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國際瀕危物種貿易公約象：遞交大會的5項議案是有關非洲象（Loxodonta africana）：3項議案提出允許CITES附錄Ⅱ中的種群可進行象牙貿易；1項議案提出將一個國家級種群降列入附錄Ⅱ； 第5項議案提出將所有非洲象種群一概列入附錄Ⅰ。雖然有關象歸類的爭論冗長，分歧意見威脅性的氣氛籠罩著會議有幾天之久，但在象分布國家中卻達成了一項里程碑似的協定：繼續禁止象牙貿易並支持象貿易的監督系統；一致意見把南非象列入CITES附錄Ⅰ的種群降列入附錄Ⅱ，象牙貿易定額為零。辛巴威 、波札那、和納米比亞撤回他們儲存象牙繼續貿易的提案，肯亞和印度撤回他們關於將全部非洲象種群列入附錄Ⅰ的提案。根據1997年CITES 締約成員國大會的授權，建立了兩個長期監測系統：象的貿易信息系統（ETIS）和象的非法捕殺監測系統（MIKE）。作為CITES地面跟蹤象類種群的工具，MIKE得到進一步的加強。作為對象牙及其產品非法貿易進行監測的工具，ETIS也得到更新。
鯨：鯨類的問題仍然是在CITES COP會上最會引起爭議和辯論的問題，日本和挪威在會上共提出了4項將各種鯨的種群從CITES附錄中刪除的議案。日本的議案要求將小鬚鯨（Balaenoptera acutorostrata）的2個種群和灰鯨（Eschrichtius robustus）的1個種群從附錄中刪除，而挪威的議案要求將小鬚鯨的種群從附錄中刪除。這4項議案在專業分組會上都遭到普遍反對而被否決。挪威對它的議案作了修正，在第一次全體會上重開辯論，挪威在修正案中指出，只要求將挪威水域內的小鬚鯨種群從CITES附錄中刪除，並且其貿易只限制在接受DNA鑑定系統的國家之間。然而，此議案再次遭到否決。許多CITES締約成員國呼籲支持國際捕鯨委員會（IWC），並重申：IWC是負責保護和管理鯨類的第一位組織機構。
虎：由於CITES政治使團對印度虎保護工作的批評，使COP 11次會議有關虎的討論成了最拖拉的工作會議。然而，到最後，技術及政治代表團對14個虎的分布國和消費國的建議大都接受了。建議要求採取各種措施，廣泛加強執法，以遏制虎及其衍生物的貿易。CITES執行委員會將檢查CITES有關虎的決議的執行情況和代表團對既定保護目標的建議的落實情況，並在下一次締約成員國大會上匯報檢查結果。
麝：由印度、尼泊爾和美國提出將全部麝類（Moschus spp.）種群列入CITES附錄Ⅰ的議案被撤回。但由中國、美國和俄羅斯聯邦重新提出一項關於麝的議案，經締約成員國大會討論通過並形成了決議。該決議要求所有的麝分布國和消費國為執法部門制定執法人員培訓計畫，並加強反偷獵巡邏，特別是在邊境地區。另一項建議是為全部含有天然麝香的產品建立標記制度。決議要求全體締約成員國、國際援助機構和非政府組織向麝的分布國提供財政和技術援助，以開展對麝的種群、國內市場以及合法和非法貿易的調查。
玳瑁龜：古巴提出兩項議案，希望將玳瑁龜（Eretmochelys imbricata）的食草種群降列入CITES附錄Ⅱ。古巴撤回了要求將儲存的近7公噸的玳瑁龜殼和每年500隻玳瑁龜的出口定額納入貿易的議案，但繼續堅持一次性向日本船運儲存的玳瑁龜殼的議案。經過長時間的爭辯，最後該議案被微弱多數否決。締約成員國大會最後一天又重開古巴議案的辯論，該議案附修正陳述：經過CITES執行委員會檢查，只有當日本建立了控制系統，才可以向日本銷售玳瑁龜及其殼。哥斯大黎加及其他代表反對此項議案，指出玳瑁龜是一種遷移性物種，而且一次性出售的行動也足以慫恿其他國家儲存玳瑁龜殼。修正案再一次被微弱多數否決。
亞洲龜類貿易：德國和美國提出一項議案：將9種亞洲閉殼龜（Cuora spp.）列入附錄Ⅱ。該議案得到廣泛支持，尤其是亞洲龜的分布國，並得到一致的同意形成決議。同時，該項決議指出，海龜(Turtle)和玳瑁龜（tortoise）受到日益嚴重的貿易威脅（尤其在亞洲），要求全部締約成員國加強合作，控制非法貿易並採取辦法，保證龜類的可持續貿易。決議還要求CITES秘書處舉行研討會，以進一步探討貿易對淡水龜類和玳瑁龜類的威脅，並提出使這些龜類免遭貿易威脅的措施。
鯊魚：所有三項要求將鯊魚列入CITES附錄的議案全被否決，雖然每一項議案都得到簡單多數的支持（接受一項議案需得到2/3的贊成票數）。美國提議將鯨鯊（Rhincodon typus
