主要職能
1、貫徹執行國家的稅收法律、法規和規章，並結合本市國際稅收實際情況，研究制定具體的實施辦法。2、根據經濟發展規劃，研究制定本單位稅收發展規劃和年度工作計畫並組織實施。
3、根據稅源情況和北京市國家稅務局下達的稅收計畫，編制稅收收入計畫並組織實施。
4、負責外國企業駐京代表機構的稅收管理；負責承包工程、提供勞務和市局指定的其他非居民稅收管理；負責“走出去”企業納稅服務以及管理工作；負責全市反避稅工作。
5、負責監督檢查本單位的稅收執法情況；負責稅務行政處罰聽證工作。
6、負責所管轄納稅人的納稅服務工作。
7、負責本單位的稅收收入分析、稅收會計、統計工作。
8、負責本單位經費、財務、基本建設和資產管理工作，負責審計和政府採購工作。
9、負責本單位機構、編制和人事管理工作。
10、負責本單位黨建工作、思想政治工作、精神文明建設和基層建設，負責教育培訓管理工作。
11、負責本單位的紀檢、監察工作。
12、負責本單位稅收信息化、現代化工作的規劃和實施，建設和管理信息系統。
13、研究稅收理論和稅收政策，分析稅收信息，掌握稅收動態。組織稅法宣傳工作。
14、承辦北京市國家稅務局交辦的其他工作。
內設機構
北京市國家稅務局第二直屬稅務分局設11個內設機構1、辦公室
擬訂本單位年度工作計畫、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責本單位文電、機要、會務、行政檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及本單位政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作。負責辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項；負責稅務檔案的保管和借閱工作。
組織落實綜合性稅收政策和政策執行情況反饋、調研；承辦機關稅收規範性檔案合法性審核工作；承辦機關外綜合性稅收政策檔案會辦工作；承辦稅務行政複議、行政應訟工作；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
制定有關財務管理的具體辦法；編制年度部門預算，對預算執行情況進行分析；組織實施會計核算、分析稅收成本，編制年終財務決算報表；負責國庫集中支付管理工作，編制用款計畫，辦理支付事項；承擔本單位基本建設、資產管理、政府採購、著裝管理工作；建立與落實內部控制制度，承擔本單位財務內部審計工作。
承擔本單位後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂本單位事務具體工作制度並組織實施；承擔本單位固定資產、辦公用品的採購、保管、分配、維修；參與本單位後勤體制改革工作。
2、稅政科
負責組織落實相關稅種稅收政策；負責研討和落實上級機關關於反避稅、外國企業駐京代表機構、非居民承包工程和提供勞務、境外投資等各項非居民稅收管理業務政策；負責本單位對外支付的審批工作、稅收協定的備案和審批工作、稅收情報交換的實施工作；負責組織落實反避稅集中選案會、案情分析會和結案論證會“三會”制度；負責外事服務管理工作。
3、收入核算科
牽頭編制年度稅收計畫：監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測及重點稅源監控工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理套用工作。
4、納稅服務科
貫徹落實上級部門下達的納稅服務工作要求和辦稅服務廳管理等屬地化納稅服務工作；統籌規劃、組織協調和考評監督本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；統籌調配本地納稅服務資源；組織實施納稅服務工作規範和操作流程；組織協調、實施面向納稅人的稅法宣傳、納稅輔導、諮詢服務等工作；組織落實納稅人權益保護規章制度及規範性檔案；負責受理納稅服務的投訴和舉報，指導稅收爭議的調解等稅收法律救濟工作；承擔12366納稅服務熱線遠程座席、網站納稅服務欄目、簡訊系統的內容維護及運行管理工作。
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；研究提出專業化徵收管理和稅收征管規程完善的建議;組織實施稅收征管數據管理和套用辦法；承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；負責制定稅務檔案管理相關工作制度；承擔納稅申報、發票管理等方面的相關工作。
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本單位信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本單位信息安全管理與實施；組織本單位信息化專業知識技術培訓。
5、人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；負責本單位安全保衛工作。
制定教育培訓工作規劃、學歷教育工作規劃、年度計畫；組織實施本單位幹部的全員教育培訓工作,開展培訓質量的考核與評估。
承擔本單位離退休幹部的服務和管理工作
負責本單位的黨群工作；承擔本單位思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；負責本單位的工會、共青團等民眾組織工作。
6、監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本單位科級領導幹部貫徹民主集中制、黨風廉政責任制和廉政勤政的情況及選拔任用幹部情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
7、辦稅服務廳
負責受理外國企業駐京代表機構和非居民零散稅源的納稅申報；負責受理、傳遞涉稅文書；受理代開發票事宜；負責落實發票管理的法律法規、部門規章及規範性檔案；承擔發票庫房的管理工作；負責對違反納稅申報的行為進行行政處罰工作；負責流動檔案的收集和整理。
8、稅源管理一科
負責制定和完善外國企業代表機構管理工作制度；負責外國企業駐京代表機構的日常徵收管理；負責外國企業駐京代表機構的稅務登記、身份認定、稅種登記，納稅方法確認及覆核工作；負責稅源管理項目的登記及實地核查工作；負責辦理外國企業代表機構的變更、註銷登記及註銷清稅工作；負責新註冊的外國企業代表機構的培訓工作；負責漏征漏管戶的清理工作；負責催報催繳、清欠處罰工作；負責綜合性納稅評估工作；負責外國企業代表機構對外支付工作；負責本部門稅收收入分析工作；負責稅務檔案的收集和整理；定期與地稅、工商、司法等部門的聯繫，加強信息交換和溝通。
9、稅源管理二科
負責制定和完善非居民管理工作制度；負責工程承包、提供勞務和市局指定的其他非居民管理：負責非居民第三方信息的收集、核實及徵收管理工作；負責“走出去”企業的納稅服務工作；負責與相關部門溝通交流及時了解“走出去”企業情況；負責稅務檔案的收集和整理；負責本部門稅源收入分析工作。
10、稅源管理三科
負責制定和完善本局反避稅內部工作制度；負責反避稅初步選案；負責實施反避稅案頭審計；負責辦理反避稅立案報批手續；負責實施反避稅現場調查和談判，擬定反避稅調整方案；負責辦理反避稅結案報批手續；負責反避稅後期跟蹤工作；負責承辦外部協查；負責實施反避稅信息收集、分析和積累；負責提出完善反避稅管理軟體的業務需求方案；負責反避稅工作檔案的收集和整理；負責市局交辦的專項調查工作；與財務部門配合負責本局反避稅專項經費的預算、支出和監督管理。
11、稅源管理四科
負責制定和完善本局反避稅內部工作制度；負責反避稅初步選案；負責實施反避稅案頭審計；負責辦理反避稅立案報批手續；負責實施反避稅現場調查和談判，擬定反避稅調整方案；負責辦理反避稅結案報批手續；負責反避稅後期跟蹤工作；負責承辦外部協查；負責實施反避稅信息收集、分析和積累；負責提出完善反避稅管理軟體的業務需求方案；負責反避稅工作檔案的收集和整理；負責市局交辦的預約定價工作；與財務部門配合負責本局反避稅專項經費的預算、支出和監督管理。
