南陽市農業科學院始建於1931年，原為河南省第七農林場，現為市政府直屬正處級事業單位，經費為全額預算管理，編制142個。2012年被省農科院批准設立為省院南陽分院。主要從事農作物新品種選育、農業新技術研究及服務農業生產。現有試驗田500畝，辦公樓6000平方米，作物重點試驗室1個，科技圖書15萬冊。
農科院現任院領導班子4人，科級幹部29名。現有在職人員142人，其中專業技術人員74人，副高級以上職稱人員30人，研究生以上學歷人員22人，國務院特殊津貼專家2人，省勞模、省學術技術帶頭人、省科技諮詢專家、省黨代表、省科技特派員、市人大常委、市政協委員、市拔尖人才、市學術技術帶頭人等28人。
現設有小麥研究中心、棉花研究中心、植保農化研究所、秋作物研究所、園藝研究所、農業綜合技術研究所等6個內設研究機構13個課題組、3個職能科室和1個現代農業試驗示範基地管理與服務中心。
年承擔國家、省、市重點項目51項，國家級項目11項，省級項目27項，市級項目1項，自選項目13個。是河南省農科院南陽分院、國家小麥、棉花、芝麻、食用豆和省玉米、花生、蔬菜、棉花8個現代農業產業技術體系綜合試驗站、西北農林科技大學南陽小麥試驗示範站、省博士後科研工作站、市作物新品種重點實驗室等項目建設技術依託單位。
近年來，圍繞全面建設小康社會的戰略目標，立足當前當地，強化創新，服務“三農”，取得了一批具有自主智慧財產權的重大農業科技成果，選育出農作物新品種24個，其中國審4個，省審20個，獲得植物新品種權8個，獲得國家實用新型專利6項；編制地方標準15項；集成配套技術10多項；獲得省市科技進步獎46項。開展的“小麥三結合育種”、“棉花半配性育種”、“玉米不同屬間遠緣雜交”等學科研究獨具特色。
先後被評為全省農業科技工作先進單位、省農科系統科技創新先進單位、人才培養先進單位、科技成果轉化先進單位、省區試工作先進單位、省級文明單位、省科技興農工作先進單位、省科技諮詢AAA級信譽單位、省優秀博士後研發基地、省級衛生單位、“五好”科研院所黨組織、糧食生產先進單位。
在強化創新驅動，全面推進農業供給側結構性改革，加快農業現代化建設的新時期，南陽市農科院堅持以科研為重點，以生產為導向，積極調整科研方向和重點，不斷提高科技創新能力、轉化能力、服務能力，努力將農科院打造成為區域性農業科技創新中心、示範中心、培訓中心、信息中心，為南陽農業現代化建設做出新貢獻。
