職能調整
（一）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（二）將保健食品、化妝品衛生監督管理職責劃給市食品藥品監督管理局。
（三）將原江蘇省南通食品藥品監督管理局綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃入市衛生局。
（四）將市質量技術監督局食品生產企業的產品標準備案的職責劃入市衛生局。
（五）增加貫徹執行國家基本藥物制度的職責。
（六）加強食品安全綜合協調、餐飲服務環節食品安全監管的職責；加強對醫療服務、公立醫療機構的監管職責；深化全市醫藥衛生體制改革，堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主、以農村為重點、中西醫並重的方針，堅持為人民健康服務的方向。
主要職責
（一）貫徹執行國家有關衛生工作的方針政策和法律法規，推進全市醫藥衛生體制改革，擬訂全市衛生改革與發展的規劃和政策，組織擬訂衛生、中醫藥、食品安全等規範性檔案。
（二）貫徹執行國家基本藥物制度和藥物政策，組織實施國家基本藥物目錄，擬訂基本藥物的遴選、採購、配送、使用的政策措施。
（三）統籌規劃與協調全市衛生資源配置，研究提出區域衛生規劃的建議。
（四）負責編制衛生事業經費預算、決算。負責政府舉辦的醫療衛生機構國有資產的監督管理。研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門指導全市醫療衛生收費管理並監督檢查。
（五）承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的職責。負責食品安全及相關產品的風險監測、評估、預警，重大食品安全信息發布，負責食品安全企業標準備案審核工作。
（六）組織制定並實施全市農村衛生、婦幼衛生和社區衛生髮展規劃和政策措施，負責新型農村合作醫療的綜合管理，規劃並指導農村衛生和城市社區衛生服務體系建設，負責婦幼保健的綜合管理和監督。
（七）負責疾病預防控制工作，擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和政策措施並組織實施，協調有關部門對重大疾病實施防控與干預。
（八）負責衛生應急工作，擬訂全市衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件的監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件的預防控制與應急處置，依法發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（九）貫徹中西醫並重的方針，擬訂中醫藥事業發展規劃、政策措施並組織實施，負責中醫、中西醫結合工作的管理。
（十）指導規範全市衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所和生活飲用水的衛生監督管理。承擔餐飲服務環節食品安全監督管理工作。負責傳染病防治監督。
（十一）負責全市醫療機構醫療服務的全行業監督管理，貫徹醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範、標準，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。
（十二）組織制定醫藥衛生科技發展規劃，組織實施重點醫學衛生科研攻關項目和醫學科技成果的推廣、科普工作。貫徹省醫學教育發展規劃，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）指導全市衛生人才隊伍建設工作，組織擬訂衛生人才發展規劃。組織指導全市衛生事業單位人事制度和收入分配製度改革。
（十四）組織指導衛生方面的對外合作交流和衛生援疆、援外有關工作。
(十五) 負責市幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，負責全市重要會議和重大活動的醫療衛生保障工作。
(十六) 承擔市政府血吸蟲病、地方病防治領導小組和市政府愛滋病防治工作委員會、市愛國衛生運動委員會、市政府食品安全委員會的具體工作。
（十七）承擔市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市衛生局設11個內設機構。
機構一
（一）辦公室（政策法規處、信息處）
