歷史沿革
清華大學淵源自清末的“清華學堂”，可分為北京清華（1911-1937；1946-1948）、西南聯大（1937-1946）、新竹清華（1956-）等三個時期。北京清華時期（1911-1937；1946-1948）
光緒三十四年（1908年），在清末駐美公使梁誠的努力之下，美國同意退回庚子賠款的溢收款項。
宣統元年（1909年），清廷遂利用此預算，考選留美學生，成立了“遊美學務處”及附設“肄業館”。
宣統三年（1911年），遊美學務處決定擴大肄業館的規模職掌，因館址位於清華園，而將之更名為“清華學堂”並開始招生，於1911年4月29日（宣統三年四月初一日）正式開學，是為清華校慶日之由來。
民國元年（1912年）5月1日，清華學堂重新開課，10月更名為“清華學校”，仍為留美預備學校性質。
民國3年（1914年），梁啓超先生來校演講，以“君子”為題。其引述易經中之“天行健，君子以自強不息”及“地勢坤，君子以厚德載物”勉勵同學，學校遂將“自強不息、厚德載物”採為校訓。
民國14年（1925年）5月，清華學校大學部成立。成立國學研究所。
民國17年（1928年）8月，“清華學校”正式改名為“國立清華大學”。由羅家倫擔任首任清華大學校長，而後繼任者為吳南軒，但時間皆不長。此時清華學生會提出清華校長的理想人格標準：一、無黨派色彩；二、學識淵博；三、人格高尚；四、確能發展清華；五、聲望素著。
民國18年（1929年），正式成立研究院，分文、理、法三部；大學部第一屆學生亦於是年畢業。
民國20年（1931年）10月14日，國民政府反覆斟酌物色，終於正式任命梅貽琦為清華大學校長，梅校長獲得清華師生的充分支持，也開啟了清華大學的黃金時代。
民國21年（1932年），增辦工學院。
西南聯大時期（1937-1946）
民國26年（1937年），因抗戰爆發，清華大學與北京大學、南開大學在長沙合組“國立長沙臨時大學”，任命蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓三校長為臨大校務委員會常務委員，共理校務。
民國27年（1938年），遷往昆明，改名“國立西南聯合大學”，簡稱“西南聯大”。
民國35年（1946年），西南聯大結束，三校分別復員，特在昆明立碑以紀念三校在抗戰八年中的艱苦合作；同年秋，清華大學復員北平，並增設農學院。
民國36年（1947年），國共內戰爆發，梅校長一直續任至1948年12月，迫於時局搭機南遷，輾轉赴美執掌清華基金相關事宜。
新竹清華時期（1956-）
1955年，梅校長奉召抵台，籌備設定清華大學研究院事宜，擇訂於新竹建校。由於台灣同美國簽訂了“中美合作研究原子能和平用途協定”，考慮到建立原子爐所需的沉重經費，遂讓有清華基金為後盾的清華大學在台建校，成為台灣原子科學研究的先驅。同年12月，行政院組成“清華大學研究院籌備委員會”。
1956年1月1日，清華大學正式於台北成立籌備處，聘陳可忠為主任，正式展開籌備工作，邁出清華大學在台建校的第一步。清華原先計畫在台北南港和新竹兩地間擇一建校。但南港腹地較小，且當時新竹縣長朱盛泣積極爭取，因此清華決定在新竹赤土崎建校。起初由中國石油公司提撥約40公頃（42甲）原屬日本海軍燃料廠的土地，但在原子爐開工後，校地已感不足，便由新竹縣長朱盛泣同意再撥約33公頃（34甲）土地，加上清華自身向周邊民家收購者，此時校地共約78公頃。同年7月，原子科學研究所成立，招考第一屆研究生。
1956年，學校開始招生，因校舍尚未完工，故暫於台灣大學上課，至此清華大學校務在台正式運行。
1957年，清華大學的辦公大樓、教職員宿舍、學生宿舍相繼完工，學生從台北返回新竹上課。
學校自1955年開始原子爐的興建工作，至1961年落成。原子爐的土木工程由校友華泰建築師張昌華設計，裝置工程由清華自行設計施工。機件裝置時，由中國石油公司、台灣電力公司、台灣鋁業公司分別派員操作，並得經濟部聯合工業研究所之協助。
1962年5月19日，梅校長病逝於台大醫院後，清華校務暫由陳可忠教務長代理。夏，學校鑒於數學之重要與日俱增，國內大專學校數學師資至為缺乏，為培植數學研究人材，充實大專數學師資，並加強原子科學研究之數學課程，增設數學研究所。1963年春，數學研究所招考第一屆研究生。
1965年，學校設定數學、核工、物理、化學系所，清華的教學組織有了長足發展。
1967年，設立物理研究所博士班。
1968年，原子科學研究所化學組，亦以成立物理研究所同樣情形成立化學研究所，招收第一屆研究生。同年清華圖書館（紅樓）啟用，隨後體育館、大禮堂與新校門等相繼落成。
1969年，原子科學研究所核工組改設為原子核工程研究所。
