改革背景
1998年6月，全國人大常委會第十次會議對改革預算編制，加強預算執行和監督提出了很高的要求，社會各界關於改革財政支出管理制度的呼聲也十分強烈。 李嵐清副總理在2000年1月省部級主要領導幹部財稅專題研討會上指出，要建立嚴格的財政預算管理制度，必須實行國庫集中收付制度。2001年，財政部部長項懷誠在全國人大會議的工作報告中，將實行國庫集中支付制度改革確定為我國“十五”期間財政支出改革的重點。
取得成效
1、規範了財政資金撥付渠道，強化了預算執行力度。
傳統的國庫支付管理，國庫撥出的財政資金經一級預算單位賬戶“中轉”，層層下撥到下級單位，撥付環節多、資金流轉過程長。在資金撥付過程中，上級預算單位可以運用資金分配權，截留或挪用一部分資金。特別是用於基建項目資金，由於中間的審批、管理環節多，易造成層層剋扣、截留挪用，最終撥到基建單位賬上的資金已大大“縮水”，大大降低了財政資金的使用效益，國家政策調控作用難以發揮，嚴重地損害了國家的威信。
現代的國庫支付管理，把財政資金由傳統的層層劃撥改為國庫單一賬戶的公共財政管理體系，對財政資金從預算分配、預算撥付及收款人賬戶實行財政直接全過程監督、控制，規範了資金撥付渠道，強化了預算執行力度，提高了財政資金的使用效益。
2、財政監督環節提前到支付環節，提高了預算的約束力。
傳統的國庫支付管理，財政資金一旦撥到預算單位的賬戶中，就等於將資金的使用調配權完全移交到預算單位掌握管理下，財政部門無法及時、準確地了解資金實際運行情況，缺乏資金使用情況的反饋渠道，往往只能從預算單位上報的年終決算中，才能了解到資金的安排情況，容易逃避財政檢查監督，削弱了預算約束性。另外，部分單位還存在著會計信息不真實、不準確的現象，財務報表不能如實反映單位預算實際執行情況的問題，更使得財政檢查監督預算執行職能形同虛設。
現代的國庫支付管理，各單位根據預算批覆，按預算級次層層上報用款計畫，再由財政下達預算指標到基層預算單位，基層單位再根據有關規定及業務需要，在需要購買商品或支付勞務款項時提出申請，經國庫集中支付機構審核後，將資金直接從集中支付專戶支付給收款人，每筆支出都處應在相預算指標控制之下，財政可隨時掌握各項預算的實際支出進度。現代的國庫支付管理制度，財政監督環節提前，提高了預算的約束力，為制定更加合理的部門預算提供準確資料。
3、減輕了財政負擔，提高了財政支付能力。
傳統的國庫支付管理，國庫要一次將資金撥入單位銀行賬戶，一方面形成財政資金結餘多戶頭分散存放，各項支出的實際形成有一定的滯後期，財政總預算列報的支出並不反映財政資金的實際支出數，而且兩者差距很大，財政部門和中央銀行無法全面了解整個財政資金的運轉狀況，給財政預算編制等工作帶來一定困難，甚至造成資金的浪費；另一方面卻造成國庫資金不足，調度困難，而國家為支付大項財政開支，不得不靠發行國債等來彌補財政資金不足，增加了財政債務負擔。
現代的國庫支付管理，實現了單位用款計畫與資金撥付相分離，使單位形成的結餘體現為用款計畫指標結餘，而實際資金結餘卻在國庫或國庫集中支付專戶。財政總預算支出和單位支出實際上是同時形成的，財政總預算支出能真實反映財政資金的實際支出數，有利於財政部門對財經形勢做出及時、準確的判斷。
4、推進依法行政、依法理財的要求。
國庫集中支付制度的改革，要求財政支出的去向及支付方式必須建立在法制的基礎上。在建立國庫集中支付制度中，將制定相關財政、金融法規，以及在根本上使國庫集中支付制度有章可循。財政資金的分配行為、管理許可權及操作程式的每個環節有了嚴格的法定製度，就能促使財政管理行為更具有透明度、公開性和約束力，就能使得行政事業單位的財政監督與預算約束貫穿於財政收支活動的全過程，真正體現了依法治國、依法行政的要求。
