農民軍迅速建立新的國家機構，國號大順，任命了內閣、六部及文武百官。派出大順政權的文武官員到各地去建立地方政府，布置防務，征剿還在頑抗的明朝軍隊。
但是，大順軍陶醉於已取得的勝利，疏於新秩序的建設。李自成雖然感到，距北京不遠的山海關，還駐守著明朝的一支大軍，關外還有強大的清軍，是個威脅，但是沒有認識到局勢的嚴重性、緊迫性。他忙於登基做皇帝，大將們忙於追繳明朝大臣、外戚家中的財富。他們不分輕重，不加區別，對追繳對象，包括對象的家屬，採用嚴刑逼供、殘酷拷打的辦法，這很不利於安定已歸順的原明朝官員的心。甚至有的大順軍將領強占人家的家眷，占據豪華的住宅，過起了驕奢淫逸的生活。士兵們也私藏著在混亂中搶到手的金銀財寶，沒有了以前那股旺盛的鬥志。軍心渙散，紀律鬆弛。李岩等少數將領看到這種情況的危險，勸告李自成，但沒有引起他的重視。
尤其不該的是，大順軍的一些將領，不顧大局，將明朝大臣吳襄抓起來拷打，抄了他的家，大將劉宗敏強占了吳家的歌姬陳圓圓。吳襄是明朝鎮守山海關統帥吳三桂的父親，陳圓圓是吳三桂寵愛的。當有人提醒李自成，吳三桂留在山海關是心腹大患，要趕快解決時，他這才派一個明朝降將去招撫吳三桂，並叫吳襄寫信勸兒子歸順。
吳三桂出於保護家屬的考慮，準備先歸順大順政權再說。但當他快到北京時，遇到一些從北京逃出來的明朝官員，一問，知道了他的父親與愛妾的遭遇，不禁怒火中燒，回頭就退到山海關。又想到李自成不會就此罷休，如單獨作戰，就會受到大順軍與清軍的夾攻，死無葬身之地，不如投降清軍，對付農民軍，還有一條活路。
於是，吳三桂不顧民族大義，寫信與關外的清軍聯繫。清軍統帥親王多爾袞哪裡會錯過這樣好的機會，立即答應了吳三桂的請求，帶著十多萬大軍急匆匆趕到山海關外。
李自成聽說吳三桂與清兵勾結上了，這才著急，親自率領六萬大軍，號稱二十萬，去攻剿吳三桂。
吳三桂出關叩見多爾袞，又將多爾袞接進關內，殺白馬會盟，祭拜天地。商量好對大順軍的辦法。
大順軍與吳三桂的叛軍相遇了。六萬人馬，一字排開，長達數里，軍容的確威武。吳三桂軍隊穿著白衣白甲，打出為崇禎皇帝報仇的旗幟，從山海關里衝殺出來，與大順軍混戰在一起。殺聲震動山谷。
雙方正殺得難分難解時，起了一陣大風，飛沙走石，對面看不清人影。埋伏在後邊的大量清軍，突然衝殺出來，大順軍被沖亂陣勢，李自成只得下令退兵。可是大順軍已經沒有了秩序，清兵和吳三桂的軍隊加緊衝殺，大順軍大敗而逃。
李自成撤回北京，元氣大傷，士兵和將領的鬥志都沒有了。他決定退出北京，回到陝西老家再說。臨行前，他在金鑾殿上完成了大順皇帝的登基典禮。沿途已歸降大順政權的城池，又紛紛反叛，投降了清軍和吳三桂。
多爾袞在吳三桂的幫助下，進了北京，從農民軍手裡搶奪了勝利果實，並於當年就將都城遷到北京，開始了清王朝在全中國的統治。
第二年，清軍追擊農民軍到西安，大順軍抵擋不住，被打散。李自成繼續撤退到湖北，犧牲在通山縣九宮山下。他的餘部，有的參加了南明政權反清的戰爭。李自成的起義，終於失敗。
張獻忠在公元1644年11月進入四川，第二年攻占成都，建立大西國，堅持了兩年的鬥爭。公元17年，大西國在清軍進攻下失敗，張獻忠中箭而死，大西國也滅亡了。
