歷史沿革
保護區始建於1991年，是敦化市政府批准成立的第一個縣級自然保護區。
2002年晉升為省級自然保護區。
2007年4月晉升為國家級自然保護區。
2016年11月，國務院同意調整吉林雁鳴湖國家級自然保護區的範圍，調整後保護區的面積、範圍和功能分區等由環境保護部予以公布。
地理環境
位置境域
吉林雁鳴湖國家級自然保護區位於吉林延邊朝鮮族自治州敦化市境內，地處長白山脈張廣才嶺南麓，東與黑龍江省寧安縣相鄰，北與黃泥河林業局接壤，西南與敦化市官地鎮、額穆鎮、黑石鄉相連，東南與敦化林業局相接，地理坐標為東經128度11分40秒至128度45分30秒，北緯43度39分20秒至43度51分28秒。保護區總面積為53940公頃，其中，核心區面積19649公頃，占保護區總面積的36.4%；緩衝區面積24846公頃，占保護區總面積的46.1%；試驗區面積9445公頃，占保護區總面積的17.5%。
地形地貌
該區屬低山丘陵區，總體地勢北高南低，張廣才嶺余脈馬鹿嶺、小嶺等由北向南延伸到牡丹江沿岸，其間分布有溪流、谷地及草甸，構成本區複雜多樣的地貌類型。
氣候
保護區氣候屬中溫帶大陸性濕潤季風氣候，氣候特點是春秋短暫、涼爽少雨，夏季溫暖、雨量充沛，冬季漫長寒冷，年平均氣溫4.3攝氏度，無霜期平均為120天左右。
水文
該保護區是吉林省河流密度較大的地區之一，松花江一級支流牡丹江自保護區西端入境，由西向東橫貫保護區南部，流經保護區的長度為53公里，流域面積2383.5 公頃,年徑流量26.8億立方米。
自然資源
濕地資源
根據《濕地公約》分類系統，及《全國濕地資源調查與監測技術規程》的分類標準，雁鳴湖保護區的濕地可劃分為8種濕地類型，分屬於天然與人工兩大濕地系統。天然濕地有3大類6種類型：即永久性河流濕地、洪泛地、永久性淡水湖泊濕地、森林沼澤、灌叢沼澤與草本沼澤；人工濕地有2種類型：即水田和水庫。與吉林省濕地類型比較，濕地類型占吉林省的57.5%，是吉林省濕地資源較為豐富的區域之一。
該區濕地面積為18905公頃，占該區總面積的35.0%。其中天然濕地面積為17357公頃，占該區濕地面積的91.8%；人工濕地面積為1548 公頃，占該區濕地面積的8.2%。
在天然濕地中，面積最大的是森林沼澤，面積為8100 公頃；占天然濕地面積的46.7%；其次是河流濕地，面積為2800 公頃，占天然濕地面積的16.1%；居於第三位的是草本沼澤，面積2450 公頃，占該區天然濕地面積的14.1%；洪泛地面積為1600 公頃，占天然濕地面積的9.2%；灌叢沼澤面積為1545 公頃，占天然濕地面積的8.9%；面積最小的為湖泊濕地，面積為862 公頃，占該區天然濕地的5.0%。
該區人工濕地以水庫為主，面積895 公頃，占該區人工濕地的57.8%，其次為水稻田，面積653 公頃，占該區人工濕地面積的42.2% 。
森林沼澤
森林沼澤以白樺--沼柳--臌囊台草沼澤為主，灌叢沼澤以柴樺--烏拉苔草沼澤和沼柳--尖嘴苔草沼澤為主。草本沼澤以浮氈沼澤，臌囊苔草沼澤，蘆葦沼澤和雜類草沼澤為主，浮氈沼澤是該區草本沼澤的主要類型，分布較廣，面積較大的有漂筏苔草沼澤，塔頭苔草沼澤兩種。漂筏苔草沼澤是吉林省最具典型性的沼澤類型，豐富了明水域的異質性，為水鳥栖息提供了優良的空間條件。由於浮氈的遮蓋，降低了"漂筏"下河流水體的溫度，為冷水性魚類的產卵、索餌創造了適宜的水域環境。
保護目標
保護對象
根據《自然保護區類型與級別劃分原則》的劃分標準，該保護區屬於"生態系統類"類別，"內陸濕地和水域生態系統"類型的自然保護區,主要保護對象為牡丹江上游濕地及黑鸛、東方白鸛、丹頂鶴等珍稀瀕危水禽及東北虎遷移的重要廊道。
