發展歷程
北京市神經外科研究所於1960年3月9日由首任所長--中國神經外科之父趙以成教授創立於北京宣武醫院（即現首都醫科大學宣武醫院）。
1982年，北京市神經外科研究所及神經外科（即現北京天壇醫院神經外科）遷入現址。
北京市神經外科研究所1982年被世界衛生組織任命為“世界衛生組織神經科學研究與培訓中心”，被衛生部任命為“全國神經外科培訓基地”，1997年成為“中國醫學科學院神經科學研究所” 。
2010年3月9日，北京市神經外科研究所迎來建所50周年紀念。為了研究所更好的發展，根據北京市的發展規劃，北京市神經外科研究所與北京天壇醫院將在2015年搬遷至位於北京市豐臺區花鄉的新址。
2011年3月2日，清華大學和北京市神經外科研究所簽署合作協定，合作成立清華大學臨床神經科學研究院。
科室設定
研究所現設10個基礎研究室，6個臨床研究室及2個北京市重點實驗室(神經損傷與修復再生北京市重點實驗室、腦腫瘤研究北京市重點實驗室)。首都醫科大學在本所設有4個博士學位授權點(神經生物學、外科學（神外）、全科醫學、流行病與衛生統計學)，7個碩士學位授權點(神經生物學、細胞生物學、病理學與病理生理學、神經病學、外科學（神外）、全科醫學、流行病與衛生統計學)，1個臨床醫學博士後流動工作站(神外)。《中華神經外科雜誌》編輯部、全國腦血管病防治研究辦公室、北京市腦血管病防治指導辦公室掛靠該所。北京神經外科學院、清華大學臨床神經科學研究院及首都醫科大學神經外科學院辦公室均設在本所。
臨床基地北京天壇醫院神經外科設有：腦血管病、顱內腫瘤、外傷、小兒、脊髓、功能神經外科、介入神經放射及綜合科等13個病區，400餘張病床，2010年神經外科手術量9000餘例，神經介入及放射外科手術量2000餘例。
科學研究
神經外科研究所以北京天壇醫院為研究基地，堅持臨床與科研相結合的道路，為我國神經外科的發展，做出了貢獻。研究所承擔著腦腫瘤、腦血管病、腦外傷、神經影像學、神經電生理以及神經修復與再生等方面的的基礎及臨床研究。特別對顱內腫瘤、腦動脈瘤、腦血管畸形、腦幹腫瘤、脊髓內腫瘤等的顯微手術治療以及中樞神經系統損傷重點實驗室的建立，使該所神經外科達到了先進國家水平。
50年來，研究所堅決貫徹黨中央科教興國戰略方針，與時俱進、開拓創新，瞄準21世紀世界神經科學發展的先進水平，努力把我國神經外科的發展和建設推向新的里程。
院長榮譽
所長王忠誠院士於1997年獲香港何梁何利基金“科學與技術成就獎”大獎，2000年被授予白求恩獎章，2001年獲第12屆世界神經外科最高獎，這是迄今獲此殊榮的第一個中國人。2006年11月在阿聯杜拜召開的第八屆亞大顱底神經外科學術會上，榮獲為表彰國際上為顱底神經外科作出貢獻的一流神經外科大師,而頒發的“領導促進顱底外科貢獻”獎。2009年1月9日，中國工程院院士、北京市神經外科研究所所長、北京天壇醫院名譽院長王忠誠獲得2008年度國家最高科學技術獎。
