在改革開放中，企業邁進了一個嶄新的天地。銷售規模達到9億元；品種由原來單純的1000餘箇中藥材和中成藥，擴大到現在的6000餘種，包括了傳統的中藥材、中成藥和更大規模的西藥、保健品以及其他品種。銷售輻射面不但有大型的三甲醫療單位，還包括為數眾多的一、二級醫療單位、廠礦院校衛生院、社區衛生服務中心等，同時還涵蓋了廣大的城鄉藥品零售單位 。在全國也建立了廣泛的銷售網路。
公司的理念是：誠信勤勉，和諧協同，敬業精業，創業創新，爭先進位。
公司下屬7個職能處室和14個分公司，其中集中採購分公司1個，銷售分公司7個（包括了中藥材、中成藥、西藥等藥品的銷售），後勤服務保證3個（包括配送中心、營業部和儲運分公司），1箇中藥飲片加工廠、1個藥用動物場和1個國藥大廈物業管理分公司。
公司目前有在崗員工406人。其中中高級職稱50人，具有藥品專業職稱121人，大學文化以上118人。
公司有完善的物流配送系統，倉儲面積達兩萬平方米，40餘台配送車輛，能滿足多品種、多要求的藥品保管和配送需要，為國家二級倉儲單位。獨立的物流配送分公司，可以保證24小時的不間斷供應，先進的計算機管理，能夠做到適時藥品需求信息的採集。目前日均開票量達5000行，日均送配量達2600件次，日均出車量達60輛次。
公司藥品質量控制的程式是：供應商資質審查和評估→首營品種審核→藥品入庫驗收→在庫藥品養護和抽檢→出庫覆核。
公司建立了完整的績效考核機制：每月根據各分公司的月度預算，在銷售、毛利、利潤等方面，進行綜合考核。對中層管理人員和廣大員工實行績效和工作業績雙重管理，績效是指完成工作任務的指標，工作業績是指除工作指標外，還包括了職業道德、服務態度、敬業精神、誠實守信等方面的考察。有效地提高了工作效率和服務質量。
隨著企業不斷發展，南京藥業股份有限公司始終堅持以人為本的理念，以先進的企業文化凝聚員工，以科學的管理規範員工，在激烈競爭的市場經濟大潮中打造一支經得起風浪考驗的高素質員工隊伍，為企業的可持續發展提供了可靠保證，站在新的歷史起跑線上，南京藥業有信心有能力與合作夥伴同心協力，共創輝煌的未來。