動物
野生脊椎動物34目90科212屬368種。其中魚類5目12科34屬44種、兩棲類2目6科6屬12種、爬行類3目4科8屬13種、鳥類17目51科129屬251種、獸類6目16科34屬45種。國家I級重點保護的野生動物7種，獸類2種、鳥類5種，即黑鸛、東方白鸛、丹頂鶴、中華秋沙鴨、金雕、東北虎、原麝；國家II級重點保護的野生動物42種，獸類7種、鳥類35種，如鴛鴦、花尾榛雞、黃嘴白鷺、黑熊、棕熊、猞猁等
植物
高等植物63目143 科、512屬、1460種，其中苔蘚植物11目24科35屬50種，蕨類植物8目20科35屬81種，種子植物44目99科442屬1329科（其中裸子植物1目2科6屬11種，被子植物43目97科436屬1318科）。另外還有地衣植物1目17科27屬57種。國家Ⅰ級保護植物有東北紅豆杉1種，國家Ⅱ級重點保護野生植物有8種：紅松、水曲柳、黃檗、野大豆、蓮、胡桃楸、紫椴和刺五加。
旅遊資源
雁鳴湖國家級自然保護區保護區有以雁鳴湖、塔拉湖為主的大小水域80餘處，盛產各種野生淡水魚和蓮藕，山、水、林組合極佳，“小橋、流水、人家”的鄉村氣息極濃，是休閒、避暑、度假的旅遊佳地。景區內的沿牡丹江上游水域形成的濕地生態系統，既是陸地上的天然蓄水庫，又是眾多野生動植物資源，特別是國家一級保護物種黑鸛等珍稀水禽繁殖地、遷徙地、越冬地。景區內的雁鳴湖鎮歷史悠久，鎮內歷史遺蹟頗多，最著名的腰甸“二十四塊石”，在研究東北民族歷史文化、研究渤海時期的交通和建築等方面，具有極高的現實意義和歷史價值。
雁鳴湖生態旅遊度假區已建設有丹江山莊、映山湖度假村、塔拉湖度假村等，建成了小山魚文化生態村和大山生態農業村，形成了鎮郊生態旅遊、雁鳴湖魚村風光旅遊、丹江休閒度假旅遊三大生態旅遊功能區，開發出生態美食產品4個系列的生態旅遊產品和一個雁鳴湖活魚節節慶會展活動，推出了釣魚、捕魚等旅遊項目。
管理現狀
保護區成立了保護區管理局，下設6個職能部門和大山、大溝、四海店三個保護管理站。敦化市制定了《吉林雁鳴湖自然保護區管理辦法》、《在保護重點濕地內禁牧的規定》及《保護區內居民十不準》等規範性管理法規和檔案。幾年來，成功拆除了保護區內一處個體加油站，打擊各類破壞林地、侵占濕地、亂捕亂殺野生動物案件20多起，釋放被抓野生動物30多隻。截至2009年，保護區內共完成退耕還林1500公頃、還草300公頃、還濕70公頃，林下冠造林2500公頃，使保護區內森林覆蓋率由2000年的49、5%提高到2004年的51、8%。
為了加大對濕地生態系統及珍稀鳥類的監測力度，保護局設立專門人員在黑鸛、東方白鸛等珍稀水鳥的重要棲息地常年管護。架設人工生態圍欄80多公里，修築巡護公路34公里，實施退耕還林、還濕3000多公頃。設定保護區界樁170根。並投資100多萬元，購置了3台巡護車輛，在車內配備了微機、攝像機、照相機、高倍望遠鏡等設備。2009年6月份，保護區工作人員在小山水庫外的西大泡附近首次發現並記錄下了國家一級重點保護野生鳥類——東方白鸛。此外，敦化市還在大山、大溝、四海店三處建立保護管理站，聘任了21名巡護員。投資200萬元、建築面積2000多平方米的保護區綜合樓也即將建成並投入使用。
2006年，野生動植物標本陳列館建成，面積200多平方米，是敦化市第一個面向中小學生開放的集科研、科普於一體的野生動植物標本陳列館，也是敦化市首家動植物標本室。有獸類標本8種、鳥類12種、兩棲爬行類14種、魚類8種、昆蟲類300多種、科普教育類100多種。