協助局領導組織、協調、督促局機關的政務工作；承擔機關重要文稿草擬及重大課題調研工作；負責重大會議、接待和活動的組織安排並督辦落實；負責機關文電、機要、保密、檔案、資產、後勤服務、政務公開、衛生統計、信息化建設等工作；組織協調年度綜合目標考核工作；牽頭來信來訪、建議提案辦理等工作；負責對市直醫療衛生單位的後勤總務管理工作進行檢查指導；負責市直單位民兵、預備役部隊的軍政訓練、國防教育、兵役工作、安全生產及社會治安綜合治理工作。負責機關有關規範性檔案的合法性審核以及行政複議、行政應訴工作；負責衛生系統的新聞報導和新聞發布工作。
（二）組織人事處
負責局機關及所屬單位的黨組織建設、黨員隊伍管理、幹部隊伍管理、思想政治、理論學習、宣傳教育以及統戰、知識分子、群團組織等方面的工作；指導全系統精神文明建設工作。擬訂全市衛生人才隊伍發展規劃和政策並指導實施；負責機關和所屬單位的機構編制、組織人事、教育培訓、勞動工資、考核獎懲、出國（境）人員政審等工作；負責衛生專業技術人員的資格考試、職稱評聘、專家管理以及人才交流與服務工作；開展醫療衛生方面的國際合作與交流，協助抓好衛生援疆、援外等工作；負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
（三）規劃財務處 (審計處)
制定全市衛生事業發展規劃，統籌規劃與合理配置全市衛生資源；編制衛生事業經費預、決算；負責機關和直屬單位規劃建設及國有資產的監督管理；研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門指導全市醫療衛生收費管理；負責全市大型醫療設備的規劃與管理；負責局機關及直屬單位的財務審計工作。
（四）醫政處（幹部保健處）
負責全市醫療機構的全行業監督管理；依法監督管理全市醫療機構，實施醫療機構和從業人員執業許可制度；組織實施國家和省關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範；負責全市采供血機構的監督與管理；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；會同有關部門做好公立醫院的改革工作；負責市幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作及徵兵、招生體檢工作；會同有關部門做好醫患糾紛調處、惠民醫療、殘疾人康復、衛生下鄉、對口支援等工作。
（五）中醫管理處
貫徹執行國家關於中醫藥工作的方針政策，擬訂中醫藥事業發展規劃和中醫藥防治重大疾病規劃並組織實施；組織實施中醫藥管理規範和技術標準；擬訂並實施中醫、中藥、中西醫結合科研規劃，組織實施中醫藥重大科研項目、中醫藥師承教育及相關人才培訓工作；指導全市中醫醫療機構的基本建設，負責中醫、中西醫結合醫療機構的全行業監督管理；對中醫機構設備配置及中醫專項資金的使用進行論證和審核。
機構二
（六）疾病預防控制處 (衛生應急辦公室)
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃、全市衛生應急預案並組織實施；協調有關部門對重大疾病實施防控與干預；會同有關部門組織實施全市基本與重大公共衛生服務項目；負責突發公共衛生事件的監測預警和風險評估；組織實施全市突發公共衛生事件的預防控制與應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息；承擔市政府血吸蟲病地方病防治領導小組和市政府愛滋病防治工作委員會的日常工作。
（七）衛生監督處（餐飲安全監管處）
指導規範衛生行政執法工作，組織擬定衛生監督及餐飲服務環節食品安全監管相關規範性檔案；負責餐飲服務、公共場所、供水及放射診療單位行政許可；負責有關建設項目的預防性衛生監督審查和職業病危害預評價報告、防護設施設計、防護設施竣工驗收的審核；組織實施餐飲服務環節食品安全監督管理工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為。
（八）基層衛生與婦幼保健處（基本藥物制度處、市新型農村合作醫療管理辦公室）
制定並實施全市農村衛生、婦幼衛生和社區衛生髮展規劃和政策措施；負責新型農村合作醫療的綜合管理，規劃並指導農村衛生、婦幼衛生和城市社區衛生服務體系建設；負責農村衛生、城市社區衛生和婦幼保健的綜合管理和監督；擬訂促進基本公共衛生服務均等化的政策措施並牽頭組織實施；組織實施國家基本藥物制度，擬訂基本藥物遴選、採購、配送和使用的政策措施；負責母嬰保健技術服務機構和醫療、保健機構計畫生育技術準入及人員資格認定工作。
（九）科技教育處
