子或分子的話，沃爾多就會拾取這個原子或分子。
如果通過右鍵切換為其他形態，則只執行拾取或放下的命令。
不要以為默認形態最高級，其實在某些情況下必須使用其他形態。
輸入α/輸入β 符號
輸入符號命令反應器輸入一個原料，在研究模式輸入的物質取決於輸入信息，在多反應器模式下，則取決於自己的設計。在多反應器的模式下，比如生產模式，如果需要的原料還沒有到達輸入口，沃爾多就會一直在這個符號的位置等待。
紅色的符號默認是在α輸入區輸入一個原料，藍色的符號默認是在β輸入區輸入一個原料。 可以通過右鍵改變其形態，使紅色的符號改為在β輸入區輸入一個原料，藍色的符號改為在α輸入區輸入一個原料。
輸出ψ/輸出ω 符號
輸出符號命令反應器輸出一個產物。在輸出的時候，整個產物必須都放置在對應的4×4的輸出區里，不能一部分在輸出區以內，一部分在輸出區以外。前面已經說過了，產物的結構不必完全符合要求。
在生產模式下，如果下一個反應器來不及處理此反應器輸出的產物的話，沃爾多會一直在這個輸出符號的位置等待。
紅色的符號默認是在ψ輸出區輸出一個產物，藍色的符號默認是在ω輸出區輸出一個產物。可以通過右鍵改變其形態，使紅色的符號改為在ω輸出區輸出一個產物，藍色的符號改為在ψ輸出區輸出一個產物。
同步 符號
同步是用來同步兩個沃爾多的行為的，一般都是成對出現的，但可以可以不成對。
舉個例子，如果紅色的沃爾多首先觸發了紅色的同步符號，紅色的沃爾多就會一直等待，直到藍色的沃爾多也觸發了對應的藍色的同步符號，兩個沃爾多就會繼續沿著流程線行進。
路徑翻轉 符號
路徑翻轉是用來交替進入兩個路徑中的一個的。
在一開始的時候，沃爾多會無視這個符號，直接沿著流程線行進，同時點亮這個符號。一旦這個符號出於高亮的狀態，就表示如果沃爾多經過這個符號就進入這個符號指向的路徑，而不是沿著原來的流程線行進。沃爾多再經過這個符號的時候會取消這個符號的高亮，就像最開始一樣。所以，沃爾多第一次經過這個符號的時候會沿著原來的流程線行進，第二次經過這個符號的時候會進入這個符號所指向的路徑，第三次沿著原來的，第四次是符號指向的……
鏇轉 符號
一般情況下鏇轉一個原子是沒有意義的。但由於鏇轉占用一個周期，所以可以用來同步另外一種顏色的沃爾多。這裡說的同步不是用同步符號實現的同步，而已通過修改某一個沃爾多經過的周期數來實現的同步。
大多數情況下用鏇轉符號命令沃爾多鏇轉一個分子，鏇轉的時候必須保證沃爾多攜帶著一個分子，觸發鏇轉符號時，沃爾多會以自己為鏇轉軸將這個分子鏇轉90度。方向取決於符號。
暫停 符號
此符號一般用於調試設計好的反應器。比如在一個設計的前半部分是運行良好的，但後半部分是有問題的，就可以通過在適當的位置放置一個暫停符號，然後以最快的速度運行。當沃爾多觸發這個符號的時候就會命令整個反應器暫停運行，之後再以最慢的速度運行，以觀察哪裡有錯誤。
另外暫停符號在防禦模式也可以配合手動路徑控制使用。就是在需要進行手動控制的位置之前放置一個暫停符號。
手動控制按鈕手動路徑控制 符號
通過此符號可以在運行的過程中手動控制沃爾多的路徑。只有防禦模式才可以使用此符號。
可以說這個符號占了兩個符號之最，一個是功能最強，一個是操作最麻煩。說它功能最強是因為由於可以手動控制，所以可以輕鬆實現各種複雜的結構並且非常節省空間。說它操作最麻煩是因為其他所有符號基本都是自動化的，只有這個需要手動控制，而且一旦出現失誤基本就要從重新運行，所以這個符號用得越多越蛋疼（如果有蛋的話）。
如果可以使用這個符號，在運行狀態下層控制的位置會出現四個手動控制的按鈕，分別控制A、B、C、D四種符號。單擊按鈕可以高亮或者取消高亮對應的符號。如果符號出於非高亮的狀態，沃爾多會沿著原來的流程線行進，如果符號出於高亮的狀態，沃爾多會沿著符號指向的方向行進。
這個符號切換其他形態稍微有一點複雜，具體就是先在右鍵選單上麵點有ABCD的符號，然後在下一行選方向。
反應器的種類
遊戲中的反應器默認有七個種類：
| 反應器名稱 | 反應器介紹 |
| Standard Reactor | 基本反應器，內部有4個增減鍵器 |
| Assembly Reactor | 增鍵反應器，內部有4個增鍵器，只能執行增鍵操作，所以這種反應器沒有輸出區ω |
| Disassembly Reactor | 減鍵反應器，內部有4個減鍵器，只能執行減鍵操作，所以這種反應器沒有輸入區α |
| Sensor Reactor | 探測反應器，內部有4個增減鍵器與一個探測器，可以使用條件路徑控制符號 |
| Fusion Reactor | 聚變反應器，內部有4個增減鍵器與一個聚變雷射器，可以使用聚變符號，這種反應器只能在闖關模式中使用 |
| Nuclear Reactor | 聚裂變反應器，內部有4個增減鍵器、一個聚變雷射器和一個裂變雷射器，可以使用聚變和裂變符號，這種反應器只能在RN模式中使用 |
| Super-Bonder Reactor | 超級增減鍵反應器，內部有8個增減鍵器，是最受玩家喜愛的反應器 |
還有一種反應器，是關卡本身提供的，自己不能對其位置做任何更改（包括反應器所相連的管道），這種反應器在Flidais星球上的Ω-Pseudoethyne和Σ-Ethylene兩關中出現。
最後這一個反應器，是最特殊的，它只在HephaestusIV星球上的防禦關中出現，這個反應器有三個輸入口，其中上面兩個分別為α、β的輸入口，最下面一個則是輸入Xe原子的地方，每隔一段時間，反應器會消耗一個Xe原子，此時如果反應器下方有其指定的分子的話，反應器就會將其轉為雷射並發射，攻擊這關的Boss。
最特殊的這種反應器
反應器內部界面