基金會的運作和管理遵照香港法律進行，由基金會理事會負責。周光召為基金會理事會永久名譽主席。鍾健國為基金會理事會主席。
基金會設立的主要目的是獎勵科技人員為中國科技、經濟和社會可持續發展作出貢獻。為此設立由9名專家組成的基金會獎勵顧問委員會，負責獎項的設定、獎勵的政策制定、評審和授予工作。周光召兼基金會獎勵顧問委員會主席。
基金會每年召開“理事會會議”和“獎勵顧問委員會評審會議”各三次。每年頒獎一次。
周光召基金會科技獎勵基金獎勵辦法
（經2007年5月22日第一次基金會獎勵顧問委員會討論通過）
一 總則
第一條 周光召基金會由香港愛國人士鍾建國先生及其家屬捐資於香港設立。基金的運作和管理遵照香港法律進行，由基金會理事會負責。
第二條 基金會的主要目的是獎勵科技人員為發展中國科技、經濟和社會可持續發展作出的貢獻。為此設立基金會獎勵顧問委員會負責獎項的設定，獎勵的政策制定、評審和授予工作。
第三條 顧問由基金會理事會負責聘請9名專家組成，顧問年齡超過80歲轉為榮譽顧問，同時增補新的顧問組成員，總人數不變。
二 獎勵宗旨
第四條 獎勵奮鬥在艱苦環境和第一線，獻身科學，作出卓越貢獻的中青年科技工作者和致力於推進國家科學技術進步，在國民經濟建設和社會發展的有關領域中做出突出成績的科技工作者和優秀科技團體。
第五條 獎勵成果須經受實踐考驗，或在學術上獨樹一幟，開闢研究新方向，為國際科學界承認；或在發展中國經濟、社會和可持續發展中做出重大貢獻，為社會和公眾認可；或在企業技術創新中做出主要貢獻，致使我國技術和產品領先並在國際高端市場占有一席之地。基金會授予在這些方面做出傑出貢獻的科技工作者或優秀科技團體，並為其頒發獎勵證書和獎金。
第六條 倡導尊重知識、尊重人才，尊重勞動、尊重創造，崇尚科學的良好社會風尚。注重得獎科技工作者和團隊的科學精神和科學道德，提倡學科交叉、團隊精神和跨部門的協作。
第七條 實行寧缺毋濫，質量第一的方針。依據獎勵宗旨靈活掌握，不搞錦上添花，著重雪中送炭。已獲得其他大獎的科學家不重複獎勵。
三 獎勵範圍及程式
第八條 獎勵的範圍包括以下領域：基礎學科、能源、資源環境、信息、人口健康、農業、材料和其它重要但尚未得到社會重視領域。每年獎勵一次，每次挑選幾個領域, 獎勵其中成績優異的科學家和科研團隊。每個領域每次獎勵的總獎金金額最少100萬元人民幣，每個得獎人或團隊的獎金數視具體情況由顧問委員會決定。
第九條 顧問委員會負責科技獎項目和人選的推薦、評審和授予。顧問委員會將維護獎勵的科學性、嚴肅性和先導性。顧問委員會的集體決定為最終決定，顧問均以個人身份參加決策，不接受任何組織或個人的授意和干涉。
第十條 頒獎時間為每年的9月，在中國科協年會的開幕式上授獎。
四 附則
第十一條 本辦法的解釋權為周光召基金會科技獎勵基金顧問委員會。
第十二條 本辦法自發布之日起施行。
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