1972年，增設套用化學研究所、套用物理研究所、套用數學研究所、材料科學工程學系、工業化學研究所、工業化學系、動力機械工程學系。
1974年，增設分子生物研究所、工業工程學系及化學研究所博士班，均開始招生，並將原有所系分設三學院，即理學院、工學院及原子科學院。新竹清華已從早期僅有原子科學所的規模，擴展成為理工大學。同年6月徐校長任國家科學委員會主任委員，兼任校長至1975年由張明哲校長繼任。
1976年，增設電機電力工程系，電子計算機中心成立。
1977年，增設電機電力工程研究所（於六十八學年度起更名電機工程研究所，電機工程學系），計算機管理決策研究所及輻射生物研究所。
1978年，增設高分子研究所。
1979年，工業化學研究所增設博士班，均於當年招生。
1980年，增設工業工程研究所，大學部增設中國語文學系；工業化學研究所、工業化學系更名為化學工程研究所、化學工程學系。新竹清華從此由理工大學邁向綜合大學之路。
1981年，增設動力機械工程、材料科學工程、原子核工程研究所博士班。核子工程學系自七十年度開始招生。8月，張校長調國家科學委員會主任委員，本校校長由毛高文先生繼任；10月，研究發展委員會成立。
1981年，學校首創長期發展委員會並制訂五年發展計畫，展開有系統的校園規劃。隔年為鼓勵教學與學術研究，設立傑出教學獎與傑出研究獎。
1982年，數學所增設博士班，大學部增設外國語文學系。
1983年3月，開始規划行政業務電腦化作業系統；8月，物理研究所、套用物理研究所合併為物理研究所；化學研究所、套用化學研究合併為化學研究所；計算機管理決策研究所、電機工程研究所增設博士班；為配合推動國防科技發展之基本需要，與中山科學院合作成立自強科學研究中心；9月，開始設定輔系；年底，為推動跨院所系的教學與研究，成立校內各研究中心，次年又相繼成立原子科學技術發展中心及科儀中心。
1984年，增設人文社會學院、經濟學系、分子生物研究所博士班；化學工程研究所與高分子研究所合併為化學工程研究所；與工業技術研究院合作成立材料科學中心。
1985年5月，視聽中心成立；8月，增設歷史研究所碩士班及工業工程研究所博士班，分子生物研究所更名為生命科學研究所，原子核工程研究所更名為核子工程研究所。
1986年8月，套用數學研究所增設博士班，原子科學研究所取消保健物理與放射化學分組以及增設語言學研究所碩士班，動機、電機兩系成立雙班；9月，開始實施雙學位制。
1987年8月，劉兆玄繼任學校校長，同時增設社會人類學研究所碩士班及原子科學研究所博士班。
1988年，成立藝術中心；8月，增設統計學研究所、經濟學研究所碩士班，同時計算機管理決策研究所更名為資訊科學研究所。
1989年，將共同科目改為通識教育中心，樹立台灣通識教育之典範，是為台灣高等教育發展的創舉；8月，增設文學研究所碩士班、統計學研究所博士班及輻射生物研究所博士班。
1991年，新竹市政府徵收十八尖山南面約15.6公頃土地為學校用地，並在次年以16億餘元購置為新校地，亦即仙宮校地。
1992年7月，學校增設生命科學院。
1994年，“教育部”修正通過的《大學法》中，正式規定國立大學校長由遴選產生，同年沉君山校長當選清華第一任遴選校長。
1995年，學校成立跨領域共通課程的學院級組織─共同教育委員會，將通識中心、體育室、軍訓室、藝術中心等納入其中（2015年更名為清華學院）。
1998年成立電機資訊學院。2000年成立科技管理學院，至此清華八大學院之主要規模遂告完成。
2000年台灣積體電路製造股份有限公司挹注新台幣1億5千萬元，予清華大學興建“台積館”；2001年旺宏電子股份有限公司捐贈新台幣3億元，予清華大學興建“學習資源中心-旺宏館”，繼而2008年台達電子工業股份有限公司捐贈新台幣2億2千萬元，予清華興建教學大樓“台達館”。
2006年，清華獲“教育部”“邁向頂尖大學計畫”新台幣10億元補助，其後並成為補助款增長幅度最大的學校。先後執掌校印的陳文村及陳力俊校長，遂以此筆經費之挹注，啟動清華邁向卓越的新紀元。2006年為縮小城鄉差距，率先招收偏遠地區學生的“繁星計畫”。
2008年，首創清華住宿學院，培育學生創新思維、互助合作的能力。
2010年，完成學生成績改為等級制，同年11月，完成貫穿南北校園管線系統的共同管道。李偉德校友個人捐贈新台幣1億5千萬元，協助興建“綠色低碳能源教學研究大樓”。
2011年4月24日，學校慶祝創校100周年暨在台建校55周年大會隆重舉行。台灣當局領導人馬英九出席大會並致辭。台灣行政機構負責人吳敦義、立法機構負責人王金平等各界人士參加了校慶大會。
2013年，獲頒“行政院”國家品質獎，為台灣島內大學首次獲獎者。