擬定全市醫學科技、教育發展規劃；組織實施重點醫藥科研攻關項目，指導醫學科技成果的推廣和科普工作；組織實施全市醫學重點學科專業建設和人才戰略工作；組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作。
（十）食品安全綜合協調處
組織有關部門擬訂地方性食品安全管理的工作規劃並監督實施；依法行使食品安全監管工作的綜合監督職責，組織協調有關部門承擔的食品安全監督工作；綜合協調食品安全的檢測與評價工作，指導、協調食品安全監測與評價體系建設；收集並匯總食品安全信息，分析、預測安全形勢，評估和預防可能發生的食品安全風險，並定期向社會發布；承擔研究、協調食品安全統一標準的有關工作。組織協調有關部門健全食品安全事故報告系統；依法組織開展對重大事故的查處；根據市政府授權，組織協調開展食品安全的專項執法監督檢查活動；研究擬訂食品重大事故的各種應急救援預案，組織協調和配合有關部門開展應急救援工作；組織擬訂市食品安全重大技術監督方法、手段的科研規劃並監督實施；負責食品安全企業標準備案審核工作；承擔市政府食品安全委員會的日常工作。
（十一）食品安全檢測綜合管理處
負責全市食品安全檢驗檢測綜合管理和食品安全檢驗檢測信息平台的建設工作；負責市區食品檢驗機構資質認定的相關工作；負責編制、審核食品檢驗檢測規劃、計畫；統籌分配各部門食品抽檢任務；審核食品安全檢驗檢測經費預算；統籌協調食品檢測資源的配置和使用；指導、監督食品檢驗檢測業務工作；組織實施政府重大食品安全檢測項目；審核發布食品安全檢驗檢測信息；組織開展有關政府公共事務領域的食品檢驗檢測技術研究和培訓。
市愛國衛生運動委員會辦公室 負責擬訂全市愛國衛生工作規劃及年度計畫，統籌協調市愛衛會各成員單位工作職責的落實； 組織開展創建和鞏固衛生城市(鎮、村)、農村改廁、病媒生物防制和農村飲用水水質監測工作；負責開展民眾性衛生監督管理和衛生檢查工作；擬訂全市健康教育規劃，負責健康教育管理工作；承擔市愛國衛生運動委員會日常工作。
另按有關規定設立機關黨組織、工會、共青團、人民武裝組織。
人員編制
市衛生局機關行政編制為48名。
領導職數為：局長1名，副局長4名；正副處長（主任）28名，其中正處長（主任）16名（含機關黨總支專職副書記1名，工會主席1名，團委書記1名，人武部長1名），副處長（副主任）12名。
其他事項
（一）食品安全監管的職責分工。市衛生局牽頭建立食品安全綜合協調機制，承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，負責餐飲服務環節食品安全監督管理。市農業委員會負責農產品生產環節的監管。市質量技術監督局負責食品生產加工環節的監管。市工商行政管理局負責食品流通環節的監管。市食品藥品監督管理局負責保健食品、化妝品衛生的監管。各部門要密切協同，形成合力，共同做好食品安全監管工作。
（二）職業衛生監管的職責分工。市衛生局負責起草職業衛生的有關規範性檔案，擬訂職業衛生地方標準，規範職業病的預防、保健、檢查和救治，負責職業衛生技術服務機構的資質認定和職業衛生評價及化學品毒性鑑定工作；市安全生產監督管理局負責作業場所職業衛生的監督檢查工作，負責職業衛生安全許可證的管理，組織查處職業危害事故和有關違法行為。市衛生局和市安全生產監督管理局要按照職責分工，建立完善協調機制，加強配合，共同做好相關工作。
領導分工
王曉敏 局長、黨組副書記
主持全局行政工作，負責規劃發展、衛生改革、財務審計、人事人才及人才培訓、機關綜合管理工作，協管幹部工作。
葛維先 黨組書記、副局長
主持局黨組工作，負責黨建、黨務、幹部、群團、統戰、系統作風建設、政法綜治、信訪維穩、愛國衛生工作，協管人事工作，分管愛衛辦。
陳宋義 副局長
負責基層衛生、婦幼保健、科技教育、計畫生育及市醫改辦常務工作，分管基婦處、科教處。
劉樂平 紀檢組長、黨組成員
負責紀檢監察、行風建設、藥品及基本藥物採購管理、設備及耗材招標工作，分管監察室、藥招辦。
曹淞雲 副局長、黨組成員
負責食品安全、衛生監督、 政策法規、信息化建設工作，分管食品安全綜合協調處、食品安全檢測綜合管理處、衛生監督處、政策法規處、信息處。
胡寧彬 副局長、黨組成員
負責醫政管理、采供血管理、公立醫院改革、醫患糾紛調處、幹部保健、徵兵及招生體檢工作，分管醫政處，協管醫學會。
丁國寧 局長助理、黨組成員
負責機關黨建、衛生工會工作，協管疾病控制、衛生應急、重大活動衛生保障工作，分管機關黨總支、衛生系統工會、疾控處、應急辦。
顧志強 局長助理、黨組成員
負責中醫管理、物價、統計、人民武裝工作，協管審計及公立醫院改革工作，分管中醫處。
姜國新 局長助理、黨組成員
負責安全生產、保密、文明城市創建工作，協管政法綜治、信訪維穩工作，協管辦公室。
