1949年8月福州解放後,吳中孚被選為農學院院務委員和團支部書記,參與接管農學院的工作。1950年他參加郊區鼓山橫嶼鄉的“土改”工作。“土改”結束後,被評為一等功臣,受中共福州市委的表彰。1951年他大學畢業後被派到龍巖農校教書。先後兼任植保科主任、教務處副主任等職務。1953年參加中國共產黨。1958年被選派到蘇聯莫斯科大學深造,1962年獲莫斯科大學昆蟲學副博士學位。同年回國,在福建農學院擔任助教,後任講師。1963年,他根據自己的研究,向省農業廳領導提出“防治水稻三化螟應由治螟蛾改為治蟻螟”建議,被採納,為防治病蟲害初作貢獻。1964年,他發表《關於使用六六六治螟工作中幾個問題的商榷》等多篇文章,不但在學術上有積極的反響,而且為福建省的病蟲害防治節省了上千萬元的經費,又使農田增產幾千萬斤的稻穀。“文化大革命”期間,他被下放到建寧縣,為建寧縣總結“連作稻穀品種搭配六對口”的經驗,被全省各縣所仿效。70年代初期,他到三明,通過實踐陸續發表《三明地區褐稻飛虱發生規律與數量變動原因的分析》等論文。1979年越級升正教授。1981年獲農業部農業科學技術改進一等獎。同年5月任福建農學院副院長,1983年12月升任正院長,仍繼續參加“福建山區水稻中低產田配套增產技術研究”,其中“病蟲綜合防治研究”的成果獲1986年農牧漁業部科技進步二等獎。
吳中孚在任院長職期間,積極領導福州金山新校園的建設工作,使農學院從三明搬遷回福州,並使校舍面積和學生數都迅速增加一倍多。同時建立了3個重點學科,獲得5個博士和12個碩士學位的授予權。
1990年5月,吳中孚因年高多病,辭去院長職務。但仍在病重期間,主持昆蟲學科委員會工作,親自擬訂學科發展規劃,培養學生梯隊。1992年夏天,他抱病帶領年青教師參加國際昆蟲學術研討會。是年國務院授予榮譽證書,享受政府特殊津貼。他在病危之際,還熬夜為研究生批改論文。2月1日,病情惡化,不幸逝世,享年67歲。其生平列入《中國當代自然科學人物總傳(第一卷)》、《中國專家人名辭典》,並被美國劍橋國際傳記中心和美國傳記研究所列入《世界名人錄》。
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