2014年，作家王默人先生捐贈350萬美元，以孳息設立“王默人周安儀文學講座”，為清華獲贈來自人文領域的最大筆捐款。11月，集結企業及校友贊助所成清華永續基金（2013年10月成立）啟動投資計畫，為學校首次運用捐款投資股市，以所得孳息挹注校務所需。
2016年10月15日，台灣清華大學與新竹教育大學的合併案獲台當局“行政院”及““教育部””審核同意 ；11月1日台灣清華大學與新竹教育大學正式合併，原竹大附小也更名為清華大學附小。
學術研究
科研平台
據2017年7月學校官網顯示，學校科研機構主要有：科研平台| 原子科學技術發展中心 | 奈微與材料科技中心 |
| 生物醫學科技研發中心（實驗動物房） | 電腦與通訊科技研發中心 |
| 國家理論科學研究中心（物理組） | 積體電路設計技術研發中心 |
| 科技與社會研究中心 | 光電研究中心 |
| 清大/工研院聯合研發中心 | 當代中國研究中心 |
| 能源與環境研究中心 | 腦科學研究中心 |
| 貴重儀器使用中心 | 人文社會研究中心 |
| 科學儀器中心 | 基礎科學研究中心 |
| 亞洲政策中心 | 物理研究推動中心 |
學術資源
館藏資源圖書館統計
| 圖書館總數 | 館數 | 總館 | 所 | 1 | 4 |
| 分館 | 所 | 3 |
館藏統計
| 實體館藏 | 圖書 | 中日文圖書 | 冊 | 588,518 | 1935391 |
| 西文圖書 | 369,137 | ||||
| 視聽資料 | 視聽資料 | 件 | 87,234 | ||
| 微縮資料 | 微縮資料 | 件 | 566,607 | ||
| 地圖 | 地圖 | 幅 | 932 | ||
| 期刊合訂本 | 中日文期刊合訂本 | 冊 | 89,187 | ||
| 西文期刊合訂本 | 233,776 | ||||
| 館藏期刊 | 中日文期刊 | 種 | 5,829 | 11685 | |
| 西文期刊 | 5,856 | ||||
| 現期期刊 | 中日文現期期刊 | 種 | 1,422 | 2285 | |
| 西文現期期刊 | 829 | ||||
| 現刊報紙 | 中西文報紙 | 種 | 34 | ||
| 電子館藏 | 電子書 | 電子書 | 種 | 2,264,154 | 2386743 |
| 全文電子期刊 | 全文電子期刊 | 種 | 122,164 | ||
| 電子資料庫 | 電子資料庫 | 種 | 425 | ||
| 館藏總量 | 冊件種 | 4336104 | |||
《清華學報》
《清華學報》最早發行於1924年，內容包括自然科學及人文學科領域，後轉型為純漢學期刊，以刊登文史哲論文為主。作者早期有胡適、楊聯陞、蕭公權、吳大猷、趙元任、傅漢思、蔣碩傑、唐君毅、錢穆、梅祖麟…等，晚近亦有王士元、鄭錦全、李方桂、李壬癸、李亦園、蕭啟慶、黃一農、龔煌城、王德威、孫康宜等海內外重量級學者。學報發行曾因戰亂因素中斷，1955年清大在台灣復校後，鏇即在1956年6月由清華學報社重新發行新1卷1期，成為由校友所支持發行之刊物。當時社址設在台北市中華路，美國集稿處在康州的NewHaven。其時每期售價為新台幣80元，美金2元。自1987年起轉由清華大學人文社會學院負責編輯及發行，2002年起再轉至清華大學出版社。清華學報為一國際性期刊，內容刊載有關中國人文學及社會科學之純學術性論文，且有嚴謹的評審制度，因此屢獲教育部、國科會之獎勵、補助。
科研指標
科研成果截至2016年1月，台灣清華大學期刊論文數量統計：
| 項目年度 | SCI期刊論文 | SSCI期刊論文 | EI期刊論文(Journal Article) | A&HCI期刊論文 | 總計 |
| 2015 | 1661 | 100 | 1622 | 19 | 3402 |
| 2014 | 1796 | 92 | 1209 | 15 | 3112 |
| 2013 | 1717 | 86 | 1176 | 14 | 2993 |
| 2012 | 1694 | 85 | 1113 | 12 | 2904 |
| 2011 | 1696 | 67 | 1156 | 13 | 2932 |
| 2010 | 1522 | 76 | 1003 | 15 | 2616 |
| 2009 | 1508 | 66 | 1109 | 9 | 2692 |
| 2008 | 1442 | 72 | 1009 | 23 | 2546 |
| 2007 | 1416 | 47 | 1017 | 13 | 2493 |
| 2006 | 1384 | 34 | 992 | 0 | 2410 |
| 2005 | 1114 | 24 | 706 | 6 | 1850 |
