背景
明朝滅亡後，朱由崧既以親藩得繼大統，對於最具帝位繼承人資格的崇禎三子自然惟恐其不死。早在1644年七月間就僅僅依據顧元齡的傳言宣布太子和定、永二王已經遇害。1645二月正式下詔“謚皇太子慈煥曰獻愍，永王慈煥曰悼，定王慈燦曰哀”，藉以掩人耳目，杜絕民望。實際上，自從大順軍在山海關戰敗起，兵荒馬亂，各方面的人士大抵都弄不清崇禎帝三個兒子的下落。儘管在1644年冬有“北太子”、“南太子”案，清初號稱“朱三太子”的案件層見迭起。
朱由崧登上了皇帝的寶座，挫敗了某些東林—復社人士擁立潞王朱常淓的計畫。圍繞帝位的勾心鬥角，並沒有就此平息。弘光立國一年之內，先後發生了“妖僧”大悲、偽太子、“童妃”三大案。這三個案件表面上是孤立的，互不相涉，卻都貫串著對朱由崧繼統不滿的政治背景。
三大疑案
大悲案
1644年十二月，忽然有個和尚來到南京，自稱是明朝親王，從兵亂中逃出做了和尚。弘光帝派官員審訊他的來歷，大悲起初信口開河說崇禎時封他為齊王，他沒有接受，又改封吳王。聲稱“潞王恩施百姓，人人服之，該與他作正位”。弘光君臣見他語無倫次，形跡可疑，嚴加刑訊，才弄清大悲是徽州人，在蘇州為僧，確實是個騙子。經過九卿科道會審後，將大悲處斬。假太子案
1644年十二月，鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕穆虎從北方南下，途中遇到一位少年，結伴而行。晚上就寢時發現少年內衣織有龍紋，驚問其身分，少年自稱是皇太子。抵南京後，高夢箕難辨真假，急忙送往蘇州、杭州一帶隱蔽。可是，這少年經常招搖於眾，露出貴倨的樣子，引起人們的注意，背後竊竊私議。高夢箕不得已密奏朝廷，弘光帝派遣內官持御札宣召。1645三月初一日，這個少年從浙江金華到了南京，被交付錦衣衛馮可宗處看管。第二天，弘光帝面諭群臣道：“有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。”隨令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往審視。大學士王鐸曾經擔任東宮教官三年，自然熟悉太子的模樣，一眼就看出是奸人假冒。
王鐸會同群臣審視後的奏疏是相當可信的。我們不應忽視，弘光立國之時許多官員曾經在崇禎朝廷上任職，見過太子朱慈烺的並不止他一個。如曾經擔任東宮講官的劉正宗、李景廉“皆言太子眉長於目”，他們看了偽太子之後都不認識；弘光帝“又命舊東宮伴讀太監丘執中往認。之明見執中，亦不識也。於是群疑稍解”。
從現存史料中可以看出當時在弘光朝廷上的官員都知道北來“太子”純屬假冒，沒有人提出過異議。問題是這件事直接牽涉到弘光帝位的合法性，對朱由崧繼統不滿的人乘機興風作浪，散布流言蜚語，於是圍繞著“太子”的真偽在不明真相的百姓和外地文官武將中掀起了一片喧譁。弘光朝廷越說是假，遠近越疑其真。這事一直鬧到清軍占領南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
童妃案
這個案件的大致情況是：早在1641年，李自成起義軍攻破洛陽，老福王朱常洵被俘殺，世子朱由崧僥倖逃出。經過長期顛沛流離之後，忽然時來運轉被擁戴為皇帝。1645年，河南有一個姓童的婦人面見南明河南巡撫越其傑，自稱是德昌王（即朱由崧）的繼妃，亂離中與朱由崧失散。越其傑和廣昌伯劉良佐深信不疑，一面奏報，一面派人護送來南京。朱由崧立即否認，宣布童氏為假冒。三月初一日，童氏送抵南京，下詔獄由錦衣衛審訊。童氏自述“年三十六歲。十七歲入宮，冊封為曹內監。時有東宮黃氏，西宮李氏。李生子玉哥，寇亂不知所在。氏於崇禎十四年生一子，曰金哥，齧臂為記，今在寧家莊”。朱由崧批駁道：“朕前後早夭，繼妃李殉難，俱經追謚。且朕先為郡王，何有東、西二宮？”這是符合實際情況的，按明朝典制，親郡王立妃由朝廷派員行冊封禮。
