我院前身為南京特殊教育師範學校的盲教育、聾教育、弱智教育三個專業組。作為新中國第一所特殊教育師範學校，特殊教育學院在特殊教育師範學科、專業、學制、課程建設等方面進行了開創性的探索。我院於1985年設四年制中師，1997年設五年制大專，2003年設三年制專科（高中後），2015年設四年制本科；自1982年建校以來，我院先後承擔了由教育部、教育廳組織的中等、高等特師60多門專業課程教學大綱和教材的編寫任務，完成了國家、部省級科研課題30多項，省級精品課程2項，獲江蘇省高校優秀教學成果一、二等獎4項。填補了國內特殊師範教育領域諸多空白，為我國特殊教育事業的發展做出了突出的貢獻。
三十多年來，我院已為全國各地（除去港澳台地區和西藏外）培養特教師資6632人，培訓特殊教育幹部、教師、手語翻譯員及其他專業技術人員7000餘人。據不完全統計，全國1700多所特殊教育學校中大部分教學骨幹、校長為本專業畢業生。他們中湧現出一批全國特教先進個人，校友葛華欽、曹艷、李偉兒受到習近平、胡錦濤等黨和國家領導人的親切接見，並被中央電視台及多家新聞媒體報導，在全國引起很大反響。
我院特殊教育專業是國家級重點專業，省品牌專業、特色專業，國小教育和手語翻譯專業是省重點專業，我院現有省級（實踐）實訓基地兩個。2014年獲國家卓越特殊教育教師培養項目。目前我院在特殊教育方面已成為我國方向最多、規模最大、畢業生最多、歷史最久、實驗室設備最多、社會影響最大的學院。其中視障教育、學障教育和隨班就讀3個專業（方向）為全國獨有；手語翻譯專業也是目前國際上特殊教育已開發國家剛剛興起的專業。
