歷史
卡拉麥里自然保護區1981年，新疆開始設立了“卡拉麥里山有蹄類野生動物保護區”，屬於自治區級保護區。
1982年4月，卡拉麥里自然保護區正式成立。
1983年，卡拉麥里自然保護區以北緯45°為界，分別設立昌吉州保護站和阿勒泰州保護站。其中，阿勒泰州保護站管護北緯45°以北約1.4萬平方公里的區域，昌吉州負責北緯45°以南4000平方公里左右的區域。
1986年，中國從英、德國等曾經從準噶爾盆地擄走的野馬後裔重新引回。學名“普爾熱瓦爾斯基馬”的普氏野馬是地球上唯一存在的野馬種群，曾也被放歸到卡拉麥里有蹄類保護區。
2005年11月22日，新疆卡拉麥里自然保護區正式升級為國家級自然保護區。
自然環境
卡拉麥里保護區卡拉麥里山位於保護區中部，呈東西向延伸，長90千米，寬20~40千米，高差300米左右。其它地區為溫帶荒漠戈壁。
卡拉麥里自然保護區東部屬礫石戈壁，中部屬卡拉麥里山，西部屬沙漠。卡拉麥里一般海拔高度1000米，相對高差不足500米。北面為低山丘陵，坡度較緩，相對高差僅幾十米。山嶺以南為將軍戈壁，個別地段形成沙丘。保護區西部沙漠是古爾班通古特沙漠的一部分，有6條大的中速流動沙壠和大面積的格狀沙丘鏈。山地丘陵、風蝕台原與沙漠的交界處形成大的泥漠，俗稱“黃泥灘”。年均溫2.38℃；年平均降水量159.1毫米，而蒸發量高達2090.4毫米，氣候乾旱。
保護對象
卡拉麥里自然保護區植物資源
卡拉麥里自然保護區國家三級保護植物有梭梭、白梭梭等。
動物資源
卡拉麥里保護區卡拉麥里自然保護區的獸類有蒙古野驢、盤羊、喔喉羚、草原斑貓、赤狐、沙狐、艾鼬、草兔、和多種嚙齒類。鳥類有金雕、玉帶海雕、蒼鷹、大鴇、小鴇。爬行類有荒漠麻蜥等。
國家一級保護動物有：蒙古野驢、金雕、玉帶海雕、大鴇、小鴇等，二級有：草原斑貓、盤羊、鬣羚、蒼鷹、縱紋腹小鴇等。已絕滅的動物有野馬、高鼻羚羊。
生態破壞
由於經濟開發與礦業開採等人為原因，使得卡拉麥里自然保護區上空籠罩了一層陰雲。昔日的西部野生動物天堂，正在成為荒涼的不毛之地。這與保護區修建公路、鐵道以及採礦等因素有直接關係，並且人為原因起到很大的催化作用。
216國道從2004年竣工後，這條路便開始承擔起新疆內糧油瓜果食品，以及石油、煤炭等礦產資源的輸送，成為當地百姓的“幸福路”，然而卻也成了保護區有蹄類動物的“殺手”。為了縮減100多公里路程，216國道正好從卡山保護區核心區穿過，走了捷徑。不僅使野馬原來的主要活動區一分為二，而且破壞了它們的飲用水源地。2008年一年，就有5匹野馬命喪車輪之下。此外，先後被撞死的還有野驢、鵝喉羚等。
而保護區內採石礦、採金礦則鑿山掘地，金礦洗礦用的氰化鈉和氰化鉀都有劇毒。如果洗礦完成以後把藥桶原地丟棄，會對當地水源造成破壞，使附近的動物直接或間接死亡。
2012春末，卡山保護區放眼望去依然是接天的黃沙，即使有植物，也只是梭梭、錦雞耳、紅柳等稀稀拉拉趴在地上的灌木，枯黃中略泛著綠意，“吊”著最後一絲生命；或者是一個個黑黝黝的山包，經過多年風蝕，層層山石被剝落得像刀片一樣鋒利，山上更是寸草不生，也沒有看到任何一隻曾經活躍在保護區內的動物身影。