| 2017年1月 | 清華大學張禎元教授、博士班卜書偉研究團隊跨領域合作，為中風患者開發穿戴式機器人手掌/指復健輔具 |
| 2016年9月 | 系統神經科學研究所焦傳金教授與楊璨伊同學研究發現，烏賊有數感，能夠分辨2比1大，5比4大，且數量愈多時，它計算所需的時間就愈久，證實烏賊真的會算術。發表在英國皇家學會會報（Proceedings of the Royal Society B） |
| 2016年8月 | 化學系黃暄益教授榮獲全球前300名材料科學優秀研究學者 |
| 2016年6月 | 賴品光老師“胞外泌體研究”登Science期刊 |
| 2016年5月 | 2016年5月19日出版的自然（Nature）期刊作了專題報導“多元金屬合成的更強更韌更延合金”，認可葉均蔚教授為創造出高熵合金的第一人 |
| 2016年6月 | 呂世源與博士李冠廷領導研發團隊成功開發“利用光觸媒快速淨化有機污水，並同時產生酒精”的全新系統，奪下“中油新能源創意競賽”冠軍，發明已成功申請專利 |
| 2016年6月 | 由中研院農業生物科技研究中心邱子珍研究員主導與生物資訊與結構生物研究所的劉姿吟助理教授、生醫工程與環境科學系王福年副教授和政治大學套用物理所蔡尚岳副教授所組成的跨領域團隊，首次利用林口長庚醫院分子轉譯影像中心的磁振造影儀（7T-MRI）所產生的核磁共振頻譜，“看見”植物模式生物—阿拉伯芥幼苗中細胞質和液泡中的無機磷含量 |
| 2016年3月 | 陳福榮教授和美國勞倫茲國家實驗室電子顯微鏡中心Christian Kisielowski教授及比利時安特衛普大學Dirk Van Dyck教授在共同發表的Nature Communication 文章中，合作利用低劑量的電子顯微術，在不破壞納米材料的條件下，重構出奈米顆粒電子全息像 |
| 2016年1月 | 科研團隊研發神奇海綿 入選Google“射月計畫” |
| 2016年1月 | 洪在明和他的研究團隊發現，折斷一支竹筷子或是一把意大利麵所發出的聲音，竟然符合這三條定律，或許能作為往後地震研究的一項參考。該發現也在1月刊登於知名學術期刊《物理評論通訊 Physical Review Letters》 |
科研經費分配（單位：億元）
| 2006年 | ||
| 項目 | 資本門 | 經常門 |
| 1.遴聘教師 | 0.50 | 0.30 |
| 2.激勵性薪級制度 | 0.30 | |
| 3.職技人員（含博士後研究員） | 0.30 | |
| 4.拔尖計畫 | 1.55 | 0.66 |
| 2007年 | ||
| 1.補助新進教師、新團隊 | 0.19 | 0.01 |
| 2.激勵性薪級制度 | 0.60 | |
| 3.拔尖計畫與增能計畫 | 1.807 | 0.6930 |
| 4.外部合作研發 | ||
| 榮總台灣聯大合作計畫配合款 | 0.0036 | 0.0564 |
| 工研院合作計畫配合款 | 0.12 | 0.08 |
| 長庚醫院合作計畫配合款 | 0.016 | 0.084 |
| 5.職技人員（含博士後研究員） | 0.67958 | |
| 年份 | 企業資助研發經費 | 學校總研發經費 | 企業資助 研發經費比例 |
| 2008年度 | 179,063 | 2,119,806 | 8.4% |
| 2009年度 | 179,036 | 2,619,360 | 6.8% |
| 2010年度 | 112,503 | 2,092,883 | 5.4 |
辦學條件
院系專業
據2017年7月學校官網顯示，台灣清華大學共設有理、工、原子科學、人文社會、生命科學、電機資訊及科技管理9個學院。| 學院 | 下屬系（所） | |
| 理學院 | 數學系 | 天文研究所 |
| 物理學系 | 統計學研究所 | |
| 化學系 | ||
| 工學院 | 動力機械工程學系 | 化學工程學系 |
| 材料科學工程學系 | 工業工程與工程管理學系 | |
| 納米工程與微系統研究所 | 生物醫學工程研究所 | |
| 生命科學院 | 生命科學系 | 醫學科學系 |
| 生物科技研究所 | 分子醫學研究所 | |
| 分子與細胞生物研究所 | 生物資訊與結構生物研究所 | |
| 系統神經科學研究所 | ||
| 電機資訊學院 | 資訊工程學系 | 電機工程學系 |
| 通訊工程研究所 | 資訊系統與套用研究所 | |
| 電子工程研究所 | ||
| 人文社會學院 | 中國文學系 | 外國語文學系 |
| 歷史研究所 | 語言學研究所 | |
| 人類學研究所 | 社會學研究所 | |
| 哲學研究所 | 台灣文學研究所 | |
