噶爾丹確立了“宰桑”制度,規定汗國最高權力屬於汗廷,可汗身邊設立宰桑數名,幫助處理日常事務,凡大事均要稟明大汗。汗廷下的自上而下設立兀魯斯-鄂托克-愛馬克-四十戶-二十戶等單位,分別由諾顏、洪台吉、宰桑、愛馬克之長、德木其、舒楞額、主管人等大小官員管理,百姓訴訟由扎爾固沁負責,重大案件則由汗國大扎爾固沁裁斷。為休養生息,頒布一系列敕令,命令招撫部眾,獎勵畜牧和耕種,並命令各鄂托克之長救濟赤貧部眾。同時鑄造貨幣,發展手工業。
噶爾丹因此向清廷“遣使貢獻鎖子甲、鳥槍、馬、駝、貂皮等物,要清

清廷“準其納貢,授以赦印,並加恩賚。從無以擅稱汗號者,準其納貢之例。但噶爾丹台吉,敬貢方物,特遣使入告,應準其獻納。”以無先例為由,對噶爾丹擅稱汗號予以斥責。
此時,正值三藩之亂,清朝無暇西顧,駕馭周邊的能力也不是很強,所以不管清廷主觀意圖如何,最終是默認達賴喇嘛冊封噶爾丹自稱為汗了。
1682年春,康熙帝分派使臣到邊疆各地以“告捷賞賚”(平定三藩之亂)為名,對各部貴族首領進行摸底,準噶爾部首領噶爾丹亦以臣下的禮儀“跪受敕書及賞賚諸物”。?