組織編制
國家海洋局南海分局位置圖國家海洋局南海分局機關內設12個職能處室，另有直轄15個正處級單位；中國海監南海總隊內設4個職能處室，直轄中國海監第七、第八、第九、第十支隊 以及陸航執法監察隊。
截止2012年11月，南海分局有職工1421（編制1790人）人，其中科技人員614多人，船員365人。擁有海洋水文、化學、地質、氣象、生物、遙測浮標、海洋計量檢定、海洋環境質量評價、海洋信息服務等專業隊伍，並有遍布在兩廣的沿海觀測站網和遙測海洋環境數據的浮標網，裝備比較先進的中國海監第七、第八支隊擁有11艘集海洋執法和科研調查為一體的執法和科研調查船隻 。
機構設定
機關部門
國家海洋局南海分局、中國海監南海總隊機關部門：
1.辦公室（新聞信息辦公室、保衛處）
2.政策法規和規劃處（監督管理處）
3.海域和海島管理處
4.海洋環境保護處
5.海洋科學技術處
6.海洋預報減災處
7.人事處（總隊政治處）
8.財務處（資產管理處）
9.黨委辦公室
10.紀檢監察辦公室（審計辦公室）
11.離退休辦公室
12.中國海監南海總隊指揮處
13.中國海監南海總隊維權執法處
14.中國海監南海總隊行政執法處
15.中國海監南海總隊裝備技術處
16.中國海監南海總隊機要處
直屬單位
國家海洋局南海分局直屬單位：
1.國家海洋局南海海洋工程勘察與環境研究院
2.國家海洋局南海環境監測中心
3.國家海洋局南海工程勘察中心（加掛：國家海洋局南海資料浮標中心）
4.國家海洋局南海預報中心（加掛：廣東省海洋預報台）
5.國家海洋局南海信息中心（加掛：國家海洋局南海檔案館）
6.國家海洋局南海分局機關服務中心
7.國家海洋局深圳海洋管理處
8.國家海洋局珠海海洋管理處
9.國家海洋局珠海海洋環境監測中心站
10.國家海洋局汕尾海洋環境監測中心站
11.國家海洋局北海海洋環境監測中心站
12.國家海洋局海口海洋環境監測中心站
13.國家海洋局三沙海洋環境監測中心站
14.中國海監第七支隊
15.中國海監第八支隊
16.中國海監第九支隊
17.中國海監第十支隊
18.中國海監南海航空支隊
19.中國海監南海維權執法支隊（加掛：中國海監南海總隊通信站）
職責
國家海洋局南海分局主要任務是按照國家有關法規、規定，代表國家海洋局履行在南海區的海洋行政管理職能，在海區組織開展海洋行政管理、執法監督和公益服務等項工作，主要職責是：
1．監督國家有關法律法規、條例在本海區的實施，根據國家海洋發展戰略和全國海洋功能區劃，會同地方政府，制定本海區海洋發展規劃、開發規劃，劃定海洋功能區。負責本海區省際間海洋發展規劃、功能區劃和開發規劃的協調工作。
2．負責本海區海洋權益維護工作，監督本海區涉外海洋科學調查研究活動和海洋設施建造、海底工程及其他海洋開發活動。
3．組織擬定本海區及重點海域的海洋環境保護規劃並負責實施整治工作，管理審批本海區陸源污染物排海的總量和濃度，負責本海區防止石油勘探開發、海洋傾廢、海洋工程和其它海洋開發活動造成的污染損害的海洋環境保護工作。參與本海區重大污染事件的評估與查處，負責發布海洋污染通報。
4．組織本海區海域使用管理工作，負責管理本海區海砂勘探和開採工作，負責地方管理海域以外、涉及港澳和跨省（區）海底電纜與管道的鋪設、海上人工構造物設定的審核與監督工作。
5．負責履行對本海區各省（區）海洋管理部門海洋管理工作的指導、協調、監督，協調本海區省（區）間的海洋開發活動。
6．組織實施本海區的海洋基礎與綜合調查，管理本海區海洋監測、觀測、災害預報警報、信息資料和標準計量工作，建設和管理海洋環境監視、監測網和海洋災害預報預警系統，組織災情評估，發布海洋環境預報和海洋災情預報警報，為發展海洋經濟提供服務。
7．建設和管理本海區中國海監隊伍，組織協調本海區中國海監隊伍的巡視監視和執法監察工作，查處違法活動，對本海區三省（區）的中國海監隊伍履行監督、指導，領導中國海監南海總隊。
8．承辦國家海洋局和本海區省（區）人民政府交辦的其它工作。
領導班子
錢宏林：國家海洋局南海分局局長、黨委副書記（兼）、中國海監南海總隊政委（兼）
雷 波：國家海洋局南海分局黨委書記、副局長（兼）
楊煉鋒：國家海洋局南海分局副局長
陳懷北：國家海洋局南海分局副局長、中國海監南海總隊常務副總隊長（兼）
於 斌：國家海洋局南海分局副局長
王 群：國家海洋局南海分局紀委書記
謝 健：國家海洋局南海分局副局長
駐地
地址：廣東省廣州市新港中路353號