| 原子科學院 | 工程與系統科學系 | 生醫工程與環境科學系 |
| 核子工程與科學研究所 | ||
| 科技管理學院 | 計量財務金融學系 | 經濟學系 |
| 科技管理研究所 | 科技法律研究所 | |
| 服務科學研究所 | ||
| 竹師教育學院 | 特殊教育學系 | 體育學系 |
| 台灣語言研究與教學研究所 | 環境與文化資源學系 | |
| 學習科學與科技研究所 | 幼兒教育學系 | |
| 教育心理與諮商學系 | 數理教育研究所 | |
| 英語教學系 | 教育與學習科技學系 | |
| 藝術學院 | 藝術與設計學系 | 音樂學系 |
師資隊伍
截至2016年10月，學校教職人員情況：教職人員：
| 人員類別 | 男 | 女 | 小計（人） |
| 教師（含教官9人） | 482 | 148 | 630 |
| 研究人員 | 3 | 0 | 3 |
| 職技人員（含稀少性科技人員19人） | 65 | 127 | 192 |
| 駐警 | 19 | 1 | 20 |
| 研究人員 （含客座科技人才149人、專題計畫博士後研究83人、與計畫約聘研究員0人與約聘研究人員7人） | 188 | 51 | 239 |
| 校約用人員（行政支援人力） | 115 | 350 | 465 |
| 專題計畫約用人員 | 149 | 354 | 503 |
| 約聘教師（含特聘研究講座5人） | 16 | 12 | 28 |
| 技工工友 | 44 | 21 | 65 |
| 兼任教師 | 158 | 124 | 282 |
| 合計 | 1239 | 1188 | 2427 |
| 第4屆 | 梅貽琦 | 物理系教授；清華校長（1956-1962） |
| 第13屆 | 徐賢修 | 數學系教授；清華校長（1970-1975） |
| 第14屆 | 閻振興 | 清華教授；清華校長（1969-1970） |
| 第15屆 | 李亦園 | 人類所教授；人社院院長（1984-1990） |
| 第16屆 | 黃秉乾 | 生科系教授 |
| 第18屆 | 徐遐生 | 清華校長（2002-2006） |
| 第18屆 | 楊振忠 | 分生所所長（1973-1985）；分生所教授；生科系榮譽講座教授 |
| 第22屆 | 吳茂昆 | 物理系教授 |
| 第23屆 | 劉炯朗 | 資工系教授；清華校長（1998-2002） |
| 第23屆 | 蕭啟慶 | 歷史所教授 |
| 第24屆 | 朱國瑞 | 物理系教授 |
| 第26屆 | 黃一農 | 歷史所教授 |
| 第26屆 | 陳力俊 | 材料系教授；清華校長（2010-2014） |
| 第28屆 | 張石麟 | 物理系教授 |
| 第30屆 | 江安世 | 生科院教授 |
| 第30屆 | 臧振華 | 人類所合聘教授 |
優勢學科
據2016年QS世界大學學科排名，台灣清華大學共有13個學科擠進全球前200名。其中，電機學科排名全球第40，機械、化工、材料、資訊、化學、統計與作業研究、語言學排名介於51至100，現代語言、生物科學、數學、物理與天文排名介於101至150，商管排名介於151至200。根據2018年QS世界大學學科排名，法學（科法所）介於151至200間。QS世界大學學科排名（2016）
| 學科 | 排名 |
| 電子和電氣工程 | =40 |
| 計算機科學與信息系統 | 51-100 |
| 化學工程 | 51-100 |
| 生物工程 | 101-150 |
| 工業工程與工程管理學系碩士在職專班 | 台灣研究教師在職進修碩士學位班 |
| 亞際文化研究國際碩士學位學程（台灣聯合大學系統） | 經營管理碩士在職專班（MBA） |
| 高階經營管理碩士在職專班（EMBA） | 國際專業管理碩士班（IMBA） |
| 公共政策與管理碩士在職專班（MPM） | 財務金融碩士在職專班（MFB） |
| 跨院國際博士班學位學程 | 跨院國際碩士班學位學程 |
教學建設
培養模式台灣“教育部”推動頂尖大學計畫，清華每位學生平均獲得全台灣各大學學生中最高額補助。清華過去已有許多教育規畫，如多元、跨領域學程，通識課程設計，大一不分系雙專長計畫、繁星計畫、國際志工、國際交流學習等計畫。在長年思考改進大學部教育，並參考世界著名學府措施後，大學部教育改進工作小組針對教育目標以及校園生活、共同必修課、通識教育作全面性檢討，已提出整體性改進方案。
國際化培養
學校配合校園國際化之目標，積極推動國際學程，外籍學生招生、國際學生交換及就學輔導，截至2015年底，國際學生由125增至157人，增長25%，達全校人數15%，英語授課數增長15%。並成立國際事務中心，統合國際化相關事務。建置國際學生活動中心，提供國際學生活動及華語文上課之場所，加強對國際學生之服務。
