主要職責
1、貫徹執行黨和國家關於衛生工作的法律、法規和方針政策，組織實施國家、省和南通市的衛生標準和技術規範，研究制訂全縣衛生事業改革和發展規劃，並組織實施。2、研究提出區域衛生規劃，統籌規劃與協調全縣衛生資源配置，研究制訂全縣衛生人才發展規劃、社區衛生服務規範和政策措施並指導實施。
3、編制衛生事業經費預、決算;加強對政府舉辦的醫療衛生機構國有資產的監督管理，協同有關部門指導全縣醫療衛生收費管理並監督檢查。
4、研究制訂全縣農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。依法開展母嬰保健工作。
5、貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂傳染病、血吸蟲病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施;組織對重大疾病的綜合防治。承擔縣愛國衛生運動委員會的日常工作。
6、依法監督管理全縣醫療衛生機構，指導全縣醫療衛生機構改革;實施醫療機構、從業人員、醫療技術套用和大型醫療設備的準入制度;組織實施國家、省和南通市關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範。
7、依法監督管理采供血機構及臨床用血質量。
8、研究制訂全縣重點醫學科技、教育發展規劃，並組織實施;組織重點醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作。
9、負責全縣傳染病防治、食品衛生、勞動衛生、放射衛生、學校衛生、飲用水衛生、公共場所衛生、化妝品質量等衛生監督管理工作。
10、貫徹中西醫並重的方針，制訂、實施全縣中西醫藥事業發展規劃，管理和指導全縣中醫和中西醫結合工作。
11、負責管理全縣醫療救護和徵兵、招生等體檢工作。在縣政府的統一領導下，組織調度全縣衛生技術力量，對重大突發疫情、病情及重大傷亡事件實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
12、承辦縣委、縣政府交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室（掛“政策法規科”、“信息科”牌子）負責文電、會務、機要、檔案、保密、後勤等機關日常運轉工作，承擔政務公開、信息公布、來信來訪、安全保衛、信息化建設、衛生統計等工作；組織制訂全縣衛生事業發展規劃；協助局領導組織、協調，督促局機關的政務公開；承擔機關重要文稿和檔案的草擬及調研工作；負責全系統社會治安綜合治理、安全生產和穩定工作；負責牽頭推進全縣醫藥衛生體制改革，研究制訂衛生改革與發展規劃，並組織實施；負責監管作風建設、理論學習教育、群團和老幹部工作。
負責衛生政策調研；扎口負責衛生行政檔案的審核；承辦衛生執法行政複議、相關行政訴訟和重大行政處罰案件的聽證工作；負責指導系統內單位的法治建設，並組織實施。
（二）醫政科（掛“中醫管理科”、“科技教育科”牌子）
研究指導醫療機構改革和衛生資源的有效配置；負責全縣醫療機構的行業監督管理；依法監督管理全縣醫療機構，實施醫療機構和從業人員執業許可制度；組織實施國家和省市關於醫務人員執業標準、醫療質量標準、服務規範和職業道德規範；依法對醫療機構的設定規劃、執業許可進行監督管理；會同縣有關部門組織力量做好重大突發性自然災害、突發性公共衛生事件和意外事故的醫療救護工作；建立醫療質量安全鑑別評價體系；負責醫療安全管理、平安醫院創建工作；會同有關部門做好公立醫院的改革工作；契約有關部門做好醫患糾紛的調解和處理工作。會同有關部門做好全縣機關、事業單位幹部保健及徵兵、招生體檢工作；負責全縣大型醫療設備的規劃與管理；指導全縣醫院藥事管理、藥品招投標工作，組織實施藥品法典和國家基本藥物制度；指導臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等工作，做好醫院麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品及放射藥品的管理工作；配合有關部門做好殘疾人康復、衛生下鄉支援等相關工作。
貫徹執行國家關於中醫藥工作的方針、政策，制訂中醫藥事業發展規劃管理和指導全縣中醫和中西醫結合工作。
研究制訂全縣重點醫學科技發展規劃和管理辦法；協調重點醫藥科研攻關、指導醫學科技成果普及套用工作；負責全縣衛生專業技術人員的繼續教育。
（三）基層衛生與婦幼保健科（縣愛國衛生運動委員會辦公室與其合署）
承擔農村基本衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理，擬訂有關政策、規劃並組織實施；組織實施基本公共衛生服務項目；研究制訂全縣農村衛生、社區衛生、婦幼衛生的發展規劃和服務標準；指導城區及農村社區衛生服務機構建設與管理、鄉村醫生隊伍建設與管理工作；指導社區衛生服務站基本藥物制度的實施；依法開展母嬰保健專項技術的實施和管理；對社區衛生與婦幼保健實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；負責牽頭促進基本公共衛生服務均等化；組織實施重大公共衛生服務項目。
貫徹實施有關愛國衛生工作的法律、法規和政策；制定縣愛國衛生工作規劃，年度計畫和階段實施計畫，統籌協調縣愛國衛生運動委員會各成員單位分擔任務的落實；指導衛生城、鎮、村建設和農村飲用水水質監測、改廁等工作；開展經常性愛國衛生檢查工作；組織開展衛生知識宣傳與健康教育，普及衛生知識；推進健康促進工作；組織開展病媒生物防制工作；協助開展重大傳染病、職業病、地方病的綜合防治；承擔縣愛國衛生運動委員會日常工作。
（四）疾病防控與衛生監督科（掛“食品安全綜合協調科”、“衛生應急辦公室”牌子）
制訂全縣重大傳染病及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和疾病控制規劃，並指導實施、監督檢查；遇有重大疫情和自然災害，組織全縣衛生技術力量，控制疾病的發生、蔓延；負責疾病防控機構的業務指導；制訂全縣血吸蟲病、慢性病和愛滋病的防治規劃，並組織實施，依法開展消毒管理工作；制訂全縣健康教育規劃，負責健康教育管理工作。
負責食品安全綜合協調工作，組織查處食品安全重大事故；負責餐飲服務環節食品安全監管；組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作；綜合管理全縣衛生監督工作；研究擬訂全縣衛生監督工作的有關規範性檔案和政策建議；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所、飲用水等衛生監督管理；依法組織開展對醫療機構和采供血機構職業行為的監督檢查工作；整頓和規範醫療服務市場；負責對傳染病的防治監督工作；負責對衛生執法的監督，指導衛生監督機構開展執法工作；負責衛生應急工作的綜合協調與指導。
（五）人事科
擬定衛生人才隊伍發展規劃和政策並組織實施；負責專家管理以及人才引進、交流與服務的指導工作；負責辦理醫療衛生單位機構編制和定編、定崗、定員等具體工作；按照幹部管理許可權負責系統內幹部的考核、考察、任免；負責衛生專業技術人員的資格考試、認定和聘任；負責機關和直屬單位的勞動工資工作；負責全系統幹部隊伍管理；協助派駐監察室做好公布監察工作；協助辦公室做好人事方面的信訪工作。
（六）財務審計科
負責編制衛生事業經費預、決算；負責全縣衛生事業財務指導和監督，指導監督全縣衛生基本建設，管理下屬單位國有資產和基本建設；研究提出衛生服務價格建議；協同有關部門做好全縣醫療衛生收費和藥品價格管理工作；貫徹執行國家、省有關審計法律、法規，協同有關部門做好下屬單位的財務審計工作。
