內容提要
分子模擬的方法通常包括以量子力學與經典力學為基礎的兩部分。
為了適應各種領域的讀者，該書只介紹以經典力學為基礎的模擬方法，並強調這些方法的套用。
分子模擬方法已發展數十年，適用的範圍愈來愈廣，精確度愈來愈高，已成為材料、溶液、表面、生化、藥物等方面研究不可缺少的工具。
分子模擬技術是一項廣泛套用的通用技術。通過計算模擬，可以得出實驗無法得到的資料，因此該技術套用領域十分廣泛。但由於其公式較多，一直以來都令人感覺深奧難懂。該書圖文並茂，實例生動，在寫作過程中略去公式的繁瑣推導，力圖結合豐富的套用實例使讀者儘快掌握各種模擬方法的精髓。
書中具體介紹了分子力學方法、分子動力模擬、蒙地卡羅計算及布朗動力模擬等方法。
編輯推薦
本書適用於從事材料、生物化學以及藥學相關專業的研究人員，以及相關專業學生使用。
圖書目錄
第1章 分子模擬的概況
參考文獻
第2章 力場
2.1 力場簡述
2.2 力場作用項的一般式
2.3 常見的力場
2.3.1 MM形態力場
2.3.2 AMBER力場
2.3.3 CHARMM力場
2.3.4 CVFF力場
2.3.5 第二代力場
2.4 涵蓋周期表元素的力場
2.5 特殊的力場
參考文獻
第3章 能量最小化
3.1 勢能圖與勢能面
3.2 函式的極小值
3.3 利用導數求極小值的方法
3.4 一次導數求極值法
3.4.1 最速下降法
3.4.2 共軛梯度法
3.5 二次導數求極值法
3.5.1 牛頓一拉森法
3.5.2 近似牛頓一拉森法
3.5.3 對角線塊狀牛頓一拉森法
3.6 求分子最低能量構象方法的選擇
3.7 能量最小化的套用
3.8 多原子分子振動頻率的計算
3.9 以能量最小化方法預測團簇體的大小
參考文獻
第4章 分子力學的套用
4.1 分子結構與勢能面
4.2 勢能面的最小值點、最大值點、鞍點
4.3 勢能面與化學反應
4.3.1 過渡態結構與反應路徑
4.3.2 鞍點與二次區域
4.3.3 決定鞍點的方法
4.4 分子力學計算的熱力學性質
4.4.1 構象能
4.4.2 分子的生成焓
4.4.3 反應熱與生成焓
4.5 晶體結構的計算
4.6 立體效應
參考文獻
第5章 分子動力模擬計算的原理
5.1 分子動力計算的基本原理
5.2 牛頓運動方程式的數值解法
5.3 周期性邊界條件與最近鏡像
5.4 積分步程的選取
5.5 簡化單位
5.6 分子動力計算流程
5.7 分子動力計算的初始設定
5.8 定溫計算法
5.9 系統形狀的改變計算
5.10 各種系綜的分子動力計算方法
參考文獻
第6章 特殊形態的分子動力學
第7章 分子動力計算的套用
第8章 分子動力計算的套用實例
第9章 長程作用力的計算
第10章 蒙地卡羅計算方法
第11章 蒙地卡羅計算的套用
第12章 蒙地卡羅計算的實例
第13章 布朗動力計算方法
第14章 耗散粒子動力計算法
第15章 溶解自由能
第16章 生化分子系統的模擬
第17章 分子模擬與藥物設計
附錄A 經典運動力學
附錄B 統計力學
附錄C 天然存在的胺基酸的結構
索引