合作交流
1995年12月，沉君山校長率團訪問北京清華大學，簽定“海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄”。2001年2月，更加強推動兩岸學術合作，除與北京清華簽訂多項合作契約外，也與北大、復旦、蘇州、蘭州大學合辦“莙政學者”交換學生計畫。在台灣也與交通大學、中央大學及陽明大學於2002年試辦共組“台灣聯合大學系統”，並於2008年1月奉“教育部”核定正式成立，結合四校之教學研究資源，發揮互補性。學校聲譽
世界大學學術排名（2016）：兩岸四地大學排名第3位（僅次於北京清華大學、北京大學）。世界大學學術排名（2015）：兩岸四地大學排名第2位（僅次於北京清華大學）。
世界大學學術排名（2014）：兩岸四地大學排名第2位（僅次於北京清華大學）。
世界大學學術排名（2013）：兩岸四地大學排名第3位（僅次於北京清華大學、國立台灣大學）。
世界大學學術排名（2012）：兩岸四地大學排名第3位（僅次於北京清華大學、國立台灣大學）。
世界大學學術排名（2011）：兩岸四地大學排名第4位（僅次於北京清華大學、國立台灣大學、香港大學）。
QS世界大學排名（2015/16）：世界第155位，亞洲第33位，兩岸四地第14位，台灣第2位。
QS世界大學排名（2014/15）：世界第167位，亞洲第33位，兩岸四地第14位，台灣第2位。
泰晤士報高等教育副刊（TimesHigherEducation）世界大學排名（2014-2015）：世界第251-275位，亞洲第34位，兩岸四地第11位，台灣第2位。
泰晤士報高等教育副刊世界大學排名（2013-2014）：世界第251-275位，亞洲第38位，台灣第3位。
泰晤士報高等教育副刊世界大學排名（2012-2013）：世界第226-250位，亞洲第27位，台灣第2位。
USNews2017世界大學工科排行：世界第69位，台灣第3位。
2018年中國百強大學排名第三。
文化傳統
校訓
校旗乾象言：君子自勵猶天之運行不息，不得有一暴十寒之弊，且學者立志尤須堅忍強毅，雖遇顛沛流離，不屈不撓；若或見利而進，知難而退，非大有為者之事，何足取焉。人之生子世猶舟之航海，順風逆風，因時而異。如必順風而後帆，登岸無日矣。
坤象言：君子接物度量，寬厚猶大地之博，無所不載。君子責己甚厚，責人甚輕。孔子曰：躬自厚而薄責於人蓋惟有容人之量，處世接物，坦然無所芥蒂，望之儼然，此所以為厚也，此所以為君子也。
接著，梁先生又引申勉勵清華學生說，“清華學子，薈中西收新文明，改良我社會，促進我政治，所謂君子人者，非清華學草，今日之清華學子，將來即為社會之之鴻儒，集四方俊秀，為師為友，相磋相磨，他年遨遊海外，吸表率，語、默、作、止，皆為國民所仿效，設或不慎壞習，慣之傳行，急如暴雨，則大事僨矣。深願及此時機，崇德修學，勉為真君子，異日出膺大任，足以挽既倒之狂瀾，作中流之砥柱，則民國幸甚矣！”這次演講以後，學校即以此八字為校訓，作圖制徽，永久流傳。
校旗
台灣清華大學領導大陸易手前清華一直以紫，白二色作為自己的（Color），是否經過學校正式決議，目前尚未查知，但在最早的英文校歌上（1916年以前）即已有了這樣的句子：OTsingHua,fairTsingHua,collegebright,Maywebeloyaltothepurpleandthewhite。當時的中文譯文是：噫清華，嘻清華，吾校巋巍，美哉吾校旗，願日增汝之光輝。
早在民國6年（1917）年以前，學校曾把白色的“自強不息”校徽，印製在紫色的質地上作為校旗，在各種慶典上懸掛，而在一般埸合，特別是印刷品上，則恆以長三角形紫白二色參半，印以中英文校名的旗幟為多用。早年，校友們都把忠誠於自己校旗作為自己神聖的職責，並謳歌讚頌。
新竹清華的校旗，用了傳統的紫白二色，紫色為底，中間為英文字母TH所組成的圖案，中間有一“清”字，像個展翅的鳥，上有“國立清華大學”字樣。
校歌
由來：清華建校之初，即制定了自己的校歌。第一首校歌詞皆由外籍女教師MissKathorineE.Seelye所作，詞為英文，題名“TsingHuaCollegeSong”但詞譜均不出色，茲舉其第一段的中文譯詞如下：
同學少年肝膽相親，薈萃一堂豪爽；我歌於斯汝其和予，斯校一時無雨。廣播令聞，艤立榮名，群雄莫與爭衡，謂予不信，請君來臨，會當贊和同聲。同聲，同聲，會當贊和同聲。
後來出現的“清華優勝歌”（CheerforoldTsingHua）則是很受師生歡迎的佳作，但不宜作為校歌。歌詞為：
CheerforoldTsingHua,TsingHuamustwin.
