2005年9月,南山寺動工重建。當時南山寺規劃用地300畝、資金3億元。將南山寺建成古色古香、氣勢莊嚴、具有明清江南宮廷建築風格,融佛教人文歷史文化,集法事、講經、修行、教育、養生、自然景觀、旅遊休閒於一體的大型寺院是政府的目標。
2010年10月17日,大雄寶殿的落成暨佛像開光大典翻開了南山寺嶄新的一頁。至今,南山寺已建成大雄寶殿、天王殿、念佛堂、觀音殿等殿堂,以及彌陀村(居士樓)、生命關懷園區等,建築面積達3萬平方米。萬人念佛堂、文化長廊等也正在籌建中。
因住持釋仁煥大和尚慈悲智慧,國內外眾多信徒紛紛慕名前來,南山寺人間佛教事業得以穩步擴展。近幾年,南山寺寺內靈氣充盈,香火鼎盛,漸漸成為信眾心中嚮往的離苦得樂的淨土念佛道場,也成為粵西地區具有佛教文化代表的旅遊聖地。1996年出版的《化州縣誌》載:“佛教傳入化州時間無考,據光緒版《化州志》載,境內建成最早的佛教寺院是宋南山寺和報恩光孝寺,可見在一千多年前佛教已在本地傳播。”據1997年出版的《茂名市志》載:“盛唐時,化州建有南山寺。”上述兩志書對南山寺的建寺時間有出入,但都明確指出化州有佛教文化活動場所南山寺。據考,宋代化州南山寺的佛教文化活動鼎盛,不僅信徒香客多,連一些官員文人學士也常到訪。著名的史學家、政治學家范祖禹就曾居住在南山寺。范祖禹(1040—1098),祖籍江蘇吳縣,英宗治平年間中進士甲科。因受司馬光賞識,范祖禹曾參與《資治通鑑》的撰修、校訂、出版等工作,歷時15年之久。范祖禹歷任著作郎、《神宗實錄》檢討、侍講、禮部侍郎、諫議大夫、瀚林學士等職,後追封為龍圖閣學士。他為官剛直不阿,常犯顏直諫,因而得罪奸臣,被貶離京,流遷各地,元符元年(1098)徙遷化州,時任昭州別駕、化州安置。因累累謫遷,心力交瘁,范祖禹來化州後,便住進了幽靜的南山寺。他與州地百姓及文人相處融洽。據說,范祖禹居南山寺期間,不僅研究佛學,還將中原文化向僧人和當地文化人傳播。對化州橘紅,他給予很高的評價。化州流傳著“范公識橘”的故事。他愛上了南粵這方水土。他說:橘紅氣正,南山養性;三生有幸,終居勝境。據化州黨史、文史研究專家陳土富考證:范祖禹病逝於城西獅子嶺南山寺中。可見這佛門聖地南山寺,與一代文化名人范祖禹有緣。
據有關資料記載,明代著名高僧憨山禪師,受神宗皇帝御賜金幣三千,於南山寺修葺道場,整頓僧規,開禪接眾,隨緣度化。神宗還御賜“海印”佛匾,光耀門楣。兩廣總督戴耀題贈:“曹溪演法六祖之道”。於是南山寺更為興旺,名聲遠播。隨著歲月的流逝,時代的變遷,南山寺在人間蒸發了。它毀於何時,已無從考究。
佛寺是佛教文化的重要載體。佛教場所、勝地,也是旅遊文化的重要載體。為了落實宗教政策,弘揚佛教文化,增加旅遊文化景點,化州市政府經上級有關部門批准,在2005年開始在該市麗崗鎮麗山西麓重建南山寺。麗山,距化州市區十公里,因其主峰獨尖,秀麗玉立,故又名尖崗嶺。州志稱麗山為“州之鎮山”,又稱“化州第一山”。麗山山上奇石、名勝古蹟眾多,林海松濤、花香鳥語,自然生態保護尚好。清道光年間狀元林召棠曾登臨麗山,手書“瞿鳥兆高飛”五字在石上。這刻石至今仍存在山上。麗山山腰還有紀念“中國巾幗英雄第一人”冼夫人的冼太夫人廟。麗山鍾靈毓秀,選麗山的西麓建南山寺,實在是明智之舉。據說,重建南山寺的發起人龐居士和南山寺現任主持釋仁煥大師在選寺址時,從化州市區出發,一路驅車北行。當來到麗山西麓前面的一段鄉道時,汽車突然熄火,司機弄了好一陣,仍無法啟動。車上幾人下來推車,只輕輕一推,車便啟動了。由於汽車出現異常,司機掉頭返回,僅行駛200米,車又熄火了。龐居士等人心有所悟,則下車沿著麗山西麓山腰踏行,豁然見到兩塊光亮的山石,狀如綻放的蓮花瓣;周圍樹木蔥籠、鳥語花香;山前沃野千頃、清溪流泉;遠處山脈像騰龍、氣勢非凡。好一處靈氣寶地!於是他們決定把佛寺建在這裡。奇怪的是,當他們坐上汽車回去時,車則順利啟動了。回到城區後,司機開車去修理廠請修車師傅查看,卻沒發現任何故障。這種情況儘管是一種巧合,也屬於奇聞軼事。
重建的南山寺,用地300畝,預算耗資3億元。所有耗費全憑善者仁人解囊捐資。南山寺初定計畫用八年時間完成,分三期進行。按標準設計圖,首期觀音殿、四合院工程及天皇殿工程已竣工開光,呈現出古色古香、雄偉肅穆景象,吸引眾多香客和遊人。大雄寶殿工程正在籌建。還有三聖殿、祖師殿、藏經閣、羅漢樓、靜修堂、彌陀村、海會塔、九龍壁等近20多個建築物,得分批建造。整個工程竣工後,南山寺成為南國佛教文化的一顆璀璨明珠。