北京核磁共振中心是由國家科技部、教育部、中國科學院和總後衛生部共同投資,依託於北京大學建立的國家公用大型儀器設備開放實驗室。1999年10月11日,四方簽訂了共建協定,開始籌備工作。2002年11月4日,經科技部、教育部批准正式成立。中心目前擁有三台液相核磁共振譜儀,其中有我國首台高場高解析度800MHz核磁共振譜儀,另有600MHz核磁共振譜儀和配有高靈敏度低溫探頭的500MHz核磁共振譜儀。同時,中心還擁有解析生物大分子結構的專用計算機及相關軟體,以及進行生物樣品製備和同位素標記的生物學實驗室及相應配套的儀器設備。
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