在具體的支付過程中，限定了財政資金的去向，即使用用途，如社會保障資金、住房公積金、工會經費、提租補貼、工資支出等，使得財政資金專款專用；同時，在具體的支付過程中，為財政資金的使用方向掌握第一手資料，為進一步修訂、規範財政資金的使用管理辦法奠定基礎，如《安徽省省級水利工程運行維護經費使用管理暫行辦法》的出台，及時的規範了河道工程修建維護費等專項經費的使用用途，提高了專項經費使用管理的嚴肅性。
問題及對策
國庫集中支付制度是以計算機技術的發展和廣泛套用為基礎，以計算機網路技術為依託，需要有一個準確、及時的銀行結算系統作保障。國庫集中支付制度是國庫集中收付制度的重要組成部分，實行國庫集中支付制度的主要控制目標和依據是財政預算指標，沒有功能強大、快速的財政預算管理和信息反饋系統是無法實現的。國庫集中收付制度改革還涉及財政部門、預算單位、商業銀行之間的工作流程的改變及利益關係的變化。國庫集中支付制度改革過程中許多工作需不斷磨合、不斷完善。
1、網路接入方式成本太高，技術方式有待突破。
大多數預算單位採用通過MODEM撥號的連線方式接入國庫集中支付系統，速度慢、穩定性差，影響國庫集中支付效率，並且MODEM這種硬體設備隨技術進步而淡出市場。採用VPN方式接入，成本高昂，以省水利廳淮河局為例，16個預算單位增加辦公成本2.88萬元（固定包月費150元/月×12個月×16個單位），如此計算，安徽省級預算單位增加辦公成本上百萬元。為加快國庫集中收付制度改革及財政一體化建設，應提供一種廣泛和安全的接入服務，在任何時間、任何地點、使用任何設備，通過任何網路連線，都可快速接入國庫集中支付系統。
2、商業銀行的既得利益被打破，服務質量有待提高。
現行的國庫集中支付制度，商業銀行減少了信貸資金來源，並且零餘額賬戶代理銀行網點要先墊付資金，再由代理銀行分行匯總各網點的墊付款項後統一與人行國庫單一賬戶清算，清算環節越多，資金在各賬戶周轉的手續越多，資金支付速度就越慢。結算過程中存在個別開戶銀行人為設定保障，款項不能及時結算；或由於技術原因，零餘額賬戶開戶銀行不能列印直接支付入賬通知書、財政授權支付入賬通知單等會計原始憑證。
3、提高預算編制水平，繼續加強預算執行的監督力度。
真正實現公共財政、財政一體化戰略、提高財政資金的使用效率，預算的編制是根本。通過實行綜合預算、零基預算、早編細編預算，加強了預算管理，從而實現資源配置、收入分配、經濟穩定及經濟發展的職能。
目前，國庫集中支付，財政資金支付給供應商或勞務提供者前，對預算單位提供的資金申請、購銷契約、商品供應者或勞務提供者的資質及收款賬戶等的真實性，缺少審核鑑定環節；各廳（局）年度預算中補助市縣的項目，經費劃轉至市縣財政後，省級國庫集中支付系統無法監督該項經費的支付情況。另外，國庫集中支付制度僅作為財政資金支出去向的一種監督控制手段，對預算單位其他資金的來源、去向的監督管理力度不夠及時。我國應在“收支兩條線”、政府非稅收入管理等相關政策的基礎上，借鑑國庫集中支付系統的成功經驗，儘快開發統一的“國庫集中收付”系統。並逐步建立以國庫集中收付系統為基礎、以信息化技術為支撐的預算執行動態監控機制。逐步拓展預算執行動態監控範圍，要將監控範圍逐步擴大到預算單位的所有資金。要逐步完善預算執行動態監控運行機制，以實時動態監控為重點，建立起綜合核查、動態監控信息披露、監控檢查通報、處理整改相配合的監控運行機制，從而提高預算的執行力、約束力。
4、加快財政一體化戰略的實施步伐，充分發揮國庫集中支付制度的協同效用。