童氏稱入宮邸時朱由崧有東、西二宮已屬荒唐，更不可能又有什麼“曹內監”為她舉行冊封禮。朱由崧沒有兒子，“玉哥”、“金哥”之說也是空穴來風。一些史籍記載，童氏在送往南京途中，地方文武官員紛紛拜謁，她舉止輕浮，毫無大家風範，“凡所經郡邑，或有司供饋稍略，輒詬詈，掀桌於地；間有望塵道左者，輒揭簾露半面，大言曰：免！聞者駭笑”。童氏一案與大悲、假太子案基本相似，肯定她不是朱由崧的王妃，後來某些野史又說她是誤認（如說她原為周王宮妾，或說是邵陵王宮人），也有揣測她是在朱由崧落魄之時曾與之同居，但這些說法同童氏自己編造的經歷都不符合。就案件本身而言，無論童氏是冒充，是誤認，還是與朱由崧有過一段舊情，都不應成為南明政局的焦點。
影響
“童妃”案和假太子案的喧囂一時，實際上是某些東林—復社黨人在幕後掀風作浪。歷史上無賴之徒冒充頭面人物屢見不鮮，即以南明來說，永曆初也出現了假弘光帝（一個和尚）騙得許多地方官的信任，但都沒有像弘光一朝這樣鬧得烏煙瘴氣。究其根源，正在於東林—復社中的一些骨幹分子視“門戶”、“聲氣”重於國家、社稷，他們愛走極端，甚至惟恐天下不亂。在這些人看來，福藩繼統等於萬曆以來自己在黨爭中最大的失敗，因此一遇風吹草動，不管真相如何，抓住“把柄”大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯罷休。人們常常受舊史籍影響，以為東林—復社人士大體上都是骨鯁正直之人，其實它是一個很複雜的團體，其中光明磊落者固不乏人，但由於明末東林—復社名滿天下，往往具有左右朝政的勢力，許多追逐名利的人也混跡其間，變成一個大雜燴。東林—復社人士的“別正邪、分賢佞”實際上是自封“正人”、“君子”，為獨攬朝政造輿論。由於他們當中的骨幹分子為奪取權力往往採取陰謀手段，難以弄清詳細情況，但對弘光帝進行人身攻擊，借“三案”大肆發揮的都是自命為東林—復社的“君子”，由此也可以看出其端倪，其中的主要代表是黃宗羲及其創立的浙東史派，他和門戶好友在當時興風作浪對弘光朝廷的穩定造成了嚴重影響。
評價
林時對《南都三大疑案》：“洛陽既陷，福王常洵被闖賊所臨，宮眷逃竄。世子由崧得一護衛軍牽率過河，寓太康伯張皇親第，人無識者。甲申四月，巡按中州御史陳潛夫送至鳳督馬士英處，遂同四鎮擁立為弘光帝。登極後，太后亦自河北至。帝不出迎，群臣奉鳳輿至內殿下輿，帝掖後至殿隅，密語移時，群臣拱立以俟，秘弗聞。半晌始下拜慟哭，人皆疑揣。喬大理聖任先生在班行目擊者，曾面語余。或云：帝實非真世子，福藩有一審理貌類，因冒認。語時戒勿洩，同享富貴。又云：入宮後，與帝同臥起。事真偽不可知，第來時既不迎，逾頃始拜哭。而出奔時又不同行，自往蕪湖就靖國；太后偕馬士英至浙，則事屬可駭。一疑案也。”金堡：“予聞弘光偽福邸也。福邸已被難，其妃有弟與一內侍偕走，詐稱福邸。既登極，內侍懼福不敢言。童妃至，偽福邸恐事露，遂致之死。馬士英特欲立福邸翻東林之局，遂使東南半壁拱手以奉之清耳。”
戴名世：“嗚呼，南渡立國一年，僅終黨禍之局。東林、復社多以風節自持，然議論高而事功疏，好名沽直，激成大禍，卒致宗社淪覆，中原瓦解，彼鄙夫小人，又何足誅哉！自當時至今，歸怨於孱主之昏庸，醜語誣詆，如野史之所記，或過其實。而餘姚黃宗羲、桐城錢秉鐙至謂帝非朱氏子。此二人皆身罹黨禍者也，大略謂童氏為真後，而帝他姓子，詐稱福王，恐事露，故不與相見，此則怨懟而失於實矣。”
楊鳳苞：“及謂福王亦偽，乃出東林、復社愛憎之口”，“蓋阮大鋮欲盡殺東林、復社諸君子，向後諸君子追憾其事，並恨王之任大鋮也。造言汗蔑之不已，復奮斷曰：‘是非明之宗室也。’甚疾之之詞爾。”
