1937年7月，抗日戰爭全面爆發後，第55師歸第69軍建制。
1938年4月，國民黨軍隊為加強武漢地區的軍事力量，以第55師與武漢警備旅為基幹擴編的第185師，合編組建為國民革命軍第九十四軍，該軍隸屬第9戰區。由武漢警備司令部郭懺兼任軍長，柳際明任副軍長，下轄：第55師，李松山任師長；第185師，方天任師長。該軍組成後，即參加了武漢會戰。
1939年初，第86軍被裁減後，其所轄第121師改隸該軍。此時，該軍下轄：第55師、第121師、第185師。同年4月至12月，該軍奉命先後參加了隨棗會戰、冬季攻勢作戰等。
1940年1月，該軍隸屬第26集團軍時，因在保衛宜昌作戰中失利，軍長郭懺被免職，李及蘭任軍長兼任宜巴區要塞守備司令，黃壯懷、牟庭芳任副軍長。下轄：第55師、第121師、第185師編制不變。同年5月至1941年9月，該軍參加了棗宜會戰和第二次長沙會戰。
1942攆月，該軍第185師改隸暫編第9軍，另將暫編第9軍暫編第35師改隸該軍。同年10月，該軍隸屬長江上游江防軍時，李及蘭升任長江上游江防軍副總司令，由牟庭芳接任軍長，楊文瑔、胡練成任副軍長。
1943年，國民黨軍隊進行局部編制調整時，該軍第55師改隸第18軍，另將第32軍第5師改隸該軍。此時，該軍下轄：第5師，劉雪瀚任師長；第121師，戴之奇任師長；暫編第35師，勞冠英任師長。此次編制調整後，該軍先後參加了鄂西會戰、常德會戰。
1945捻月，國民黨組建中國陸軍各方面軍時，該軍隸屬第3方面軍。其暫遍第35師被裁減，另將第87軍第43師改隸該軍，李士林任師長。此時，該軍下轄：第5師，李則芬任師長；第43師，李士林任師長；第121師，朱敬民任師長。同年4月後，該軍參加了湘西會戰和桂南戰場的桂境追擊作戰。
1945年8月，該軍由廣西柳州機場空運到上海，接受上海、蘇州地區日軍投降。
11月，該軍由上海空運北平後，該軍改隸北平行營。先後參加了進攻熱河戰役、張家口戰役和易滿戰役等作戰。
1947年8月，軍長牟庭芳被撤職，鄭庭鋒升任軍長，朱敬民、林偉宏任副軍長，王治熙任參謀長。此時，該軍下轄：第5師，邱行湘任師長；第43師，留光天任師長；第121師，韓迪任師長
同年9至12月，該軍參加了秋季戰役、清風店戰役和冬季戰役等。在冬季戰役中，該軍第43師被東北野戰軍殲滅於公主屯地區。少將師長留光天、少將副師長程化龍、少將參謀長易希殷等被俘。此次作戰後，該軍在天津重新組建第43師，由王治熙任師長。
1948年，該軍隸屬第4兵團，先後參加了冀熱察戰役、察綏戰役平綏路東段作戰、偷襲石家莊的作戰行動等。
同年10月，在平津戰役中，該軍軍部率第5師、第121師由天津緊急調往北平，在增防和策應平綏線作戰後，留在北平擔任守備任務；第43師仍留置天津擔任城防守備，另將第305師編入該軍，協同第43師防守天津。
1949年1月，鄭庭鋒乘飛機逃往南京後，朱敬民接任軍長。此時，該軍下轄：第5師，楊培德任師長；第43師，饒啟堯任師長；第121師，韓悌任師長。第305師，姚葛民任師長。在天津被解放軍攻破後，第43師、第305師全部被殲，副軍長林偉宏、師長饒啟堯、姚葛民被俘。在北平和平解放時，留在北平的軍部及第5師、第121師接受人民解放軍的和平改編。
