青年時期
1805年9月27日，慕勒出生在普魯士王國，靠近哈伯斯塔特（Halberstadt）的一個村莊克魯本司戴特（Kroppenstaedt），父親是當時國產稅局的一個收稅人。他原本是一行為荒唐的青年，與他後來聖潔的基督徒形象截然相反，他曾是一個慣偷、騙子和賭徒，曾幾次偷過他父親代保管的政府公款。在他14歲時他母親的臨終之夜，他正在和朋友玩牌賭博，然後喝得酩酊大醉。2年後（1821年），他在馬格德堡的教會學校就讀時，用謊言獲得導師的準許請假，與一名女子住在不倫瑞克的高級旅館幽會，直到耗盡所有，被旅館告發，因詐欺罪被送進監獄幾個月。
慕勒的父親希望供他去接受宗教教育，以使他能在國立的路德會中得到一個有利的神職位置。他在哈勒大學學習神學。這時慕勒仍舊習不改，當他債台高築，津貼不夠償付之時，便造成自己遭遇偷竊的假象，博取同學們的同情，騙取大家捐款補償他的損失。
就在這時，他遇到一個男同學培德（Beta），1825年11月中旬一個周六的晚上，培德和他一起參加了一個在魏格納（Wagner，後來加入普利茅斯弟兄會）家中舉行的基督徒聚會。他在那裡受到熱誠的歡迎，並開始按時閱讀聖經，和參加聚會的其他人討論基督教。他很快戒掉了酗酒和撒謊，並開始希望成為一名傳教士。他開始定期在附近的路德會教堂講道，並繼續和大學中那一群增長中的非國教信徒一起聚會。
早期工作
1827年8月，慕勒開始熱心國外布道事業，加入了不列顛大陸宣道會（Continental Society of Britain）。1828年，他接受倫敦會（London Missionary Society）的建議，於1828年3月19日抵達倫敦，進入神學院受訓6個月，然後在英國的猶太人中工作。但在1829年5月中旬，慕勒生了一場重病，當時他甚至都沒有想到能夠活下來。當他痊癒時，他奉獻自己服務於上帝的旨意。不久他離開了倫敦會，確信上帝會為他從事基督教工作滿足他的需要。他成為德文郡Ebenezer會堂的牧師，不久和瑪麗·戈洛弗（最早在都柏林開始「奉主名聚會」的A.N.戈洛弗的姐妹）結婚。在他擔任這所教堂牧師期間，他拒絕領取固定的薪水，相信那種實行會導致教會成員耗盡他們的責任，而不是出於自願。他還廢除了教堂長凳的租金，指責這給了富人不公平的顯赫。1832年，慕勒遷居到港口城市布里斯托（Bristol），開始和革拉克（Henry Craik）一起，在伯賽大會所（Bethesda chapel）工作。他直到去世，一直在此講道，同時還獻身於其他工作。1834年，他建立了國內和海外聖經知識協會（Scripture Knowledge Institution for Home and Abroad），目標是援助基督教學校和傳教士，以及分發聖經。這個組織不接受政府支持，只接受主動送來的饋贈，到慕勒去世時共收到並支付出去150萬英鎊($2,718,844 美元），這些錢主要用來支持孤兒院，並分發了將近200萬本聖經和宗教書籍。這些錢還用來支持全世界的其他傳教士，例如中國內地會的創始人戴德生。
創辦孤兒院
1832年2月和1835年11月20日，慕勒兩次讀到法蘭克(August Hermann Francke)的傳記，法蘭克從1696年起在普魯士的哈勒（Halle）創辦「孤兒之家」，並從不向人要求捐款。慕勒也產生了開辦孤兒院的心愿。由於在1835年12月5日，他讀到聖經中詩篇81篇10節——「你要大大張口，我就給你充滿」而大受鼓勵，加上革拉克的贊同，於是在12月9日，經過眾人的考慮和禱告，終於做出了決定。會後陸續有信徒主動奉獻錢財和家具。慕勒夫婦照顧孤兒的工作開始於1836年4月11日，起初是在布里斯托（Bristol）自己的家中做準備工作，以容納30個女孩。同年11月28日，在同一條街又租房開始了第二間孤兒院。不久，又布置了2所房子，需要照顧的兒童總數達到130人。1845年，由於人數繼續增長，慕勒決定設計一所獨立的建築，以容納300個孩子。1849年6月18日，在Ashley Down 28,000 m2的土地上，建成了這所孤兒院。到1856年5月26日，又興建了第二院，可容納400人。到1870年，總共已建立了5所孤兒院，收容超過2,000名孤兒。最後全部孤兒人數達到10,024名。維持孤兒院開支的捐款總數，超過了150萬英鎊。儘管這5座孤兒院開支浩大，僅建築花費總數就超過10萬英鎊，但慕勒的原則是，從不向人要求捐款，從不把任何孤兒院的需要告訴外人，更從不借債，他只做一件事：向上帝禱告，但每次的幫助總是在最需要的時刻由各方自動送來，沒有一次叫孤兒們挨餓。許多次，他在離給孩子開飯的時間已經只有一個小時的時候收到主動送來的食物，進一步加強了他對上帝的信心。每天早晨進早餐後是讀聖經和禱告的時間，每個孩子在離開孤兒院時會得到一本聖經。孩子們的穿著和教育都很好，慕勒甚至僱傭了一名學校督學以保持高的水準。事實上，許多人聲稱附近工廠和礦山無法獲得足夠的工人，因為他為孩子們長大後離開孤兒院提供的職位是保全學徒、職業訓練和家庭服務。這所孤兒院現在還是英國布里斯托城最大的孤兒院。不過在1958年，孤兒院的總部遷離Ashley Down，原址改為一所大學。孤兒院原址旁的馬路，仍稱作慕勒路（Muller Road），是布里斯托城最長的一條沒有酒吧的街道。
傳教
他的第一個妻子在1870年去世，1872年，他與慕姍娜·桑格結婚。1875年，他70歲,慕勒開始了一次17年之久的傳教旅程。在這段時間，他前往美國、印度、澳大利亞、日本、中國和其他將近40個國家講道。他的旅行里程總計超過20萬英里，這在航空時代來臨以前，是一個不可思議的成就。他的語言能力允許他用英語、法語和德語講道，他的講道詞被翻譯成超過一打其他語言。
1892年，他回到英格蘭，1898年3月10日早晨，送茶給慕勒的人發現93歲的他已經安然離世。此前他一直身體強健，照常工作。
