建設歷史
國家海洋局與福建省政府簽署協定2011年6月，國家海洋局劉賜貴局長一行到平潭綜合實驗區調研，提出國家海洋局將依託國家海洋局第三海洋研究所在平潭設立海島研究中心，建成立足平潭島、服務海西和全國海島的綜合性海島科研機構。根據劉賜貴局長的工作部署，國家海洋局安排局機關有關部門及國家海洋局第三海洋研究所開展了在平潭籌建海島研究中心的工作。同年11月，福建省海洋與漁業廳就此項工作進展情況向福建省委、省政府做了專題匯報，孫春蘭書記、蘇樹林省長、倪岳峰副省長分別做出了批示，要求地方政府協助做好相關工作。
2012年1月4日，在局黨組成員陳連增副局長的主持下，國家海洋局組織召開了專題會議對在平潭建設海島研究中心的事項進行了研究部署。2月13日，國家海洋局劉賜貴局長在福建省於北京召開的貫徹落實《平潭綜合實驗區總體發展規劃》座談會上明確表示支持在平潭設立國家海島研究中心，該中心將在海島環境監測監視、生物多樣性保護、生態修復及科學開發利用等方面提供技術支撐。依託單位國家海洋局第三海洋研究所2011年9月即在平潭租用辦公場所，派出研究隊伍和籌建人員進駐平潭島。
2012年10月，國家海洋局與福建省政府簽訂了《關於建設國家海洋局海島研究中心的協定》，其中提出，平潭綜合實驗區負責建設5000平方米辦公及配套用房（由地方立項），建成後，無償將產權移交海島中心。2013年1月，國家海洋局批准了海島研究中心的主要職責、機構設定和人員編制 。
2013年7月，海島中心一期辦公樓竣工。
國家海洋局海島研究中心2018年10月，被評為全國中小學生研學實踐教育基地。
主要職責
海島中心主要是從事海島開發與保護研究工作，為海島行政管理、經濟發展和生態文明提供支撐和服務。其主要職責為：
① 承擔海島開發與保護立法、政策、規劃、規範、標準制定的 基礎性研究工作；
② 承擔海島經濟可持續發展戰略、海島管理配套制度研究工作；
③ 承擔海島資源與環境監測、評價和海島利用技術評估；
④ 承擔海島資源綜合調查工作，開展全國特殊用途海島保護與研究；
⑤ 開展全國海島環境保護、防災減災、權益保護、生物多樣性保護及生態修復等制度與技術研究；
⑥ 承擔海島資源綜合利用技術的創新性研發及成果轉化；
⑦ 承擔海島保護和開發科技研究的對外交流與合作；
⑧ 承擔海島文化研究與宣傳教育工作；
⑨ 承辦國家海洋局交辦的其他事項 。
人才隊伍
截至2013年11月，海島中心有員工29人，其中入選福建省“百千萬人才工程”2人，享受政府特殊津貼專家2人、廈門市拔尖人才2人，副高級職稱以上科技人員5人，具有碩士、博士學位人員19人 。
科學研究
科研方向
1、海島經濟可持續發展戰略、管理制度研究；
2、海島保護法規、政策、標準制定；
3、海島環境監測、評價和利用技術評估；
4、海島環境保護、防災減災、權益保護及生態修復研究；
5、海島資源綜合調查；
6、海島保護和利用規劃、開發利用具體方案編制、用島項目論證報告等方面的研究；
7、海島綜合開發利用技術研究與示範工作，建立資源節約型、環境友好型的海島綜合開發利用模式，為沿海地方提供海島開發利用技術指導和技術諮詢服務；
8、海島綜合調查和功能動態監測技術研究與套用示範；
9、海島資源綜合調查、綜合利用技術研發及成果轉化 。
科研機構
•海島開發研究室
截至2013年12月，研究室有科研人員5人，其中，副研究員1人，工程師2人，助理工程師2人；博士3人，碩士2人 。
•海島保護研究室
截至2013年12月，研究室有科研人員6人，其中具有博士學位5人 。
建設成果
•海島海灘養護與修復工作
