主要職責
1.貫徹執行國家、自治區關於衛生工作的方針、政策和法律、法規並監督實施；研究擬定全市衛生工作的有關政策、法規、條例、標準及規章制度，並組織實施。
2.研究制定呼市衛生事業發展的總體規劃、年度計畫和戰略目標，組織實施國家技術規範和標準，制訂我市有關規範和標準並組織實施。
3.研究制定全市農村牧區衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施，貫徹預防為主方針，開展全民健康教育；制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治。
4.研究指導全市醫療機構改革，制訂相關執業標準、醫療質量和服務規範並監督實施。
5.會同相關部門研究擬定醫學科技教育發展規劃，組織重點醫療衛生科研攻關，指導醫學科技成果，管理衛生中等專業教育和職業技術教育。
6.依據衛生法規、標準，對社會公共衛生、勞動衛生、食品醫用生物製品和生物材料以及醫療器材及醫療市場行使監督職權。
7.在自治區衛生廳和相關部門的授權範圍內實行醫務、護理等人員的資格認定、考務工作和醫療機構從業許可證制度。
8.對傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生等實施監督管理。組織制定食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
9.制訂衛生人才發展規劃，負責全市衛生技術人員職業道德教育、繼續醫學教育和有關法制教育，促進衛生行業的社會主義精神文明建設。
10.貫徹中（蒙）西醫並重的方針，推進中（蒙）醫的繼承與創新，實現中（蒙）醫的現代化；指導全市中（蒙）醫療業務建設，科研發展和人才培養工作。
11.承擔呼和浩特市愛國衛生運動委員會的日常工作。
12.組織調度全市衛生技術力量，在市人民政府的領導下，協同相關部門對重大突發病情、疫情實施緊急處置，防止和控制疾病的發生和蔓延。
13.承辦市人民政府和自治區衛生廳交辦的其他事項。
主要機構
（一）黨委辦公室
貫徹黨的路線、方針和政策，組織實施市委和局黨委部署的各項工作任務。加強局系統各單位領導班子建設，做好乾部的培養、選拔和使用工作。加強基層組織建設，做好黨員的教育和管理工作。加強思想政治建設和道德素質教育，做好全系統幹部職工的政治理論學習和培訓教育工作。堅持黨管人才的原則，充分發揮牽頭抓總、綜合協調的職能，做好人才工作。組織協調做好工會、共青團、婦女、老幹部、雙擁、統戰、民族、扶貧等工作及各項社會公益活動。
（二）辦公室
制定全市衛生事業發展總體規劃和年度計畫並組織實施。協助局領導處理機關日常工作，協調機關政務工作。負責會議的組織、綜合性材料的起草和機關文秘、檔案、督查、保密、綜合調研、信息、信訪、綜合治理、機關規章制度建設、對外交流與合作、新聞宣傳等工作。
（三）人事勞資科
研究制定呼市衛生人才發展規劃並組織實施；指導全市衛生系統專業技術人員的資格認定工作及專業技術職務評聘申報工作；負責管理局機關的人事、勞資、工資、機構編制、離退休、計畫生育等工作，並負責指導所屬單位的此項工作。
（四）監察室
檢查被監察的部門在遵守和執行法律、法規和人民政府的決定、命令中的問題；受理對被監察的部門和人員違反行政紀律行為的控告、檢舉；調查處理被監察的部門和人員違反行政紀律的行為；受理被監察人員不服行政處分決定或者行政處分覆核決定的申訴；受理被監察人員不服監察決定的申訴；督促被監察的部門建立廉政、勤政方面的規章制度；辦理派出它的監察機關交辦的其他事項。
（五）財務科
統籌規劃與協調全市衛生資源配置，擬定衛生財務管理規章；研究提出衛生經濟政策，負責衛生統計和內部審計工作；管理局屬單位的國有資產，指導局屬單位的財會工作。
（六）衛生法制與監督科
貫徹執行國家、自治區及呼市有關衛生方面的法律、法規、規章、技術規範標準並監督執行；負責衛生法制建設、衛生執法監督和衛生行政複議工作；監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生；組織制定呼市食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
（七）科技教育科
研究擬定全市醫學科技發展規劃，組織協調全市重點醫學科研項目攻關，指導醫療科研成果的推廣套用和醫學科普工作，負責人才培養、學科建設，指導醫學中等專業教育、醫學職業教育和醫學繼續教育等工作。
（八）醫政科
研究指導醫療機構改革，擬定醫療機構的發展規劃、管理辦法和服務標準；擬定醫護等專業技術人員執業標準、醫療質量標準、服務規範並監督實施；監督醫療機構的醫療質量和服務質量；依法管理臨床用血；協助地方人民政府和有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。
（九）中蒙醫科
研究擬定全市中蒙醫、中蒙西醫結合事業發展規劃、服務標準以及中蒙醫務人員執業標準、服務規範；研究制定中蒙醫科研發展規劃並組織實施；監督中蒙醫、中蒙西醫結合醫療科研機構的服務質量；指導全市中蒙醫人才培養、繼續教育、機構改革與管理等工作。
（十）疾病控制科
研究擬定呼和浩特地區傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治措施，在政府保證防治經費的情況下,根據全國或全區的目標要求及我市的具體情況,組織對重大傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病開展綜合防治；根據突發公共衛生事件預警級別,在市指揮部的統一領導下,組織調度全市衛生防疫技術力量，對重大突發公共衛生事件、疫情實施預防控制措施 ，防止和控制疫情的擴散和蔓延；承辦呼和浩特市愛國衛生運動委員會日常工作。
（十一）婦幼保健與社區衛生科
落實婦幼保健、社區衛生工作的方陣、政策、法律法規；規劃全市婦幼保健、社區衛生工作的改革和發展，並監督實施；指導婦幼保健、衛生服務和業務工作；組織指導城市基層衛生服務體系的改革，健全全市社區衛生服務網路，完善社區衛生服務運行機制，加強社區衛生服務隊伍建設；依法對婦幼保健、社區衛生工作進行管理、指導和監督；協調開展健康教育與健康促進工作。
（十二）幹部保健科
制定全市幹部保健工作長期發展規劃和服務內容；指導各旗縣區的幹部保健工作的規劃和實施；組織實施全市重大醫療保健活動，開展醫療保健工作。
（十三）農村衛生管理科
落實農村衛生工作方針、政策、法律法規；規劃全市農村衛生改革和發展，並監督實施；指導農村衛生服務和業務工作；組織開展農村醫療保障制度試點，推進全市新型農村合作醫療制度的間裡；指導農村公共衛生基礎設施建設和人才培養；協調開展農村健康教育與健康促進工作。
直屬單位
呼和浩特市中蒙醫院
呼和浩特120醫療急救指揮中心
呼和浩特市醫療器械維修所
呼和浩特市衛生學校
呼和浩特市改水辦
呼和浩特市愛衛辦
呼和浩特市結核病防治研究所
呼和浩特市醫學科學新技術推廣中心
呼和浩特市健康教育所
呼和浩特市地方病防治中心
呼和浩特市衛生局衛生監督所
呼和浩特市疾病控制中心
呼和浩特市婦幼保健院
呼和浩特市口腔醫院
呼和浩特市第三醫院
呼和浩特市第一醫院