Fighttothefinish,nevergivein.
Youdoyourbest,boys,we'lldotherest,boys.
Fightforthevictory,Rha,Rha,Rha
當時譯的中文是：
歡呼我清華，清華必勝。
再接再厲兮，無退有進。
君盡全力兮，予圖未竟功，
同心同力爭雄，攻，攻，攻！
在這以後，又曾出現過幾首歌唱學校的歌曲，如“清華愛國歌”“清華進行曲”（MarchForwardTsingHua）等，但也均不適合於作校歌用。
民國12年，西曆1923年前後，學校公開徵求校歌，當時在清華教授國文與哲學課的汪鸞翔先生（字鞏安，汪健君先生的尊翁）以其佳作“西山蒼蒼”應徵，經校外名人審定膺選，又經本校英文文案處主任何林先生的夫人張麗真女士配曲，趙元任氏編合唱，於是成為雋永流傳，直深受歷代師生歡迎的佳作，歌詞共有三段，錄之如：
（一）西山蒼蒼，東海茫茫，吾校莊嚴，巍然中央，
東西文化，薈萃一堂，大同爰躋，祖國以光。
莘莘學子來遠方，莘莘學子來遠方，
春風化雨樂未央，行健不息須自強。
自強，自強，行健不息須自強！
自強，自強，行健不息須自強！
（二）左圖右史，鄴架巍巍，致知窮理，學古探微，
新舊合冶，殊途同歸，餚核仁義，聞道日肥。
服膺守善心無違，服膺守善心無違，
海能就下眾水歸，學問篤實生光輝。
光輝，光輝，學問篤實生光輝！
光輝，光輝，學問篤實生光輝
（三）器識為先，文藝其從；立德立言，無問西東。
孰介紹是，吾校之功，同仁一視，泱泱大風。
水木清華眾秀鍾，水木清華眾秀鍾，
萬悃如一矢以忠，赫赫吾校名無窮。
無窮，無窮，赫赫吾校名無窮。
無窮，無窮，赫赫吾校名無窮。
校花
往昔關於清華的校花流傳有幾種說法，但似乎都未正式定案。早期有紫荊、丁香之說，新竹清華則普遍認為梅花可代表清華精神。關於紫荊與丁香，據楊覺民教授所述，在來台建校前一般即“習慣把紫荊和丁香視為清華的校花，但未見諸典籍，可能只是一種約定俗成”。其由來推測有二：一是紫荊與丁香花色，與清華校旗、校色用色（紫白二色）相符；二是清華校園內種植許多紫荊及丁香，兩者皆在春季盛開，正是清大校慶前後。1984年大陸出版的《清華校友通訊》復9期中，34級陶瀛孫校友就曾為文建議，其中提到：“春天的清華園是極美的，到處是花，而以紫荊、丁香開得最盛。所以早就有人建議以紫荊或丁香為校花。1931年春，校慶即將到來，夏堅白學長建議以丁香為校花，丁香花紫白二色、盛開季節正是校慶、丁香花一簇簇群放，正象徵清華莘莘學子親密相處，共發芬芳”，因此早在30年代就有以紫荊或丁香為校花的提議。在中國古代，紫荊象徵著和睦、團結之意，典出東漢田氏三兄弟分家，院中紫荊遂落花枯萎的故事。西晉陸機曾說：“三荊歡同株，四鳥悲異林。”唐代詩人李白嘆道：“田氏倉促骨肉分，青天白日摧紫荊。”皆是在指此事。最後三兄弟因紫荊凋萎之兆幡然悔悟，決定和睦共處，紫荊花才又恢復繁榮景象。現今清交兩校的梅竹賽，清華也多以紫荊為主題設計衣物，正彰顯著紫荊所代表的團結精神。
北京清華校園內的紫荊屬豆科紫荊屬，花朵於春季四、五月先於葉開放，簇生於枝上，西方又稱之為“紅穗樹”。而新竹清華校園中所見的洋紫荊、羊蹄甲，以及兩者自然雜交而生的豔紫荊皆屬蘇木科羊蹄甲屬，與北京清華的紫荊品種相異，花形也不同。
至於丁香花，屬木犀科，落葉灌木或小喬木。春季開花，花期為四到六月。花為紫白二色，有所謂“紫丁香”與“白丁香”。花朵四瓣二蕊，集合成簇。由於花性怕熱，無法適應新竹氣候，在台灣亦只有高山地區能存活。
抗日名將孫立人將軍為1923級校友，曾於住所發現一種灌木樹叢，名為“番茉莉”，別稱為“變色茉莉”。春天開花，開時呈藍紫色，之後逐漸轉為白色，在同一株上可呈現紫白二色花朵。孫校友欲獻給母校作為禮物，在1989年親自到校栽種以祝校慶，植於行政大樓後方“清華校門”兩側。有人覺得亦可以表校花。
