南京大學災害性天氣氣候研究所於1987年在原熱帶和副熱帶天氣研究室的基礎上成立。研究所重點研究東亞及我國災害性天氣氣候的變化規律、形成機理和預測理論。
研究領域包括：
1）氣候的年際和年代際變率特徵及相關的大氣環流和季風變異規律；
2）厄爾尼諾（ENSO）、太平洋年代際振盪（PDO）規律、成因及其可預報性；
3）海溫、冰雪覆蓋、陸面過程以及溫室效應等外強迫因子對東亞及我國氣候異常的影響；
4）發展全球及區域海-陸-氣耦合模式。
研究所下設低緯環流和季風、海洋大氣相互作用、區域氣候變化和預測三個研究室。截止2012年7月有固定研究人員13人，其中教授7人、副教授2人、講師4人，博士生導師4人，具有博士學位9人，博士後1人，博士生15人,碩士生30人。
研究所近5年來承擔國家973、攀登、科技攻關項目共6項，主持國家自然科學基金重點項目4項，在南海季風、青藏高原熱力效應、海氣相互作用、厄爾尼諾及季節氣候可預報性、全球及區域海氣耦合模式研製等研究領域，取得了有特色並在國際上產生影響的研究成果。在國內外學術期刊上發表論文150餘篇，其中在SCI期刊上發表論文近30篇。
研究所現任所長是楊修群教授，副所長是張耀存教授、陳星教授。
