背景分析
最近幾年來，隨著市場經濟的發展和機構改革力度的加大，我國在工商、稅務、海關、質監、交通、司法、國土資源管理等行政執法部門逐步實行了垂直管理。實行垂直管理的行政執法部門人、財、物權統一到省里，政府垂直管理部門具有非行政區劃性、垂直性、相對獨立性的特點。垂直管理部門從政府序列中分離出來以後，國家巨觀調控力度得到切實強化，行政執法工作減少和避免了諸多不利甚至是消極因素，如地方保護主義等，執法效率與質量明顯提高。
實踐證明，新的垂直管理模式不僅在統一行政執法、隊伍控制及管理和提高公務員隊伍素質方面起到了很好的作用，而且對經濟發展也起到了積極的作用。
以下將政府垂直管理部門簡稱為“垂管部門”，政府垂直管理系統簡稱為“垂管系統”。
組織結構
目前在政府垂直管理系統中，一般的既包括行政單位，又包括各級行政單位的直屬事業單位，還包括各事業單位舉辦的企業實體。從會計核算的角度來看，政府垂直管理系統既有行政單位會計，又有事業單位會計，還有企業會計。這就導致政府垂直管理系統既有地域寬廣、分支眾多的特點，又有業務複雜、管理難的特點。
一般的，我們可以根據行政事業單位預算會計的特點，相應的將各級垂管部門劃分為幾級預算單位。這裡講的預算單位包括使用財政性資金的行政單位和事業單位。預算單位原則上分為一級預算單位、二級預算單位和基層預算單位。向財政部直接申請支付的預算單位為一級預算單位；向一級預算單位申請支付並有下屬單位的預算單位，為二級預算單位；只有本單位開支，無下屬單位的預算單位，為基層預算單位。預算單位應按規定編制分月用款計畫，並按照批覆的分月用款計畫使用財政性資金。
按照我國的行政單位會計制度和事業單位會計制度的規定，行政單位不允許對外投資，舉辦實體，但事業單位可以舉辦實體，可以對外投資並取得相應的投資收益。有鑒於此，典型的垂管系統組織結構圖如下：
財務管理手段
目前實行了垂直管理的政府部門大多沿用了傳統的管理手段，其典型特徵如下：
1. 上級主管部門制定業務標準和工作規範並逐級下發，下級單位接收後遵照執行；
2. 信息批露不及時。上級主管部門很難及時、準確、方便的了解到整個垂管系統的財務狀況，還要依賴各級垂管部門層層上報各自的會計報表，導致財務風險加大。
3. 會計賬務處理質量不高。各級政府垂直管理部門自行建賬，獨立進行財務處理，一方面財務處理的質量依單位會計人員業務水平的不同而參差不齊，另一方面上級單位下發的標準貫徹執行困難；
4. 信息化發展不平衡。受當地經濟發展狀況和領導對信息化認識程度的不同，有的單位已經實行了會計電算化，有的單位還是手工操作；
5. 信息系統不統一，難以集成。已經實行了會計電算化的單位各自選用了不同的財務軟體，這些五花八門的軟體系統體系結構不盡相同，數據標準不統一，難以集成。
通過上述分析不難看出，傳統的粗放式的以事後監控分析為典型特徵的管理手段，必然導致上級單位對下級單位的監管力度薄弱，而政府垂直管理則要求上級單位必須對各下級單位的人事、財務、行政執法業務等進行強有力的事前計畫、事中監控、事後分析，這種傳統的粗放式的財務管理手段已經難以滿足垂直管理需求，導致垂管系統面臨著種種困惑。
財務管理困惑
1.3.1 就上級主管單位而言
（一）上級監管乏力，無法有效監控下屬單位的財務狀況。
（二）不同政府部門之間形成各個信息孤島，工作難以進行有效協同。各級部門的財務資料相對割裂，無法及時完整的體現總體財務狀況。
（三）核算標準難以貫徹執行，財務控制措施很難進行有效落實，預算經常形同虛設。
（四）預算管理困難，財務控制措施很難進行有效落實，預算經常形同虛設。
（五）上級單位對下屬行政執法部門的非稅收入業務監管困難，難以做到在保護合理收費的同時，避免違規收費、亂收費事件的發生。
（六）信息反饋遲緩，下級單位的資料層層上報進行匯總，信息的真實性、準確性無從保證，財務風險無形加大。
（七）對國有資產缺乏有效的管理。
1.3.2 就基層核算單位而言
（一）財務核算的質量不高，會計信息的準確性、及時性差。
（二）預算形同虛設，執行困難。
（三）領導決策困難。
（四）作為行政執法部門，非稅收入業務量龐大繁雜，對賬工作繁瑣，效率有待提高。