加強財政國庫管理信息系統建設規劃，加快信息系統建設步伐。各級財政部門將國庫集中支付、非稅收入收繳管理、政府採購管理、財政決算等系統整合，將財政、稅務、人民銀行國庫網路實行橫向聯網，建立聯網信息系統，實行稅款信息共享。實現各級財政非稅收入分成信息的實時交換、收支信息及時匯總以及決算信息的及時生成。各級財政國庫部門要與本地技術管理部門密切配合，建立健全財政國庫管理系統的實施及日常維護隊伍，保障國庫改革與管理業務的順利進行。
其它
財政部發布中央預算明年國庫集中支付改革通知
黨中央有關部門，國務院各部委、各直屬機構，武警部隊，新疆生產建設兵團，全國人大常委會辦公廳，全國政協辦公廳，高法院，高檢院，有關人民團體，有關中央管理企業，各中央國庫集中支付代理銀行：
根據國務院批准的財政國庫管理制度改革方案和國庫集中支付制度有關規定，以及《國務院關於編制2011年中央預算和地方預算的通知》(國發[2010]39號)有關要求，現將2011年深化國庫集中支付改革有關事項通知如下：
一、深化改革的總體要求
2011年是“十二五”改革發展各項規劃的開局之年，各部門要繼續大力推進和深化財政國庫各項改革，加強預算執行管理，提高財政財務管理的科學化精細化水平。全面深化國庫集中支付改革，進一步擴大改革級次和範圍，實現所有中央預算單位和所有一般預算、政府性基金和國有資本經營預算資金實行國庫集中支付；健全和完善國庫單一賬戶體系，逐步將中央預算單位實有資金銀行賬戶納入國庫單一賬戶體系並實施動態管理；深化公務卡改革，將改革推進到所有三級和具備條件的三級以下預算單位，擴大結算範圍，切實減少公務支出的現金使用；加強用款計畫管理，不斷提高用款計畫的科學性和準確性；推進財政授權支付網上銀行試點工作；認真做好預算執行細化管理後國庫集中支付年終結餘資金的申報核定工作；進一步加強預算單位銀行賬戶、往來資金、會計核算和資金安全等財務管理工作；完善各單位預算執行管理制度和預算支出責任制度，切實提高預算執行的均衡性和效率，並嚴格按照國庫集中支付制度規定支付資金。
二、繼續推進預算執行細化管理
2011年，各中央預算單位要繼續將上年結餘和當年預算分開執行；財政部確定的將項目支出執行到預算項目的試點部門範圍不變。
(一)調整項目編碼。根據《財政部關於編制2011年中央部門預算的通知》(財預[2010]271號)，2011年預算項目編碼由10位調增為13位，在範圍劃分、用款計畫和資金支付等業務涉及的有關憑證和電子信息中“項目編碼”相應進行調整，與預算項目編碼一致。
(二)年終結餘資金處理。各中央預算單位2009年度以前形成的國庫集中支付年終結餘資金按照預算科目結轉。對2009年度以後形成的結餘資金，未實行預算執行細化試點的單位，財政授權支付資金按預算科目結轉，財政直接支付資金按預算項目結轉；實行預算執行細化試點的單位，除財政部另有規定外，財政直接支付資金和財政授權支付資金都按預算項目結轉。國庫集中支付年終結餘資金的申報核定等事項按《關於預算執行細化管理後調整國庫集中支付年終結餘資金申報核批表的通知》(財辦庫[2010]297號)執行，並於2011年1月20日之前報送財政部(國庫司)。結餘資金用款額度恢復時間和恢複比例仍按現行規定執行。
三、做好國庫集中支付改革範圍劃分工作
2011年，各部門要高度重視國庫集中支付改革範圍劃分工作，嚴格執行範圍劃分標準，按照規定的時間和要求編報範圍劃分建議表，確保用款計畫編報和預算執行工作的順利實施。