新竹清華還有另一種代表花─梅花。2011年經“99學年度第4次校務會議”決議，新竹清華以梅花為校花。梅花成為清華的精神象徵，緣起於紀念兩岸清華共同的大家長：梅貽琦校長。從北京清華、西南聯大到新竹清華建校，梅貽琦校長半生皆與清華相系，奉獻甚鉅，1962年梅校長病逝，本校便於校內興建“梅園”為其墓園以茲紀念，內植梅花241株。每至一二月梅花盛開之際，園內遊客絡繹不絕，成為新竹清華著名校景。梅花不畏嚴寒與冰清玉潔的精神，使其成為清華精神的象徵。清華學子更於每年的梅竹賽前夕，固定在梅園舉辦祭梅儀式，以祈求比賽旗開得勝。
“梅”成為清華的精神標誌，也與梅竹賽的推波助瀾有關。1969年，清交兩校舉辦跨校錦標賽，當時以清大前校長梅貽琦之“梅”為標誌，和交大前校長凌竹銘之“竹”相呼應，舉辦“梅竹賽”。自此，“梅”便成為清華重要的象徵圖騰，廣泛運用於清華紀念品、衣物的設計上，例如畢業紀念冊，尤其是2003年以後，頻頻以“梅”的意象，作為封面構圖和主標的靈感來源。
校呼
“嘶....砰，叭，清華，清華，清華。”這是清華大學運動場上啦啦隊的呼聲，也是校呼。傳統活動
梅竹賽，是位於新竹的兩所“國立大學”——清華大學與交通大學於每年三月間所舉辦的校際比賽。1969年正式舉辦，在清交兩校的學生活動上，占有極重要的份量。梅竹賽的緣起，當回溯至1961年代；清華與交大在台復校後，因兩校校地位置相鄰，且學生人數相近，而學生之背景與就讀的科系性質亦相似，所以兩校同學彼此之間在生活、課業與活動的往來就相當的頻繁，因而不斷的有聯誼活動。1966年，兩校之間曾舉辦過技藝對抗賽。到了1968年，時任活動中心幹事的錢鋒學長終於獲得課外活動組主任戈武先生及學校的允諾，開始籌備一個由清華及交大學生參與的大型競技活動，以不讓英國牛津、劍橋大學之間的划船比賽專美於前。負責籌備的學長夜赴清華，與清華學長相談甚歡，雙方皆認為此項比賽對促進兩校同學間情感交流、生活調劑、學藝及體育發展....等等，皆有脾益，因此達成共識，決定舉辦這項比賽。最後清華張致一教授從口袋拿出了一元硬幣道：“出現梅花則稱梅竹，出現一圓那面則稱竹梅。”銅板落定，梅竹之名從此便正式確定。
學校領導
現任領導
| 職務 | 姓名 | 任職時間 |
| 校長 | 賀陳弘 | 2014.2~迄今 |
| 副校長 | 陳信文 | 2016.08~迄今 |
| 副校長 | 信世昌 | 2016.08~迄今 |
| 副校長 | 周懷朴 | 2016.08~迄今 |
| 副校長 | 林聖芬 | 2016.08~迄今 |
歷任領導
| 職務 | 姓名 | 任職時間 |
| 校長 | 梅貽琦 | 1956~1962 |
| 校長 | 陳可忠 | 1962~1969 |
| 校長 | 閻振興 | 1969~1970 |
| 校長 | 徐賢修 | 1970~1975 |
| 校長 | 張明哲 | 1975~1981 |
| 校長 | 毛高文 | 1981~1987 |
| 校長 | 劉兆玄 | 1987~1993 |
| 校長 | 李家同 | 1993~1994 |
| 校長 | 沈君山 | 1994~1997 |
| 校長 | 陳信雄 | 1997~1998 |
| 校長 | 劉炯朗 | 1998~2002 |
| 校長 | 徐遐生 | 2002~2006 |
| 校長 | 陳文村 | 2006~2010 |
| 校長 | 陳力俊 | 2010~2014 |
傑出校友
梁啓超王國維：國學大師，被譽為“中國現代學術奠基人”、“新史學的開山”。
陳寅恪：語言學家、歷史學家。
趙元任：語言學家。
朱自清：散文作家。
吳大猷：物理學家、前中華民國中央研究院院長。
夏鼐：考古學家。
華羅庚：數學家、教育家。
陳省身：微分幾何學家、美國國家科學院院士。
馬約翰：體育家。
馬維英：微軟亞洲研究院網路搜尋和挖掘組高級研究員。
馮友蘭：哲學與中國哲學史家。
孫立人：中國抗日名將。
俞國華：歷任財政部長、中央銀行總裁、行政院長等職，為中華民國財經發展貢獻卓著。
楊振寧：諾貝爾物理學獎得主。
李政道：諾貝爾物理學獎得主。
李遠哲：諾貝爾化學獎得主。
梁實秋：學者、作家。
史維：香港科技大學第四任校長。
