光學圖譜原理
Phil Latreille等利用光學圖譜研究了 X. nematophila基因組,完成了基因組的組裝 。OpGen公司開發了一種新型的光學圖譜技術。
步驟
1 提取DNA
2 DNA固定與消化
3.染色與組裝
4.分析
優點
基因組光學圖譜技術擁有很大的優點:
不用擴增 ;2.無需PCR反應; 3.不需基因組抽提的試劑; 4.不需末端配對的文庫; 5.不用具有序列信息; 6.強大的分析軟體
1.不用擴增 ;2.無需PCR反應; 3.不需基因組抽提的試劑; 4.不需末端配對的文庫; 5.不用具有序列信息; 6.強大的分析軟體
技術的套用
TBC擁有一套符合國際通行標準的公共實驗室體系,包括基因組學、功能基因組學、生物信息學和生物晶片四大研究平台,形成了一個多學科交叉的開放的現代生物技術研究平台。
TBC於2012年聯合國內首家ARGUS 基因組光學圖譜工作站,致力於推廣基因組光學圖譜技術在人類和動植物全基因組測序組裝中的套用。TBC研究人員可利用基因組光學圖譜進行如下套用:
通過與參照菌株基因組光學圖譜的比對可進行菌株鑑定;
通過對基因組光學圖譜的比對快速揭示基因組間的相似和差異性;
通過基因組光學圖譜的比對找出基因組上的插入、缺失、遺傳修飾和致病基因島等移動元原件;
通過對基因組光學圖譜的比對,鑑定、找到染色體上inversion、translocation等測序方法不易鑑別的結構變化;
還可將微生物測序數據以基因組光學圖譜為參照,進行快速、準確的排序,完成全基因組測序結果的拼接以及對以往基因組測序結果進行完善和驗證.