(一)支付方式與範圍劃分標準。2011年，實行財政直接支付的資金範圍包括：一般預算支出和政府性基金支出中，年度財政投資超過500萬元(含500萬元)的工程採購支出(包括建築安裝工程、設備採購、工程監理、設計服務、移民征地拆遷和工程質量保證金等支出，不包括建設單位管理費等零星支出)；中央基層預算單位項目支出中，納入政府採購預算且金額超過100萬元(含100萬元)的物品和服務採購支出(財政部另有規定的除外)；基本支出中納入財政統發範圍的工資、離退休費；能夠直接支付到收款人或用款單位的轉移性支出，包括撥付有關企業的補貼等；國有資本經營預算支出(財政部另有規定的除外)。
實行財政授權支付的資金範圍包括：一般預算支出和政府性基金支出中，未納入財政直接支付的工程、物品、服務等購買支出和零星支出；特別緊急支出；財政部規定的其他支出。
(二)範圍劃分建議表報送。各部門應於2010年12月10日前根據“二上”預算數，按照本通知規定的範圍劃分原則，以司局檔案和電子文檔形式，將《*****(部門)2011年國庫集中支付改革範圍劃分匯總建議表》(附屬檔案1)、《*****(部門)2011年國庫集中支付改革一般預算資金範圍劃分明細建議表》(附屬檔案2)、《*****(部門)2011年國庫集中支付改革政府性基金範圍劃分明細建議表》(附屬檔案3)報財政部(國庫司和部門預算管理司)備案。2011年正式預算批覆前，根據“二上”預算數及報送備案的範圍劃分建議表編報用款計畫。其中，匯總建議表按照政府收支分類科目功能分類的項級科目匯總填報；明細建議表按照項級科目分基層預算單位填報，其中實行財政直接支付的項目支出要填報到預算項目。
2011年部門預算批覆後15個工作日內，各部門要根據部門預算數調整範圍劃分情況，以司局檔案和電子文檔形式，向財政部(國庫司和部門預算管理司)重新調整報送匯總建議表和相關明細建議表。
(三)範圍劃分建議表審核批覆。收到各部門報送的範圍劃分建議表後，財政部對範圍劃分建議表的紙質檔案和電子信息同時進行審核。其中，對於電子信息，財政部將通過財政國庫外圍平台系統或相關信息系統進行校驗。檢驗未通過的，財政部將根據信息系統提示的錯誤原因，通知中央部門進行調整後重新上報，直至校驗成功。
財政部在成功接收並審核同意中央部門按部門預算數報送的範圍劃分建議表(紙質檔案和電子信息)後15個工作日內，將匯總建議表和相關明細建議表以“財辦庫”形式批覆。
(四)有關調整事項處理。年度預算執行中有調整預算的，應按國庫集中支付改革範圍劃分標準確定資金支付方式，並經財政部(國庫司)審核同意後執行。年度執行中需要調整支付方式和範圍的，預算單位應當以正式檔案向財政部(國庫司)提出調整申請，經審核同意後進行調整。
四、其他事項
(一)根據《財政部關於將按預算外資金管理的收入納入預算管理的通知》(財預[2010]88號)規定，從2011年1月1日起，除教育收費不納入預算實行財政專戶管理外，其他按預算外資金管理的收入將全部納入預算管理。對納入預算管理的資金，要嚴格按照財政國庫管理制度有關規定支付；不納入預算但實行財政專戶管理的資金，暫按原渠道從財政專戶中核撥。
(二)預算執行細化管理後中央國庫集中支付年終結餘資金申報核定工作業務調整內容較多，各中央部門要高度重視，加強對所屬單位相關人員的業務培訓和政策解釋，做好各項工作銜接，確保準確核定並及時上報2010年度國庫集中支付年終結餘資金。
(三)預算項目編碼調增後，各中央國庫集中支付代理銀行要抓緊做好系統調整和業務培訓等工作，保證預算單位及時辦理財政資金支付業務。
(四)財政部支付有關代編預算中央企業的財政支出，全部實行財政直接支付，單位不需要編報範圍劃分建議表，項目支出用款計畫暫由財政部有關部門預算管理司代編，基本支出用款計畫由企業通過“中央預算單位財政資金支付管理系統8.1”自行編報。
特此通知。
財政部
二○一○年十二月八日
