背景
偶得長子
明神宗明神宗的長子朱常洛原為他與宮女王氏在偶然之下所生的，明神宗因為朱常洛為宮女所生，所以不喜歡他。
王氏原為慈寧宮宮女，在萬曆九年（1581年）的某一天，明神宗往慈寧宮向慈聖皇太后請安。當時太后不在，王氏端水讓他洗手，他一時興起，就寵幸了王氏，按規矩，在私幸之後就該賜一物件給王氏，作為臨幸的憑證，但由於王氏是母親宮中的宮女，雖然沒有人會因為這件事去指責他的不軌，但年輕皇帝卻感到此事不大光彩，穿衣束帶後逕自走出慈寧宮。
王氏身懷有孕，幾個月後就因體型的變化被慈聖太后識破並盤問出來。這位老太后面對此情此景，想起自己作為宮女時的苦難與辛酸，對王氏的景況深表理解，同時也為自己有了抱孫子的機會而大為高興。一日，明神宗陪李太后酒宴，席間，太后向明神宗問及此事，他起先不承認是他的作為。對明神宗一向管束嚴厲的李太后立即命左右太監取來《內起居注》，叫明神宗自己看。事實面前，明神宗窘迫無計，只得如實承認。李太后望著明神宗失魂落魄的樣子，好言相勸：“吾老矣，猶未有孫。果男者宗社福也。母以子為貴，寧分差等耶！？” 至此明神宗方勉強承認，後封王氏為恭妃。王恭妃果然不負眾望生下一個男孩，這個男孩就是一生遭明神宗冷遇和歧視的短命皇帝——朱常洛。當時宮中稱宮女為“都人”，明神宗因此稱朱常洛為都人子。
皇帝首次得子，自然是一件喜事。由此，明神宗下詔全國減稅免刑，派使節通知和本朝關係友好的域外邦國。
寵愛鄭氏
明神宗嬪妃眾多，其中最寵愛鄭氏，萬曆十年（1582年）封為淑妃，次年進為德妃。鄭貴妃之所以能贏得萬曆的歡心，並不只是因為她的美貌，更多的是由於她的聰明機警、通曉詩文等他人少有的才華。如果專恃色相，則寵愛絕不可能如此歷久不衰。別的妃嬪對皇帝百依百順，心靈深處卻保持著距離和警惕，唯獨鄭妃是那樣天真爛漫、無所顧忌。她敢於挑逗和諷刺皇帝，同時又能聆聽皇帝的傾訴，替他排憂解愁。在名分上，她屬於姬妾，但在精神上，她已經不把自己看成姬妾，而明神宗也真正感到了這種精神交流的力量。她不但不像別的妃嬪一樣跟皇帝說話時低首彎腰，反而公然抱住皇帝，摸他的腦袋。這種在當時來看“大不敬”的行為，除她之外，是無人敢做的。也正是她表現的不同，萬曆才把她引為知己而更加寵愛，不到三年就把她由淑嬪升為德妃再升為貴妃。
到萬曆十四年（1586年），鄭氏生子，即朱常洵。明神宗大喜，有意進封為皇貴妃，這對恭妃冷落的態度有鮮明的對比。長達幾十年的國本之爭由此揭開了帷幕。
過程
朝臣擁護太子
有流言說明神宗與鄭貴妃曾到大高玄殿禱神盟誓，相約立朱常洵為太子，並且將密誓御書封緘在玉匣內，由鄭貴妃保管。明神宗的承諾，違背了祖制和封建禮制，勢必引起重大的政治危機。
朝中大臣受到流言影響，紛紛建議儘早冊立皇長子朱常洛為太子，以破除流言。他們爭相提及皇儲問題，奏摺累計成百上千，無不是指責後宮干政，言辭之間矛頭指向鄭皇貴妃。 還在朱常洵出生以前，萬曆十四年（1586年）首輔申時行上疏，列舉明英宗兩歲、明孝宗六歲被立皇太子為例，要求冊立皇長子朱常洛為太子，明神宗不願把自己不喜歡的女人生的兒子立為帝位的合法繼承人，便以皇長子年齡尚小為藉口推託過去，等兩三年後再舉行。 朱常洛5歲時，王恭妃還未受封，而朱常洵剛剛出生，鄭貴妃即被封為皇貴妃，這不能不令那些早就疑心重重的大臣們懷疑萬曆要廢長立幼。他們不願因對此事讓步而被記入史冊，讓後世覺得朝中無忠君愛國之人。
就在冊封鄭貴妃的當天，戶科給事中姜應麟、吏部員外郎沈璟等人紛紛殊請冊立東宮。其中姜應麟措詞激烈，讓明神宗激怒，將奏摺扔在地上，對身邊宦官說“冊封貴妃，初非為東宮起見，科臣奈何訕朕！”遂降旨：“貴妃敬奉勤勞，特加殊封。立儲自有長幼，姜應麟疑君賣直，可降極邊雜職。” 於是貶姜應麟為大同廣昌典史。吏部員外郎沈璟、刑部主事孫如法相繼上言，都被處罰。但自明神宗處罰姜應麟的諭旨也指出立太子一定會依長幼順序冊立。接著又有南北兩京數十人上疏申救，明神宗對此雖置之不理，我行我素，但心中卻極其惱火。
