吐魯番地區科協是中國科協的地方組織，業務受自治區科協的指導，其組織網路包括自然科學和工程技術等領域的23個學會、協會、研究會，會員3500餘名；縣市科協3個（吐魯番市科協，鄯善縣科協，託克遜縣科協），鄉鎮科協（科普協會）26個；農村專業技術協會57個，會員1.5萬餘名；全地區擁有各類會員1.8萬餘名。全地區兩縣一市科協，全部參照公務員管理。其中：鄯善縣科協獨立建制，事業編制5名，實有8人，有自己的固定辦公場所；吐魯番市科協（有獨立的賬號）與科技局合署辦公，有行政編制5名，實有3人；託克遜縣科協與科技局合署辦公，有事業編制3名，實有3人。
吐魯番地區科協機關內設機構為辦公室、業務科，一個二級事業單位，即地區少數民族科普工作隊。截至2007年底，吐魯番地區科協編制8人，現在編8人，其中，縣處級領導4名，科級幹部3名，工勤人員1名，100%為大專以上文化程度。
2006年，地區科協先後榮獲了中國科協“全國科普日活動”先進集體、自治區青少年科技創新大賽優秀組織獎、自治區反邪教文藝匯演三等獎等榮譽稱號，為科協事業的可持續發展奠定了基礎。2005年5月23日，地區科協主席馬友博代表新疆科技界（共13位代表）光榮出席了中國科協第七次代表大會，作為會議代表在人民大會堂受到了胡錦濤總書記等黨和國家領導人的親切接見。2005年10月，地區科協獲自治區級精神文明單位。
地區科協獲得法律法規授權履行公共事務管理職能的依據分別是中華人民共和國科學技術普及法和新疆維吾爾自治區科學技術協會普及條例、新疆維吾爾自治區科學技術協會條例、吐魯番地區科學技術協會章程。
作為吐魯番科技界的代表，地區科協及所屬團體工作的指導思想是，堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發展觀，認真履行地委和行署聯繫科技工作者的橋樑和紐帶職責，堅持為經濟建設服務、為提高全民科學素質服務、為科技工作者服務，團結和動員各族科技工作者努力為“科技興吐”、人才強吐戰略、為全面建設小康社會、建設創新性地區、建立和諧吐魯番作貢獻。
吐魯番地區科協及所屬團體的主要任務是：開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展;弘揚科學精神，普及科學知識，傳播科學思想和科學方法,捍衛科學尊嚴，推廣先進技術，開展青少年科學技術教育活動，提高全民族科學文化素質;反映科學技術工作者的意見和要求，維護科學技術工作者的合法權益,組織科學技術工作者參與地區科學技術政策、法規制定和事務的政治協商、科學決策、民主監督工作;表彰獎勵優秀科學技術工作者，舉薦人才;開展科學論證、諮詢服務，提出政策建議，促進科學技術成果的轉化，接受委託承擔項目評估、成果鑑定、專業技術職務資格評審等任務;開展民間國際科學技術交流活動，發展同地區內外的科學技術團體和科學技術工作者的友好交往;開展繼續教育和培訓工作等。
