起源
南京教會最初起源於1926年。1923年初，金陵女子神學院神學教員李淵如受王載的邀請，到福州主領奮興會，帶進了當地的屬靈復興，並結識了倪柝聲。1924年，倪柝聲去南京幾個月，在《靈光報》擔任助理，協助賈玉銘和李淵如。其間，李淵如的教會觀受到倪柝聲的影響。1926年，李淵如和成寄歸邀請倪柝聲去南京養病，那時她已經接受倪柝聲地方教會的道路，和她的學生汪佩真、繆韻春、張耆年，開始了南京的孹餅聚會。1927年3月24日，北伐軍占領南京，發生襲擊外國僑民和基督教機構的南京事件，砸壞了《靈光報》報社，於是倪柝聲從軍的弟弟用軍車把倪柝聲、李淵如、繆韻春、張耆年接出南京，前往上海，加入在新閘路賡慶里汪佩真家的聚會，建立了上海教會。此後南京教會停止約10年之久。
1930年和40年代
約在1936年，倪柝聲派唐守臨來到南京，在大鐧銀巷10號恢復恢復了中斷近10年的南京地方教會的聚會。次年抗日戰爭爆發，信徒內遷，聚會停止。1943年，夏文藻在顏料坊41號恢復地方教會的聚會。1945年，聚會地點遷至中山東路西祠堂巷8號。1946年抗日戰爭結束後，李常受應上海和南京教會的邀請，全家離開山東南下，移居到南京祠堂巷聚會處，他本人則往來於上海和南京兩地之間，幫助上海和南京兩地教會。此後，南京地方教會聚會的信徒逐漸增加到500餘人，設有8個“分家”，5位長老，並且開辦豆漿坊、毛紡廠、碾米廠等企業。五位長老中包括從蘇北移居南京的年長同工季永同，中央大學教師丁榮施等人。1949年，季永同參加了第二期鼓嶺訓練。
