同形異位基因(homeotic gene)及其他控制個體發育的基因中，所特有的一段較短的DNA片段，長約180bp。
這種同形異位盒最早是在果蠅DNA中發現的，例如在不該生腳的地方長出與正常相同的腳它對生物的個體發育和物種的進化有重要的意義。
1980年幾個實驗室幾乎同時報告了果蠅、南非爪蟾等的同源異形基因中的同形異位盒的核苷酸序列。現在已知具有同形異位盒序列的生物有酵母、海膽、果蠅、南非爪蟾、小白鼠和人等。
其主要特徵在於核苷酸同源性很高，如爪蟾發育基因的同形異位盒與果蠅觸角基因的同形異位盒所編碼的胺基酸僅一個胺基酸差異；人的兩個同形異位盒和果蠅的三個同形異位盒的結構相似程度高達90％。