明神宗怠政
自從冊封鄭貴妃為皇貴妃引起群臣幾乎一致的反對以來，明神宗對臨朝聽政十分厭惡。這時候，慈聖太后已經在慈寧宮中安度晚年，五更時分不再到萬曆住所呼喊“帝起”並攜之登輦上朝了，張居正已死，馮保被貶，被稱為“和事佬”的當權者首輔申時行，抱著明神宗有朝一日自會覺悟的幻想，對皇帝一再遷就。這樣，明神宗逐步沉迷在六宮佳麗之間。
此後大臣仍然要求冊立皇長子朱常洛為太子，並於萬曆十八年（1590年）集體要求冊立，並且杜門請辭，向明神宗施加壓力。明神宗只好推至明年、或皇子十五歲時，之後又推說延至萬曆二十年春舉行。到次年八月工部張有德提議需要動工準備，然而被明神宗以不準奏擾為由罰祿三月。首輔申時行與大臣等人上疏反對，明神宗大怒，然而申時行又暗中表明辯白。此事曝光後申時行名譽掃地，被彈劾後只得辭職返家。
既然大臣敢放膽抨擊明神宗隱私，那么明神宗身邊的宦官也就不再為向外廷傳遞一些秘聞而感到忐忑不安。明神宗日常生活放縱的訊息不斷傳出，加上皇帝不時以“頭眩”為由不舉行早朝，那些大臣又發起新的一輪“攻擊”。明神宗被激怒了，眾大臣或被辭職，或被廷杖。上疏干涉皇帝“私生活”的禮部尚書洪乃春被拖到午門外廷杖60，然後削職為民，以致最後憤郁而死。眾大臣或被辭職，或被廷杖。
三王並封之禮
萬曆二十一年（1593年）年正月，明神宗加快了改立進程，下手詔給大學士王錫爵，要將皇長子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一併封王，以後再擇其中善者為太子。王錫爵既怕得罪明明神宗，又怕被朝臣攻訐，於是上疏請由皇后撫育長子，如此長子就是嫡子。然而明神宗只以前諭示朝臣，繼續準備行三王並封之禮，頓時朝中大嘩。因為王錫爵這么一說，等於明指朱常洛還需要補辦手續，質疑了朱常洛做太子的合法性，因此大臣們紛紛指責王錫爵阿諛順上，王錫爵無奈自劾請辭，而明神宗也迫於眾議收回了前命。
結果
朱常洛此立儲事，前後紛爭凡十五年之久，在李太后的干預下，明神宗終於在萬曆二十九年（1601年）讓步，立虛齡已二十的皇長子朱常洛為太子，朱常洵為福王、朱常浩為瑞王、朱常潤為惠王、朱常瀛為桂王。朱常洛出閣讀書時，正值寒冬，太監不給太子生火取暖。朱常洛凍得渾身發抖，講官郭正域怒斥太監，太監們才給他生火。此後，福王又不赴封國長期逗留京師，於是大臣們又紛紛開始上書要求其按祖制離京赴封地居住，這其中以大學士葉向高、禮部右侍郎孫慎行爭執得最為強項。
萬曆四十二年（1614年），在朝臣的壓力下，福王就蕃洛陽。
萬曆四十三年（1615年）五月，梃擊案發生，鄭貴妃、福王勢力無法再對太子構成威脅。
這場萬曆年間最激烈複雜的皇儲爭議政治事件，共逼退內閣首輔四人（申時行、王家屏、趙志皋、王錫爵），部級官員十餘人、涉及中央及地方官員人數達三百多位，其中一百多人被罷官、解職、發配充軍，整治另外“東林黨”。
後續
參見： 梃擊案
國本之爭，演變成皇帝與士紳大臣的勢力之爭。到萬曆三十一年（1603年），就因為有謠言說明神宗想要換太子，矛頭指向鄭皇貴妃，結果皇帝株連逮捕者甚眾。
恭妃王氏仍舊寂居幽宮，見不到明神宗，整日以淚洗面，流淚度日，漸漸的雙目失明了。萬曆三十九年（1611），王氏薨逝，大學士葉向高建議厚葬，可是皇帝居然不同意。再進言，明神宗才勉強同意追謚皇貴妃。
而鄭貴妃一班人並不死心，朱常洵被封為福王，按道理應該離開京城，到屬地洛陽就任。但在鄭貴妃的要求下，他卻遲遲沒有離京，總在伺機尋找機會。太子朱常洛的地位並不穩固，雙方明爭暗鬥，終於爆發明朝立國以來最嚴重宮廷仇殺事件——梃擊案。
評價