廈門海灘由於海島海灘的脆弱性以及日益嚴重的侵蝕狀況，在廈門、鼓浪嶼、 平潭等島嶼通過海灘養護，並輔助以丁壩、離岸堤等工程措施，修復受損的海灘，為海灘後濱提供保護使其免遭風暴潮破壞，同時海灘還被開闢為濱海旅遊場所，增加了海岸的景觀效果和旅遊經濟收入 。
廈門
工程區位於廈門島東岸，養灘岸線長度1466m，設計乾灘灘肩高度4.0m（黃零），海灘乾灘寬度80-120m，補沙平均粒徑0.5mm，總補沙量82萬m 。成為重要濱海活動中心 。
平潭島海壇灣
工程區位於平潭島海壇灣南部岸段，北起龜模嶼，南至龍王頭。海灘設計岸線長1359m，設計乾灘寬度60m，設計乾灘高度4.5m（黃零），海灘補沙設計兩層，墊層沙粒徑0.5～1.0mm，表層沙（頂層約0.5m）粒徑0.6mm，總補沙量為34.53萬m 。
•福清市黃官島保護和利用規劃編制
2013年，受福清市海洋與漁業局委託，結合黃官島旅遊娛樂用島的功能定位和海島保護規劃的相關要求，中心編制了《福清市黃官島保護與利用規劃》並順利通過專家評審 。
•福清市北青嶼綜合整治修複方案編制
2013年，受福州平潭海峽大橋有限公司委託，中心針對平潭大橋建設導致北青嶼島體和生態系統遭受破壞的現狀，研究北青嶼綜合整治修復技術和方案，以減輕海浪對岸線的沖刷侵蝕，提高海島減災防災的能力，恢復和改善海島島體形態、生態環境和自然景觀 。
•廣東省茂名市水東灣三島整治修復工程項目可行性研究報告
2013年，受廣東茂名水東灣新城管委會下屬的水東灣茂名市水東灣新城建設投資有限公司委託，中心從改善大洲島生態環境、有效保護海洋資源等方面，對大洲島開展整治修復研究，編制整治修復工程項目可行性研究報告 。
•珠海情侶路海灘修復工程方案研究
中心承擔珠海市情侶路海灘養護工程方案研究、工程可行性研究和施工設計方面的工作。針對海灘近岸環境動力學過程，養護海灘平面設計、剖面設計、養灘沉積物、排洪管設計、固沙輔助工程設施設計等開展進一步研究 。
•欽州市茅尾海沙井島人工海灘工程方案研究
2013年5月，受欽州市海洋局的委託，國家海洋局海島研究中心承擔了“欽州市茅尾海沙井島海灘養護工程方案補充研究”項目，並在此基礎上完成工程施工圖設計 。
中心標識
海島研究中心標誌融合了“國家、海洋、海島、燈塔、資源、研究、權威、引領”等元素；以最能體現國家行政機關莊重和權威的圓形為基本形；在繼承的基礎上，大膽引入全新的“燈塔引航”理念，行業、權威等屬性一目了然，也更加凸顯了海島研究中心創新、活力的品牌形象。本標誌整體構圖形象直觀，簡潔大方，易於識記。
海島中心logo標誌主色彩採用海藍和天藍相結合，正黃點睛：
海藍：象徵著海洋和科技，由於其沉穩的特性，具有理智、準確的意象，所以也代表了權威和專業；
天藍：象徵著天空的純淨天藍，表現出一種包容、冷靜、理智、安詳與廣闊。兩種藍色相輔相成，具有和諧、穩定的視覺美感；
正黃：用象徵權威的正黃“五星”突出海島研究中心的國家屬性，同時也與低調的藍產生強烈對比，提升整體色彩的張力。
標誌的外觀構成及其蘊含的理念：
燈塔：採用抽象的幾何形體將“海島中心”融入燈塔的結構，既貼切闡釋了海島中心的研究範圍，又寓意中心在科研領域的高瞻遠矚，是行業的航標燈，是領域的引路人，是充分展現企業文化，突顯品牌精神的點睛之筆；
島嶼：運用寫意的手法勾勒的海島輪廓，簡練又極具藝術美感，形象展示了海島中心的工作核心和研究範圍；
翻滾的海浪、游魚及飛鳥：波濤洶湧的海浪構成了海洋，游魚及飛鳥構成了豐富地海洋生物資源，寓意藍色經濟澎湃的活力；同時也折射出海島研究工作的艱辛與挑戰，更加彰顯了海島人乘風破浪，勇於開拓的精神 。