明史研究學者黃仁宇在論述萬曆這一時期的生活和政見時，曾有過獨特的見地：萬曆皇帝對於自己的“私生活”被人干預感到難以忍受，他覺得這如同把金銀首飾、玉器古玩賞賜給一個自己喜歡的人，別人無權干涉。而此時的臣僚對萬曆皇帝越來越“出格”的作為同樣感到困惑：貴為天子，怎好如常人那樣感情用事、為所欲為呢？像歷朝大臣一樣，他們總是把希望寄托在一個好皇帝身上，而最要緊的就是那個“好皇帝”是他們輔佐之人。這樣，他們獲得賞賜時，不管是官階或者財物，都會隨著皇帝的聲望而提高欣賞之物的價值。張居正改革社會的試驗和培養皇帝的努力，雖然以身敗名裂而告終，但大臣中仍不乏繼續奮鬥者，他們尤其不願看到萬曆被一個女人“勾引”而誤國誤民。
影響
國本之爭對萬曆政局產生了深遠的影響，首先是造成皇權事實上的下降。明神宗不理朝政，以至於最後對內閣、地方官員的缺官現象視而不見，給晚明政治的正常運行造成極大的破壞，而他又大興斂財之道，派用的礦監、稅監為害百姓，以致激起民變。
其次，國本之爭是使得明末形成了黨爭的重要原因之一。明神宗對於儲位的模糊態度，使得官場乃至地方的人，妄加揣測，政局混亂，出現宣、昆、齊、楚、浙五黨和東林黨兩大派明爭暗鬥， 之後東林黨又與閹黨鬥爭的局面，為一己之私不惜犧牲國家大義，使得晚明的政局混亂不堪，更是成為明末三大案的誘因，這種局面自然使得政府的行政效率下降。
再次，明神宗希望大權獨攬，而又放任缺官不補，使得內閣勢力被削弱；明神宗近三十年長居深宮不理朝政，司禮監因擁有“批紅”的權利，在這種特殊的情況下地位自然會有所上升；因明神宗對鄭貴妃的寵愛，此時外戚的實力也得到了發展，而且出現內監以鄭貴妃為內主的現象；皇帝怠政昏暈，廷臣黨爭攻訐，政府機構渙散，此時言官因對朝政的不滿爭相上疏，抨擊時政，實力也得到提高；而地方上仕途不再是衡量人生價值的唯一標準，出現了“山人”群體，之後又有了東林書院，文人關注時政，最後有東林黨之稱，萬曆末年的民變，乃至最後後金的興起，又代表了地方勢力的崛起。
在朝臣和明神宗長達數十年的鬥爭過程中，言官這一重要的政治力量以群體性的行動在維護正統的皇位繼承原則，穩定統治秩序，制衡皇權以及弘揚官僚正氣等方面發揮了極為重要的作用。
“國本之爭”，決定了萬曆以後明朝政治的走向，成為晚明三大案的誘因，在一定程度上加劇了黨爭的形成，甚至加速了明朝的滅亡，是晚明最具影響的政治事件之一。
爭議
曾經為明神宗付出過青春和愛情的鄭貴妃，一直為後人所唾罵。即使史學家也未必給予這個悲劇性女人公正的評價。“女人乃亡國之禍水”，同樣是對鄭貴妃的結論。在國本之爭這個主題上，尚有為數眾多的歷史研究者，其觀點依然站在萬曆一朝的臣僚一邊。似乎鄭貴妃天生就該安分守己地做任人宰割的妃嬪，而不應有做皇后的非分之想；萬曆皇帝天生就該和王恭妃恩恩愛愛，不應有真正的愛情。這些有悖常情的論斷大多出於一種僵化、保守、人云亦云的思想驅使，無疑有失公允，弄得是非漸已分明的歷史，再度蒙上了一層難以辨認的銹跡。
軼事典故
鄭貴妃聽到明神宗要立朱常洛為太子的訊息，雖然感到大勢已去，但她還是要作最後一搏。早在幾年前，明神宗為討鄭貴妃的歡心，曾許願將來封朱常洵為太子。鄭貴妃施展聰明，讓皇帝寫下手諭，珍重地裝在錦匣里，放在自己宮中的樑上，作為日後憑據。可是，當鄭貴妃滿懷希望地打開錦匣時，不禁大吃一驚：一紙手諭讓衣魚（蠹蟲）咬得殘破不堪，“常洵”兩字也進了衣魚腹中！迷信的明神宗長嘆一聲：“此乃天意也。”終於不顧鄭貴妃的淚眼，而把朱常洛封為太子，朱常洵封為福王。
相關影視
2007年，孔笙指導電視劇《明宮謎案》以明朝晚期的“妖書案”、“詛咒案”、“梃擊案”、“紅丸案”、“移宮案”等幾大疑案為線索，以立儲、皇權交替為關鍵點，講述了明朝萬曆、泰昌、天啟年間二十年中圍繞宮廷的權力鬥爭，表現出君臣、父子、夫妻、同僚在權力面前交錯的黨爭關係及體現出來的複雜情感，描繪出明朝危在旦夕的夕陽晚景。
2007年，尤小剛，李亞平指導歷史電視紀錄片《前清秘史》，其中涉及到了講述了明朝國本之爭。
2010年，駱超指導電視劇《大明太子府風雲》也講述了選太子的明爭暗鬥。
